idfetch - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

idfetch: recupera i dati biologici dal server NCBI ID1

SINOSSI

idfetch [-] [-F str] [-G Nome del file] [-Q Nome del file] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l Nome del file] [-n] [-o Nome del file] [-q str] [-s str] [-t N]

DESCRIZIONE

idfetch è un client per il server ID1 dell'NCBI, che contiene un ampio database di annotazioni
sequenze biologiche.

VERSIONI

Di seguito è riportato un riepilogo delle opzioni.

- Stampa messaggio di utilizzo

-F str Aggiungi i tipi di elementi specificati (delimitati da virgole); i valori consentiti sono CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA e microRNA.

-G Nome del file
File con elenco di GI, accessi (versione), SeqID FASTA da scaricare

-Q Nome del file
Genera elenco GI per query Entrez in Nome del file; richiede -dn or -dp.

-c N Complessità massima:
0 ottieni l'intero blob (predefinito)
1 ottenere il bioseq di interesse
2 ottenere il set di bioseq minimo contenente il bioseq di interesse
3 ottenere il nuc-prot minimo contenente il bioseq di interesse
4 ottenere il set da pub minimo contenente il bioseq di interesse

-d str Database da utilizzare (con -q, può essere sia n per nucleotidi o p per le proteine).

-e N Numero di entità (numero di recupero) da scaricare

-f str SeqId appiattito. Formati possibili:
Digitare([Nome][,[accessione][,[rilasciare][,versione]]]) come '5(HUMHBB)'
Digitare=accessione
Digitare:numero
(Digitare è un numero che indica il sottotipo ASN.1 Seq-id.)

-g N ID GI per singola entità da scaricare

-i N Tipo di ricerca:
0 ottieni Seq-entry (predefinito)
1 ottenere lo stato GI (output su stderr)
2 ottieni SeqId
3 ottenere la cronologia GI (solo cambio di sequenza)
4 ottenere la cronologia delle revisioni (qualsiasi modifica all'ASN.1)

-l Nome del file
File di registro

-n Emetti solo l'elenco dei GI (con -q ed -Q).

-o Nome del file
Nome file per l'output (predefinito = stdout)

-q str Genera lista gi per query Entrez. Richiede -dn or -dp.

-s str SeqId stile FASTA RACCHIUSO TRA virgolette. Formati:
lcl|int or str
bb|int
bm|int
GB|acc|loc
emb|acc|loc
pir|acc|Nome
sp|acc|Nome
pat|nazione|brevetto|ss
gi|int
dbj|acc|loc
pf|acc|Nome
pb|iscrizione|catena

-t N Tipo di uscita:
1 testo ASN.1 (predefinito)
2 binari ASN.1
3 GenBank (solo ingresso sequenziale)
4 GenPept (solo ingresso sequenziale)
5 FASTA (tabella per la storia)
6 punteggi di qualità (solo inserimento in sequenza)
7 Entrez DocSums
8 FASTA complemento inverso

Usa idfetch online utilizzando i servizi onworks.net