Questo è il comando hmm2emit che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, l'emulatore online di Windows o l'emulatore online di MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
hmm2emit - genera sequenze da un profilo HMM
SINOSSI
hmm2emit [opzioni] mmfile
DESCRIZIONE
hmm2emit legge un file HMM da mmfile contenente uno o più HMM e genera un
numero di sequenze da ciascun HMM; o, se il -c è selezionata l'opzione, genera un singolo
consenso della regola della maggioranza. Questo può essere utile per varie applicazioni in cui è necessario un
simulazione di sequenze coerenti con un consenso di famiglia di sequenze.
Per impostazione predefinita, hmm2emit genera 10 sequenze e le restituisce in formato FASTA (non allineato).
VERSIONI
-a Scrivere le sequenze generate in un formato allineato (SELEX) anziché FASTA.
-c Prevedere una singola sequenza di consenso regola di maggioranza invece di sequenze di campionamento
dalla distribuzione di probabilità dell'HMM. Residui altamente conservati (p >= 0.9 per
DNA, p >= 0.5 per le proteine) sono mostrati in maiuscolo; gli altri sono mostrati in minuscolo.
Alcuni stati inseriti potrebbero diventare parte del consenso della regola della maggioranza, perché sono
utilizzato in >= 50% delle sequenze generate; quando ciò accade, i residui generati dall'inserimento
vengono semplicemente indicati con "x".
-h Stampa breve guida; include il numero di versione e il riepilogo di tutte le opzioni, incluso
opzioni per esperti.
-n Generare sequenze. Il valore predefinito è 10.
-o Salva le sequenze sintetiche su file piuttosto che scriverli su stdout.
-q Silenzioso; sopprime tutto l'output tranne le sequenze stesse. Utile per il piping
o dirigere l'output.
EXPERT VERSIONI
--seme
Imposta il seme casuale su , where è un numero intero positivo. L'impostazione predefinita è usare
tempo() per generare un seme diverso per ogni esecuzione, il che significa che due diversi
corse di hmm2emit sullo stesso HMM darà risultati leggermente diversi. Puoi usare
questa opzione per generare risultati riproducibili.
Utilizzare hmm2emit online utilizzando i servizi onworks.net
