hmm2emit - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hmm2emit - genera sequenze da un profilo HMM

SINOSSI

hmm2emetti [opzioni] mmfile

DESCRIZIONE

hmm2emetti legge un file HMM da mmfile contenente uno o più HMM e genera a
numero di sequenze da ciascun HMM; o, se il -c l'opzione è selezionata, genera un singolo
consenso di maggioranza. Questo può essere utile per varie applicazioni in cui è necessario un
simulazione di sequenze coerenti con un consenso familiare di sequenza.

Per impostazione predefinita, hmm2emetti genera 10 sequenze e le emette in formato FASTA (non allineato).

VERSIONI

-a Scrivi le sequenze generate in un formato allineato (SELEX) anziché FASTA.

-c Prevedere una singola sequenza di consenso regola di maggioranza invece di sequenze di campionamento
dalla distribuzione di probabilità dell'HMM. Residui altamente conservati (p >= 0.9 per
DNA, p >= 0.5 per la proteina) sono mostrati in maiuscolo; gli altri sono mostrati in minuscolo.
Alcuni stati inseriti possono diventare parte del consenso sulla regola della maggioranza, perché lo sono
utilizzato in >= 50% delle sequenze generate; quando ciò accade, residui generati dall'inserto
sono semplicemente mostrati come "x".

-h Stampa breve guida; include il numero di versione e il riepilogo di tutte le opzioni, incluso
opzioni per esperti.

-n Generare sequenze. Il valore predefinito è 10.

-o Salva le sequenze sintetiche su file piuttosto che scriverli su stdout.

-q Tranquillo; sopprimere tutto l'output ad eccezione delle sequenze stesse. Utile per le tubazioni
o dirigere l'uscita.

EXPERT VERSIONI

--seme
Imposta il seme casuale su , where è un numero intero positivo. L'impostazione predefinita è usare
tempo() per generare un seme diverso per ogni corsa, il che significa che due diversi
scappa hmm2emetti sullo stesso HMM darà risultati leggermente diversi. Puoi usare
questa opzione per generare risultati riproducibili.

Usa hmm2emit online utilizzando i servizi onworks.net