Questo è il comando indelebile che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
indelebile - simulatore potente e flessibile dell'evoluzione biologica
SINOSSI
indelebile
Nessuna opzione può essere passata tramite la riga di comando.
DESCRIZIONE
indelebile può simulare l'evoluzione di nucleotidi, amminoacidi o codoni multi-partizionati
set di dati attraverso i processi di inserimento, cancellazione e sostituzione in continuo
tempo. Sono supportati tutti i modelli evolutivi comuni.
La documentazione completa per indelebile è disponibile sotto
/usr/share/doc/indelebile/help/index.html.
CONFIGURAZIONE
indelebile legge le impostazioni per un'esecuzione di simulazione da un file denominato control.txt nel
directory corrente. Il file è diviso in blocchi, con ogni blocco che ne controlla uno
particolare aspetto della simulazione. I blocchi possono contenere ulteriori sottoblocchi. I commenti possono
essere dato in stile C o C++. Se indelebile viene eseguito senza un file di controllo presente, an
viene generato il file di esempio.
[GENERE] Digitare
Ogni file di controllo deve iniziare con a TIPO bloccare. I tipi possibili sono NUCLEOTIDI,
AMMINOACIDOe CODONE.
[IMPOSTAZIONI]
Questo blocco specifica le preferenze dell'utente non essenziali come i tipi di file di output e
formati, semi per il generatore di numeri casuali e se produrre in dettaglio
rapporti.
[MODELLO] nome del modello
Questo blocco avvia un nuovo modello evolutivo da utilizzare per la simulazione. Il
parametri particolari tra cui modelli di sostituzione, indel-rates e codon-site
i modelli sono controllati tramite sottomodelli. nome del modello può essere qualsiasi nome di tua scelta.
[ALBERO] nome albero newick
Questo blocco è usato per specificare un albero guida con il nome dato nomealbero.
Le distanze evolutive sono rappresentate come lunghezze dei rami per l'albero in NEWICK
formato.
[RAMI]
Questi blocchi vengono utilizzati per simulare processi non stazionari e non omogenei.
Diversi modelli possono essere specificati su diversi rami dell'albero guida permettendo
rami per avere diversi modelli di sostituzione, distribuzione della lunghezza indel, tasso
eterogeneità, composizione di base ecc.
[PARTIZIONI] nomepartizione
Durante ogni esecuzione è possibile simulare più partizioni di sequenza. Per ogni partizione
devono essere specificati l'albero guida, il modello evolutivo e la lunghezza della sequenza.
[EVOLUZIONE]
All'interno di questo blocco possono essere generate più repliche di una partizione.
COPYRIGHT
Copyright © 2010 William Fletcher Licenza GPLv3+: GNU GPL versione 3 o successiva.
Questo è un software gratuito: sei libero di modificarlo e ridistribuirlo. NON C'E' GARANZIA,
nella misura consentita dalla legge. Il testo completo della licenza è disponibile su
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
RINGRAZIAMENTI
William Fletcher e Ziheng Yang (2009). INDELible: un simulatore flessibile di biologico
Evoluzione della sequenza, Molecolare Biologia ed evoluzione, 26(8): 1879-1888.
Utilizzare indelebili online utilizzando i servizi onworks.net
