macs2 - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

macs2 - macs2 - Analisi basata su modello per il sequenziamento ChIP

DESCRIZIONE

utilizzo: macs2 [-h] [--version]

{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...

mac2 -- Analisi basata su modello per il sequenziamento ChIP

posizionale argomenti:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}

callpeak
Funzione MACS2 principale: Chiama i picchi dai risultati dell'allineamento.

bdgpeakcall
Chiama i picchi dall'uscita bedGraph. Nota: tutte le regioni sullo stesso cromosoma nel
Il file bedGraph dovrebbe essere continuo, quindi lo sono solo i file bedGraph di MACS2
accettabile.

bdgroadcall
Richiama ampi picchi dall'output di bedGraph. Nota: tutte le regioni sullo stesso cromosoma in
il file bedGraph dovrebbe essere continuo, quindi lo sono solo i file bedGraph di MACS2
accettabile.

bdgcmp Deduci il rumore confrontando due tracce di segnale in bedGraph. Nota: tutte le regioni sul
lo stesso cromosoma nel file bedGraph dovrebbe essere continuo quindi solo i file bedGraph
da MACS2 sono accettabili.

bdgopt Operazioni sulla colonna del punteggio del file bedGraph. Nota: tutte le regioni sullo stesso
cromosoma nel file bedGraph dovrebbe essere continuo quindi solo i file bedGraph da
MACS2 sono accettabili.

cmbreps
Combina BEDGraphs di punteggi da repliche. Nota: tutte le regioni sullo stesso
cromosoma nel file bedGraph dovrebbe essere continuo quindi solo i file bedGraph da
MACS2 sono accettabili.

bdgdiff
Rilevamento del picco differenziale basato su quattro file bedgraph accoppiati. Nota: tutte le regioni
sullo stesso cromosoma nel file bedGraph dovrebbe essere continuo quindi solo bedGraph
i file da MACS2 sono accettabili.

filtrato
Rimuovi le letture duplicate nella stessa posizione, quindi converti il ​​formato accettabile in BED
formato.

predetto
Prevedi la dimensione d o del frammento dai risultati dell'allineamento. *NON filtrerà i duplicati*

pileup Pileup allineato legge con una data dimensione dell'estensione (dimensione del frammento o d in MACS
linguaggio). Nota che non ci sarà alcun passaggio per il filtraggio o il sequenziamento delle letture duplicate
ridimensionamento della profondità, quindi potrebbe essere necessario eseguire determinate operazioni di pre/post-elaborazione.

campione
Campione casuale numero/percentuale di letture totali.

raffinare
(Sperimentale) Prendi l'allineamento delle letture grezze, perfeziona i picchi di picco e assegna punteggi
misurazione dell'equilibrio dei tag waston/crick. Ispirato da SPP.

opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci

--versione
mostra il numero di versione del programma ed esci

Per le opzioni della riga di comando di ciascun comando, digita: macs2 COMANDO -h

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