Questo è il comando matchere che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
matcher - Allineamento locale Waterman-Eggert di due sequenze
SINOSSI
abbinatore -una sequenza sequenza -bsequenza sequenza [-file di dati matrice] [-alternative numero intero]
[-aperta numero intero] [-estendere numero intero] -file di uscita allineare
abbinatore -Aiuto
DESCRIZIONE
abbinatore è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Allineamento: Locale".
VERSIONI
Ingresso pagina
-una sequenza sequenza
-bsequenza sequenza
-file di dati matrice
Questo è il file della matrice di punteggio utilizzato quando si confrontano le sequenze. Per impostazione predefinita è il
il file 'EBLOSUM62' (per le proteine) o il file 'EDNAFULL' (per le sequenze nucleiche). Queste
i file si trovano nella directory 'data' dell'installazione di EMBOSS.
aggiuntivo pagina
-alternative numero intero
Questo imposta il numero di risultati di corrispondenze alternative. Per impostazione predefinita solo il più alto
viene mostrato l'allineamento del punteggio. Un valore di 2 ti dà altri allineamenti ragionevoli. In
alcuni casi, per esempio proteine multidominio di cDNA e confronti di DNA genomico,
potrebbero esserci altri allineamenti interessanti e significativi. Valore predefinito: 1
-aperta numero intero
La penalità per gap è il punteggio sottratto quando si crea un gap. Il miglior valore dipende
sulla scelta della matrice di confronto. Il valore predefinito di 14 presuppone che tu stia utilizzando il
Matrice EBLOSUM62 per sequenze proteiche, o un valore di 16 e la matrice EDNAFULL per
sequenze nucleotidiche. Valore predefinito: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-estendere numero intero
La penalità per la lunghezza del gap, o estensione del gap, viene aggiunta alla penalità standard per il gap per
ogni base o residuo nell'intercapedine. In questo modo vengono penalizzati i gap lunghi. Di solito lo farai
aspettati alcuni intervalli lunghi piuttosto che molti intervalli brevi, quindi la penalità per l'estensione del divario
dovrebbe essere inferiore alla penalità di gap. Un'eccezione è dove una o entrambe le sequenze sono
letture singole con possibili errori di sequenza, nel qual caso te ne aspetteresti molte
lacune di base singola. Puoi ottenere questo risultato impostando la penalità del gap a zero (o molto
basso) e utilizzando la penalità di estensione del gap per controllare il punteggio del gap. Valore predefinito:
@($(acdprotein)? 4: 4)
Uscita pagina
-file di uscita allineare
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