hmmemit - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hmmemit - sequenze di esempio da un profilo HMM

SINOSSI

ehmmm [opzioni] mmfile

DESCRIZIONE

I ehmmm il programma campiona (emette) sequenze dal profilo HMM(s) in mmfilee
li scrive in output. Le sequenze di campionamento possono essere utili per una varietà di scopi,
inclusa la creazione di veri positivi sintetici per benchmark o test.

L'impostazione predefinita è campionare una sequenza non allineata dal modello di probabilità principale, che
significa che ogni sequenza è costituita da un dominio a lunghezza intera. In alternativa, con il -c
opzione, puoi emettere una semplice sequenza di consenso regola di maggioranza; o con il -a opzione, tu
può emettere un allineamento (nel qual caso, probabilmente vorrai anche impostare -N a qualcos'altro
rispetto al suo valore predefinito di 1 sequenza per modello).

Come altra opzione, con il -p opzione è possibile campionare una sequenza da un completamente configurato
Profilo di ricerca HMMER. Ciò significa campionare una "sequenza omologa" secondo la definizione di HMMER,
comprese sequenze fiancheggianti non omologhe, allineamenti locali e domini multipli per
sequenza, a seconda del modello di lunghezza e della modalità di allineamento scelta per il profilo.

I mmfile può contenere una libreria di HMM, nel qual caso ogni HMM verrà utilizzato a turno.

può essere '-' (trattino), che significa leggere questo input da stdin piuttosto che un file.

COMUNI VERSIONI

-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.

-o Indirizza le sequenze di output su file , piuttosto che a stdout.

-N Campione sequenze per modello, anziché solo una.

VERSIONI CONTROLLARE COSA A EMETTERE

L'impostazione predefinita è campionare N sequenze del modello centrale. In alternativa, puoi scegliere
una (e una sola) delle seguenti alternative.

-a Emetti un allineamento per ogni HMM nel mmfile piuttosto che campionare non allineati
sequenze una alla volta.

-c Emetti una sequenza consenso regola della pluralità, invece di campionare una sequenza dal
profilo distribuzione di probabilità di HMM. La sequenza di consenso è formata da
selezionando il residuo di massima probabilità ad ogni stato di corrispondenza.

-C Emetti una sequenza di consenso per la regola della pluralità più elaborata rispetto a -c opzione. Se il massimo
il residuo di probabilità ha p min mostralo come un residuo 'qualsiasi' minuscolo (n o x); Se
p >= min e Minu mostralo come residuo minuscolo; e se p >= Minu mostralo come
un residuo maiuscolo. Le impostazioni predefinite di Minu ed min sono entrambi 0.0, che
si intende -C dà lo stesso output di -c a meno che non imposti anche tu Minu ed min a quello che tu
volere.

-p Campiona sequenze non allineate dal profilo di ricerca implicito, non dal core
modello. Il modello di base consiste solo degli stati omologhi (tra l'inizio
e stati finali di un modello HMMER Plan7). Il profilo include la N non omologa,
Stati C e J, configurazione dell'algoritmo local/glocal e uni/multihit e
modello di lunghezza target. Pertanto le sequenze campionate da un profilo possono includere
sequenze non omologhe e omologhe e può contenere più di una
segmento di sequenza omologa. Per impostazione predefinita, il profilo è in modalità locale multihit e
la lunghezza della sequenza target è configurata per L=400.

VERSIONI CONTROLLARE EMISSIONE DA PROFILI

Queste opzioni richiedono che tu abbia impostato il -p opzione.

-L Configurare il modello di lunghezza della sequenza di destinazione del profilo per generare una lunghezza media di
circa anziché il valore predefinito di 400.

--Locale
Configurare il profilo per l'allineamento locale multihit.

--unilocale
Configurare il profilo per l'allineamento locale unihit (Smith/Waterman).

--glocali
Configura il profilo per l'allineamento glocal multihit.

--uniglocale
Configura il profilo per l'allineamento glocal unihit.

VERSIONI CONTROLLARE FANTASIA CONSENSO EMISSIONE

Queste opzioni richiedono che tu abbia impostato il -C opzione.

--min
Imposta il min soglia per mostrare in minuscolo i residui debolmente conservati. (0 <=
x <= 1)

--minu
Imposta il Minu soglia per mostrare in maiuscolo i residui fortemente conservati. (0
<= x <= 1)

ALTRO VERSIONI

--seme
Semina il generatore di numeri casuali con , un intero >= 0. Se è diverso da zero, qualsiasi
le simulazioni stocastiche saranno riproducibili; lo stesso comando darà lo stesso
risultati. Se è 0, il generatore di numeri casuali viene seminato arbitrariamente e
le simulazioni stocastiche varieranno da un'esecuzione all'altra dello stesso comando. Il predefinito
è 0: usa un seme arbitrario, così diverso ehmmm le corse genereranno diverse
campioni.

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