Questo è l'ultimo comando che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
last-train - Prova a trovare parametri di punteggio adatti per allineare le sequenze date
SINOSSI
ultimo treno cognome-nome file di sequenza
DESCRIZIONE
Prova a trovare parametri di punteggio adatti per allineare le sequenze date.
VERSIONI
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
Opzioni di allenamento:
--revsim
forza simmetria complemento inverso
--matsim
matrice di sostituzione simmetrica forzata
--gapsym
simmetria di inserimento/cancellazione forzata
--pid=PID
salta gli allineamenti con > identità PID% (predefinito: 100)
Opzioni dei parametri iniziali:
-r PUNTO
punteggio partita (predefinito: 6 se Q>0, altrimenti 5)
-q COSTI
costo di mancata corrispondenza (predefinito: 18 se Q>0, altrimenti 5)
-p NOME
matrice punteggio corrispondenza/disallineamento
-a COSTI
costo esistenza gap (default: 21 se Q>0, altrimenti 15)
-b COSTI
costo estensione gap (default: 9 se Q>0, altrimenti 3)
-A COSTI
costo di esistenza di inserimento
-B COSTI
costo estensione inserimento
Opzioni di allineamento:
-D LUNGHEZZA
lettere di query per allineamento casuale (predefinito: 1e6)
-E EG2 allineamenti massimi previsti per giga quadrato
-s SPIAGGIA
0=indietro, 1=avanti, 2=entrambi (predefinito: 2 se DNA, altrimenti 1)
-S NUMERO
la matrice del punteggio si applica al filone in avanti di: 0=riferimento, 1=query (predefinito: 1)
-T NUMERO
tipo di allineamento: 0=locale, 1=sovrapposizione (default: 0)
-m COUNT
corrispondenze iniziali massime per posizione della query (predefinito: 10)
-P FILETTI
numero di fili paralleli
-Q NUMERO
formato di input: 0=fasta, 1=fastq-sanger
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