Questo è il comando load_genbankp che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
load_genbank.pl - Carica un database Bio::DB::GFF dai file GENBANK.
SINOSSI
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
NOTA: lo script bp_genbank2gff.pl nella distribuzione BioPerl è lo stesso di questo script.
DESCRIZIONE
Questo script carica un database Bio::DB::GFF con le funzionalità contenute in un file locale
genbank o un'adesione recuperata da genbank. Varie opzioni della riga di comando
consentono di controllare quale database caricare e se consentire a un database esistente di farlo
essere sovrascritto.
Questo script attualmente utilizza solo MySQL, sebbene sia una prova di principio e potrebbe facilmente
essere esteso per funzionare con altri RDMS supportati da GFF tramite adattatori.
RIGA DI COMANDO VERSIONI
Le opzioni della riga di comando possono essere abbreviate in opzioni a lettera singola. ad esempio -d invece di
--Banca dati.
--create Forza la creazione e l'inizializzazione del database
--dsn Origine dati (dbi:mysql:test predefinito)
--utente Nome utente per l'autenticazione mysql
--passaggio Password per l'autenticazione mysql
--proxy Server proxy da utilizzare per l'accesso remoto
--file Gli argomenti che seguono sono nomi di file Genbank/EMBL (predefinito)
--Accession Gli argomenti che seguono sono numeri di adesione genbank
--stdout Scrive il file GFF convertito su stdout invece di caricarlo
Usa load_genbankp online usando i servizi onworks.net
