Questo è il comando maskseqe che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
maskseq - Scrive una sequenza con regioni mascherate
SINOSSI
maschere seq -sequenza sequenza -regioni gamma [-ridurre ginocchiera] -maschera stringa
-successivo seguito
maschere seq -Aiuto
DESCRIZIONE
maschere seq è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Modifica".
VERSIONI
Ingresso pagina
-sequenza sequenza
Obbligatorio pagina
-regioni gamma
Regioni da mascherare. Un insieme di regioni è specificato da un insieme di coppie di posizioni. Il
le posizioni sono numeri interi. Sono separati da qualsiasi carattere non numerico e non alfabetico.
Esempi di specifiche regionali sono: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
aggiuntivo pagina
-ridurre ginocchiera
La regione può essere "mascherata" convertendo i caratteri della sequenza in caratteri minuscoli, alcuni
programmi non EMBOSS, ad esempio fasta, possono interpretarlo come una regione mascherata. La sequenza è
invariato a parte il cambio di cassa. Potresti voler assicurarti che l'intera sequenza
è in maiuscolo prima di mascherare le regioni specificate in minuscolo utilizzando il
bandiera '-cena'. Valore predefinito: N
-maschera stringa
Carattere da usare quando si maschera. Il valore predefinito è 'X' per le sequenze proteiche, 'N' per nucleico
sequenze. Se il carattere della maschera è impostato per essere il carattere SPAZIO o un carattere nullo,
quindi la sequenza viene 'mascherata' cambiandola in minuscolo, proprio come con il
flag '-minuscolo'. Valore predefinito: @($(acdprotein)?X:N)
Uscita pagina
-successivo seguito
Usa maskseqe online utilizzando i servizi onworks.net
