Questo è il comando macs2_bdgdiff che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
macs2_bdgdiff - Analisi basata su modello per il sequenziamento ChIP
DESCRIZIONE
utilizzo: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 PROFONDITÀ1]
[--d2 PROFONDITÀ2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefisso OPREFISSO | -o OFILE OFILE OFILE)
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
--t1 T1BDG
Letto pile-up MACSGrafico per la condizione 1. Incompatibile con callpeak --SPMR produzione.
OBBLIGATORIO
--t2 T2BDG
Letto pile-up MACSGrafico per la condizione 2. Incompatibile con callpeak --SPMR produzione.
OBBLIGATORIO
--c1 C1BDG
Letto lambda di controllo MACSGrafico per la condizione 1. Incompatibile con callpeak --SPMR
produzione. NECESSARIO
--c2 C2BDG
Letto lambda di controllo MACSGrafico per la condizione 2. Incompatibile con callpeak --SPMR
produzione. NECESSARIO
-C TAGLIARE, --tagliare TAGLIATO FUORI
taglio logLR. DEFAULT: 3 (rapporto di verosimiglianza=1000)
-l MILLEN, --min-len MILLEN
Lunghezza minima della regione differenziale. Prova un valore più grande per rimuovere piccole regioni.
PREDEFINITO: 200
-g MAXGAP, --max-gap DIG.MAX
Distanza massima per unire le regioni differenziali vicine. Considera un divario più ampio per ampio
segni. La distanza massima deve essere inferiore alla lunghezza minima (-g). PREDEFINITO: 100
--d1 PROFONDITÀ1, --profondità1 PROFONDITÀ1
Profondità di sequenziamento (n. di letture non ridondanti in milioni) per la condizione 1. Sarà
usato insieme a --d2. Vedi descrizione per --d2 di seguito per come assegnarli.
Predefinito: 1
--d2 PROFONDITÀ2, --profondità2 PROFONDITÀ2
Profondità di sequenziamento (n. di letture non ridondanti in milioni) per la condizione 2. Sarà
usato insieme a --d1. DEPTH1 e DEPTH2 verranno utilizzati per calcolare il ridimensionamento
fattore per ogni campione, per ridurre il campione più grande al livello di quello più piccolo.
Ad esempio, confrontando 10 milioni di condizione 1 e 20 milioni di condizione 2, utilizzare
--d1 10 --d2 20, quindi il valore del pileup in bedGraph per la condizione 2 sarà diviso per
2. Predefinito: 1
--dir FUORIDIR
Se specificato, tutti i file di output verranno scritti in quella directory. Predefinito: il
directory di lavoro corrente
--o-prefisso OPREFISSO
Prefisso del file di output. I file effettivi verranno denominati PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed e PREFIX_common.bed. Si escludono a vicenda con -o/--ofile.
-o OFILE OFILE OFILE, --ofile OFILE OFILE OFILE
Nomi dei file di output. Deve fornire tre argomenti in ordine: 1. file per regioni univoche in
condizione 1; 2. file per regioni uniche in condizione 2; 3. file per le regioni comuni
in entrambe le condizioni. Nota: si escludono a vicenda con --o-prefisso.
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