Questo è il comando LAdump che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
LAdump - visualizza gli allineamenti locali del daligner in un formato semplice
SINOSSI
LAdiscarica [-cdt] [-o] src1:db|dam [ src2:db|dam ] allineare:las [ si legge:FILE | si legge: intervallo ...]
DESCRIZIONE
Come LAspettacolo(1) LAdiscarica permette di visualizzare gli allineamenti locali (LA) di un sottoinsieme di
pile in un file .las e selezionare quali informazioni mostrare su di esse. La differenza è
che le informazioni sono scritte in un formato ASCII "1-code" molto semplice che lo rende facile
per leggere e analizzare le informazioni per un ulteriore utilizzo. Per ogni LA la coppia di letture
viene emesso su una riga. -c chiede che si emettano ulteriormente le coordinate del LA
segmenti essere emessi. Il -d opzione richiede che il numero di differenza nel LA sia
uscita, e -t richiede che le informazioni sul tracepoint vengano emesse. Finalmente, -o richieste
che vengano emessi solo i LA che sono sovrapposizioni appropriate.
Il formato è molto semplice. Ogni informazione richiesta si verifica su una riga. Il
il primo carattere di ogni riga è un carattere "1-code" che ti dice quali informazioni
aspettarsi sulla linea. Il resto della riga contiene informazioni su dove si trova ciascun elemento
separati da un unico spazio vuoto. La linea del punto di traccia fornisce il numero di punti di traccia
intervalli nella LA ed è immediatamente seguito da altrettante righe contenenti una coppia di
numeri interi che danno il # di differenze e b-spostamento in ogni successivo punto di traccia
intervallo.
P #a #b - (#a,#b) hanno una LA tra di loro
C #ab #ae #bb #be - [#ab,#ae] si allinea con [#bb,#be]
D # - ci sono # differenze nel LA
T #n - ci sono #n intervalli di punti di traccia per LA
(#d #y )^#n - ci sono #d differenza allineando gli #y bp di B con il
prossimo intervallo di grandezza fissa di A
+ X # - Importo totale di X (X = P o T)
% X # - Quantità massima di X in qualsiasi pila (X = P o T)
@ T # - Numero massimo di punti di traccia in qualsiasi traccia
Le righe a 1 codice che iniziano con +, % o @ sono sempre le prime righe nell'output. Essi
fornire informazioni sulla dimensione di ciò che è contenuto nell'output. In particolare, '+ X #' dà
il numero totale di LA (X=P), o il numero totale di intervalli di punti di traccia (X=T) nel
file . '% X #' fornisce il numero massimo di LA (X=P) o il numero massimo di punti di traccia
intervalli (X=T) in un dato mucchio (raccolta di LA tutte con la stessa a-read (si applica solo
to ordinato Infine @ T # fornisce il numero massimo di intervalli di punti di traccia in qualsiasi traccia all'interno
il file.
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