hhmake - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hhmake: crea un HMM da un allineamento di input o converti tra il formato HMMER e HHsearch
formato

SINOSSI

hhmake -i filetto [Opzioni]

DESCRIZIONE

HHmake versione 2.0.16 (gennaio 2013) Crea un HMM da un allineamento di input in A2M, A3M o
Formato FASTA, o convertire tra il formato HMMER (.hmm) e il formato HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A e Soding J. HHblits: sequenza proteica iterativa fulminea
ricerca per allineamento HMM-HMM. Naz. Metodi 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
allineamento della query (A2M, A3M o FASTA) o query HMM

Uscita opzioni:
-o
File HMM in cui scrivere (default= )

-a
File HMM da aggiungere a

-v
modalità dettagliata: 0: nessun output dello schermo 1: solo avvertenze 2: verbose

-seq
massimo numero di sequenze query/modello visualizzate (def=10) Attenzione agli overflow! Tutto
queste sequenze vengono salvate in memoria.

-contro crea sequenza di consenso sequenza principale della query MSA

-nome
usa questo nome per HMM (predefinito: usa il nome della prima sequenza)

Filtra l'allineamento di più sequenze di query

-ID [0,100] identità massima della sequenza a coppie (%) (def=90)

-differenza [0,inf[
filtrare MSA selezionando il set di sequenze più diversificato, mantenendone almeno questo numero
seq in ogni blocco MSA di lunghezza 50 (def=100)

-cov [0,100] copertura minima con interrogazione (%) (def=0)

-qd [0,100] identità sequenza minima con query (%) (def=0)

-qsc [0,100] punteggio minimo per colonna con query (def=-20.0)

-neff [1,inf]
diversità target di allineamento (default=off)

Ingresso allineamento formato:
-M a2m usa A2M/A3M (predefinito): maiuscolo = Corrispondenza; minuscolo = Inserisci; '-' = Elimina; '.' =
spazi allineati agli inserti (possono essere omessi)

-M prima di tutto
usa FASTA: le colonne con residuo nella prima sequenza sono stati di corrispondenza

-M ,
usa FASTA: le colonne con meno dell'X% di gap sono stati di corrispondenza

pseudoconte (pz) opzioni:
-pc 0-2 posizione dipendenza della miscela pc 'tau' (modalità pc, default=0)

0: nessuno pseudo conteggi:
tau = 0

1: costante
tau = a

2: dipendente dalla diversità: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: numero di
sequenze effettive nell'MSA locale intorno alla colonna i) 3: pseudoconteggi a diversità costante

-pca [0,1] commistione di pseudoconteggio complessivo (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Neff valore di soglia per -pc 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] esponente di estinzione c per -pc 2 (def=1.0)

-pre_pca ,
PREFILTRO additivo pseudocount (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Soglia PREFILTRO per Neff (def=1.8)

Specifico del contesto pseudo-conteggi:
-nocontxt
usa la matrice di sostituzione invece di pseudoconteggi specifici del contesto

-contxt file di contesto per il calcolo di pseudoconteggi specifici del contesto
(predefinito=./data/context_data.lib)

-cslib
file di stato della colonna per il prefiltro veloce del database (default=./data/cs219.lib)

Esempio: hhmake -i prova.a3m

Usa hhmake online utilizzando i servizi onworks.net