hmmfetch - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hmmfetch: recupera gli HMM del profilo da un file

SINOSSI

hmmfetch [opzioni]
(recupera HMM denominato )

hmmfetch -f [opzioni]
(recupera tutti gli HMM elencati in )

hmmfetch --indice [opzioni]
(indici per il recupero)

DESCRIZIONE

Recupera rapidamente uno o più HMM di profilo da un (un grande database Pfam, per
esempio).

Per la massima velocità, il dovrebbe essere indicizzato per primo, usando hmmfetch --indice.
index è un file binario chiamato .ssi. Tuttavia, questo è facoltativo e il recupero lo farà
funzionano ancora da file non indicizzati, anche se molto più lentamente.

La modalità predefinita è recuperare un singolo profilo per nome o adesione, chiamato .
Per esempio:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

Grazie alla -f opzione, a viene invece letto un elenco di una o più chiavi.
Il primo campo delimitato da spazi su ogni riga non vuota di commento del
è usato come a e tutti i dati rimanenti sulla riga vengono ignorati. Questo permette una varietà
di file di dati delimitati da spazi bianchi da utilizzare come S.

Quando si usa -f e , Se mmfile è stato indicizzato, le chiavi vengono recuperate nel
ordine in cui si verificano nel file di chiavi, ma se mmfile non è indicizzato, le chiavi vengono recuperate nel
ordine in cui si verificano nel mmfile. Questo è un effetto collaterale di un'implementazione che consente
più chiavi da recuperare anche se il è un flusso non riavvolgibile, come a
tubo di ingresso standard.

In uso normale (senza --indice or -f opzioni), può essere '-' (trattino), che significa
lettura input da stdin piuttosto che un file. Con il --indice opzione, non può
essere '-'; non ha senso indicizzare un flusso di input standard. Con il -f opzione,
o or (ma non entrambi) può essere '-'. Spesso è particolarmente utile
leggere dallo standard input, perché questo consente l'uso di comandi arbitrari
invocazioni di linea per creare un elenco di nomi o accessioni HMM, quindi recuperarli tutti in un nuovo
file, solo con un comando.

Per impostazione predefinita, gli HMM recuperati vengono stampati sull'output standard in formato HMMER3.

VERSIONI

-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.

-f Il secondo argomento della riga di comando è a invece di un singolo .
primo campo su ogni riga del è usato come recupero (un nome HMM
o adesione). Le righe vuote e le righe di commento (che iniziano con un carattere #) sono
ignorato.

-o Output HMM(s) su file invece che all'output standard.

-O Output HMM(s) su singoli file denominati invece dell'output standard. Insieme a
, il -f opzione, questo può comportare la creazione di molti file.

--indice
Invece di recuperare uno o più profili da , indicizza il per
recuperi futuri. Questo crea un .ssi file di indice binario.

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