Questo è il comando masai_mapper che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
masai_mapper - Mappatore Masai
SINOSSI
masai_mapper [OPZIONI]
DESCRIZIONE
Masai è un mappatore di lettura veloce e preciso basato su semi approssimativi e multipli
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See http://www.seqan.de/projects/masai per maggiori informazioni.
(c) Copyright 2011-2012 di Enrico Siragusa.
-h, --Aiuto
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--versione
informazioni sulla versione
Opzioni di mappatura:
-mm, --modalità-mapping STR
Seleziona la modalità di mappatura. Uno di tutti, il migliore e il migliore. Predefinito: qualsiasi migliore.
-mb, --blocco-mapping NUM
Numero massimo di letture da mappare contemporaneamente. Nell'intervallo [10000..inf]. Predefinito:
2147483647
-e, --errori NUM
Numero massimo di errori per lettura. Nell'intervallo [0..32]. Predefinito: 5.
-sl, --lunghezza-seme NUM
Lunghezza minima del seme. Nell'intervallo [10..100]. Valore predefinito: 33.
-ng, --no-gap
Non allineare le letture con gli spazi.
Opzioni per l'indice del genoma:
-x, --indice STR
Seleziona il tipo di indice del genoma. Uno tra esa, sa, qgram e fm. Predefinito: sa.
-xp, --prefisso-indice STR
Specificare un nome per il prefisso dell'indice del genoma. Predefinito: usa il prefisso del nome del file del genoma.
Opzioni di uscita:
-o, --file di uscita RISORSE
Specifica un file di output. Predefinito: usa il prefisso del nome del file reads. Tipi di file validi
sono: crudo e sam.
-nc, --no-sigaro
Non emettere la stringa CIGAR. Ciò riguarda solo l'output SAM.
Opzioni di debug:
-nv, --no-verifica
Non verificare i risultati dei semi.
-ns, --nessuna discarica
Non scaricare i risultati.
-nm, --no-multiplo
Disabilita il backtracking multiplo.
VERSIONE
masai_mapper versione: 0.7.1 [14053] Ultimo aggiornamento 2013/05/16
Usa masai_mapper online utilizzando i servizi onworks.net
