Questo è il comando insegt che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
insegt - Intersezione di dati di sequenziamento di seconda generazione con annotazione
SINOSSI
insegt [OPZIONI]
DESCRIZIONE
INSEGT è uno strumento per analizzare gli allineamenti delle letture RNA-Seq (single-end o paired-end)
utilizzando annotazioni genetiche.
L'input per INSEGT è un file SAM contenente gli allineamenti e un file contenente i
annotazioni del genoma di riferimento, sia in formato GFF che GTF.
-h, --Aiuto
Visualizza questo messaggio di aiuto.
--versione
informazioni sulla versione
Opzioni: :
-ro, --leggi-output RISORSE
Nome del file di output per l'output di lettura, che contiene le annotazioni mappate seguite da
la loro annotazione genitore. Il tipo di file valido è: gff.
-a, --anno-uscita RISORSE
Nome del file di output per anno-output, che contiene le annotazioni simili a GFF
input e inoltre i conteggi delle letture mappate e dell'espressione normalizzata
livelli in RPKM. Il tipo di file valido è: gff.
-per, --tuple-output RISORSE
Nome del file di output per l'output della tupla, che contiene tuple di esone collegate da letture o
coppie. Il tipo di file valido è: gff.
-ns, --fusione-output STR
Nome del file di output per fusion-output, che contiene tuple di esoni di fusioni geniche
(Opzione avanzata, attualmente nessuna porta di output per KNIME). Uno dei gff.
-n, --nupla INT
ntuplo Predefinito: 2.
-o, --intervallo-offset INT
Offset a brevi intervalli di allineamento per la ricerca. Predefinito: 5.
-t, --lacune-soglia INT
Soglia per gli spazi consentiti nell'allineamento (non gli introni). Predefinito: 5.
-c, --soglia-conteggio INT
Soglia per min. conteggio di tuple per l'output. Predefinito: 1.
-r, --soglia-rpkm RADDOPPIARE
Soglia per min. RPKM di tupla per l'output. Predefinito: 0.0.
-m, --max-tupla
Crea solo maxTuple (che sono attraversati dall'intera lettura).
-e, --exact-ntupla
Crea solo tuple di lunghezza esatta n. Di default tutte le tuple fino alla lunghezza data
sono calcolati (se -m è impostato, -e verrà ignorato).
-u, --orientamento-sconosciuto
L'orientamento delle letture è sconosciuto.
ESEMPI
inserto
esempio/allineamenti.sam esempio/annotazioni.gff
Esegui INSEGT su file di esempio con parametri predefiniti.
inserto -m esempio/allineamenti.sam esempio/annotazioni.gff
Esegui INSEGT su file di esempio e calcola solo maxTuple.
inserto -c 2 esempio/allineamenti.sam esempio/annotazioni.gff
Esegui INSEGT su file di esempio e genera solo tupla con un min. conteggio di 2.
VERSIONE
Insegt versione: 1.0 Ultimo aggiornamento 2012-09-11
Usa insegt online utilizzando i servizi onworks.net
