Questo è il comando mcmc_analysis che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
mcmc_analysis - Analisi del MCMC
SINOSSI
mcmc_analisi [VERSIONI] Dati MCMC ...
DESCRIZIONE
Questo programma legge l'output MCMC, da uno o più file, dai programmi nel BEEP
pacchetto. È importante che le stesse colonne siano presenti in ogni file di input.
Formato di input:
Output da iterazioni MCMC sul formato
where
è il logaritmo della verosimiglianza in formato float
è lo spazio bianco di tabulazione che separa i campi
è un numero intero per l'ordinale dell'iterazione
è un elenco di campi separati da punto e virgola contenente
i parametri del MCMC.
I parametri MCMC vengono digitati e dati nomi dalla prima riga nel file,
che è nel formato
# L n [ ( )]+
I nomi dovrebbero essere univoci, ma non devono esserlo. Il è uno
of
galleggiante
log float
numero intero
albero
coppie ortologiche
e utilizzato per dedurre come analizzare e analizzare il resto delle linee.
Formato di output:
Un rapporto sulla corsa MCMC, con stime a posteriori dei parametri.
VERSIONI
-b [GALLEGGIANTE|INT]
La percentuale (0 <= x <1), o il numero di (x è intero >= 1) dell'input da essere
scartato come burnin. Valore predefinito: 0.1.
-p STRING
Traccia il parametro denominato . L'output è composto da due colonne, il numero di iterazione e
il valore del parametro nell'iterazione.
-i STRING
Ignora il parametro denominato. Vedere la riga di intestazione nell'output di MCMC per i nomi delle colonne. Voi
può nominare più colonne contemporaneamente usando un formato delimitato da virgole, (es -i
Lunghezza, Nome). Non sono consentiti spazi tra i nomi delle colonne.
-t Output LaTex per l'analisi.
-l Contare e riportare il numero di campioni nel file di input.
-mp NT Il numero massimo di punti da tracciare.
-sp Indicare esplicitamente i punti nei grafici.
-coda File di output per il pacchetto CODA in R
-alberi di codice
Uguale a -coda, ma include i parametri dell'albero. Ogni albero viene emesso come ID intero
(ordine di visita in catena, 1,2,...). Assicurati di usare -i per nascondere gli alberi
contenente lunghezze/tempi/tariffe.
-P Catene parallele. Ciò implica che sono elencati diversi file di campioni (paralleli).
URL
La home page di prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
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