mauveAligner - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mauveAligner: costruire in modo efficiente più allineamenti genomici

SINOSSI

malvaAligner [opzioni] ...
nome file>

DESCRIZIONE

Gli algoritmi di allineamento mauveAligner e progressiveMauve sono stati implementati come
programmi da riga di comando inclusi con il software scaricabile Mauve. Quando eseguito da
riga di comando, questi programmi forniscono opzioni non ancora disponibili nell'interfaccia grafica.

VERSIONI

--uscita=Nome del file di output.
Stampa sullo schermo per impostazione predefinita

--mamme Trova solo MUM, non tentare di determinare blocchi collineari localmente (LCB)

--nessuna ricorsione Non eseguire l'identificazione ricorsiva dell'ancora (implica
--allineamento-no-gapped)

--no-lcb-estensione Se si determinano LCB, non tentare di estendere gli LCB

--dimensione-seme=Dimensione iniziale della corrispondenza del seme, il valore predefinito è log_2 (lunghezza media della sequenza)

--max-extension-iterazioni=Limita le estensioni LCB a questo numero di tentativi,
il valore predefinito è 4

--elimina-inclusioni Elimina le inclusioni collegate nelle corrispondenze di sottoinsiemi.

--peso=Peso minimo LCB in coppie di basi per sequenza

--match-input=Usa il file di corrispondenza specificato invece di cercare le corrispondenze

--lcb-corrispondenza-input Indica che il file di input delle corrispondenze contiene corrispondenze che sono state
raggruppati in LCB

--lcb-input=Usa il file lcb specificato invece di costruire LCB (salta LCB
generazione)

--scratch-percorso=Per genomi di grandi dimensioni, utilizzare una directory per l'archiviazione di dati temporanei.
Dovrebbe essere dato due o più volte con percorsi diversi.

--id-matrice=Genera statistiche LCB e scrivile nel file specificato

--dimensione-isola=Trova isole più grandi del numero indicato

--isola-output=Isole di output il file dato (richiede --dimensione dell'isola)

--dimensione della spina dorsale=Trova tratti di spina dorsale più lunghi del numero dato di bp

--max-backbone-gap=Consentire alla spina dorsale di essere interrotta da spazi fino a questa lunghezza in
bp

--backbone-uscita=Isole di output il file dato (richiede --dimensione dell'isola)

--output-copertura=Emetti un elenco di copertura nel file specificato (- per stdout)

--ripete Genera una mappa ripetuta. È possibile specificare solo una sequenza

--albero-guida-output=Scrivi un albero guida per il file designato

--collineare Supponiamo che le sequenze di input siano collineari: non hanno riarrangiamenti

gapped allineamento controlli:
--allineamento-no-gapped Non eseguire un allineamento con spazi vuoti

--max-gapped-aligner-length=Numero massimo di coppie di basi con cui tentare l'allineamento
l'allineatore gappato

--min-recursive-gap-length=Dimensione minima degli spazi vuoti che Mauve eseguirà in modo ricorsivo
Ancoraggio MUM attivo (il valore predefinito è 200)

Firmato permutazione matrice opzioni:
--permutazione-matrice-output=Scrivi gli LCB come una matrice di permutazione con segno in
il file dato

--matrice-di permutazione-peso minimo=Verrà scritta una matrice di permutazione per ogni
insieme di LCB con peso compreso tra questo valore e il valore di --il peso

allineamento produzione opzioni:
--alignment-dir-output=Emette una serie di file di allineamento (uno per LCB) su a
data directory

--alignment-output-format=Seleziona il formato di output per --allineamento-uscita-dir

--allineamento-uscita=Scrivi un allineamento del formato XMFA nel file designato

I formati di output di allineamento supportati sono: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Usa mauveAligner online utilizzando i servizi onworks.net