Questo è il comando ipig che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ipig - Integrazione di PSM nelle visualizzazioni del browser Genome
SINOSSI
ipig <psm file> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIZIONE
iPiG mira all'integrazione delle corrispondenze dello spettro peptidico (PSM) dalla spettrometria di massa
(MS) identificazioni di peptidi nelle visualizzazioni genomiche fornite dal browser del genoma come
come browser del genoma UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG prende i PSM dal formato standard MS mzIdentML (*.mzid) o in formato testo e
fornisce risultati in formati di traccia del genoma (file BED e GFF3), che possono essere facilmente
importato nei browser del genoma.
VERSIONI
<psm file>
indica il file con le corrispondenze dello spettro peptidico (mzid/txt)
-g, -gui
avvia l'interfaccia utente grafica di iPiG
-c, -controllo
avvia il controllo genico, i file necessari devono essere indicati nella configurazione
filetto
-cg, -controlgui
avvia l'interfaccia utente grafica del gene control
-d, -scaricatore
avvia la guida per il download
può essere indicato un file di configurazione diverso (altrimenti ipig.conf viene caricato da
predefinito)
requisiti addizionali:
usando una modalità non-gui, un file di configurazione (ipig.conf per impostazione predefinita) deve contenere diversi
parametri aggiuntivi, ad esempio indicando il genoma di riferimento ecc.
in modalità GUI (-g ed -cg), i parametri aggiuntivi possono essere indicati in due modi, entro
l'interfaccia o anche con un file di configurazione.
dai un'occhiata a readme.txt e ipig.conf per esempi e maggiori dettagli sul
parametri aggiuntivi
Usa ipig online utilizzando i servizi onworks.net
