megablast - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Strumento di ricerca di allineamento locale di base

SINOSSI

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "inizia a Stop"] [-J "inizia a Stop"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a Nome del file] [-d N] [-e X] [-g F] -i Nome del file
-j Nome del file [-m] [-o Nome del file] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "inizia a Stop"]
[-J "inizia a Stop"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i Nome del file]
[-j Nome del file] [-k str] [-m N] [-n] [-o Nome del file] -p str [-q N] [-r N] [-S] [-T N] [-u]
[- v N] [-w N] [-i N] [-z N]

esplosione [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L inizia, fermati] [-M str] [-O Nome del file] [-P N] [-Q N] [-R Nome del file] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Nome del file]
[-l str] [-m N] [-n] [-o Nome del file] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L inizia, fermati] [-M str] [-O Nome del file] [-P N] [-Q N] [-R Nome del file] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Nome del file] [-l str]
[-m N] [-n] [-o Nome del file] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L inizia, fermati]
[-M str] [-O Nome del file] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Nome del file] [-m N] [-n] [-o Nome del file] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B Nome del file] [-C Nome del file] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O Nome del file] [-P N] [-Q Nome del file] [-R Nome del file] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i Nome del file] [-j N] [-k Nome del file] [-l str] [-m N] [-o Nome del file] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u,-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O Nome del file] [-P Nome del file]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i Nome del file] [-j N] [-m N] [-o Nome del file]
[-v N] [-y X] [-z N]

megaesplosione [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L inizia, fermati] [-M N]
[-N N] [-O Nome del file] [-P N] [-Q Nome del file] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i Nome del file] [-l str] [-m N] [-n]
[-o Nome del file] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L inizia, fermati] [-N X] [-O Nome del file] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d Nome del file [-e X] [-i Nome del file] [-l Nome del file] [-m N]
[-o Nome del file] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

semenzaio [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O Nome del file]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i Nome del file] [-k Nome del file] [-o Nome del file] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESCRIZIONE

Questa pagina di manuale documenta brevemente i comandi bl2seq, esplosione, esplosione, blastcl3,
blastpgp, impala, megaesplosione, rpsblaste semenzaio. Questi comandi sono documentati
insieme perché hanno molte opzioni comuni.

bl2seq esegue un confronto tra due sequenze utilizzando blastn o blastp
algoritmo. Entrambe le sequenze devono essere nucleotidi o proteine.

blast2 confronta una sequenza con un database locale o una seconda sequenza; esso
incorpora la maggior parte delle funzionalità di entrambi bl2seq ed esplosione, ma usa un semi-
sperimentale nuovo motore interno.

esplosione ed blastall_old trova le migliori corrispondenze in un database locale per una sequenza.
esplosione utilizza un motore più recente di blastall_old per impostazione predefinita, ma supporta l'utilizzo del precedente
anche il motore (quando invocato con l'opzione -V F).

blastcl3 accede al nuovissimo motore di ricerca NCBI BLAST (versione 2.0). Il software dietro
BLAST versione 2.0 è stata scritta da zero per consentire a BLAST di gestire le nuove sfide
poste dai database delle sequenze nei prossimi anni. Gli aggiornamenti a questo software verranno
continuare nei prossimi anni.

blastpgp esegue ricerche blastp con gap e può essere utilizzato per eseguire ricerche iterative in
modalità psi-blast e phi-blast.

impala ricerca in un database di matrici di punteggio, preparato da copione(1), producendo simile a BLAST
produzione.

megaesplosione utilizza l'algoritmo greedy di Webb Miller et al. per la sequenza nucleotidica
ricerca di allineamento e concatena molte query per risparmiare tempo impiegato nella scansione del database.
Questo programma è ottimizzato per allineare sequenze che differiscono leggermente a causa di
sequenziamento o altri "errori" simili. È fino a 10 volte più veloce del più comune
programmi di somiglianza di sequenza e quindi può essere utilizzato per confrontare rapidamente due grandi insiemi
di sequenze l'una contro l'altra.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) ricerca una sequenza di query in un database di profili.
Questo è l'opposto di PSI-BLAST che cerca un profilo in un database di sequenze,
da qui il "Rovescio". rpsblast utilizza un algoritmo simile a BLAST, trovando parole singole o doppie
hit e quindi eseguire un'estensione ungapped su queste corrispondenze candidate. Se un
viene prodotto un allineamento ungapped con punteggio sufficientemente alto, viene eseguita un'estensione gapped
e vengono riportati gli allineamenti (gap) con un valore atteso sufficientemente basso. Questo
procedura è in contrasto con IMPALA che esegue un calcolo Smith-Waterman tra il
query e ogni profilo, piuttosto che utilizzare un approccio basato sulla parola per identificare le corrispondenze che
dovrebbe essere esteso.

semenzaio risponde a due domande relativamente semplici:
1. Data una sequenza e un database di pattern, quali pattern si verificano nella sequenza
e dove?
2. Dato un pattern e un database di sequenze, quali sequenze contengono il pattern e
dove?

Alcuni di questi comandi supportano più tipi di confronto, governati dal -p
flag ("programma"):

blastp confronta una sequenza di query di amminoacidi con un database di sequenze di proteine.

blastn confronta una sequenza di query di nucleotidi con un database di sequenze di nucleotidi.

blastx confronta i prodotti di traduzione concettuale a sei frame di una query di nucleotidi
sequenza (entrambi i filamenti) rispetto a un database di sequenze proteiche. Per bl2seq, le
nucleotide dovrebbe essere la prima sequenza data.

psitblastn confronta una sequenza di query di proteine ​​con un database di sequenze di nucleotidi
tradotto dinamicamente in tutti e sei i frame di lettura (entrambi i filamenti) usando a
matrice specifica della posizione creata da PSI-BLAST.

tblastn confronta una sequenza di query di proteine ​​con un database di sequenze di nucleotidi
tradotto dinamicamente in tutti e sei i frame di lettura (entrambi i filamenti). Per bl2seq,
il nucleotide dovrebbe essere la seconda sequenza data.

tblastx confronta le traduzioni di sei frame di una sequenza di query di nucleotidi con il
traduzioni a sei frame di un database di sequenze nucleotidiche.

VERSIONI

Di seguito è riportato un riepilogo delle opzioni.

- Stampa messaggio di utilizzo

-A (bl2seq)
Sequenze di input sotto forma di accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Dimensioni della finestra dei risultati multipli; generalmente il valore predefinito è 0 (per le estensioni a colpo singolo), ma
il valore predefinito è 40 quando si utilizzano modelli non contigui.

-B N (esplosione2)
Produci output al volo:
0 nessuno (predefinito)
1 tabella di offset e valori di qualità
2 aggiungi dati di sequenza
3 testo ASN.1
4 binari ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
Numero di query concatenate, in modalità blastn o tblastn

-B Nome del file (esplosionepgp)
File di allineamento degli input per il riavvio di PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Usa statistiche basate sulla composizione per blastp o tblastn:
T, t, D o d
Predefinito (equivalente a 1 per blast2 ed blastall_old e 2 per esplosione
ed blastcl3)
0, F o f
Nessuna statistica basata sulla composizione
1 Statistiche basate sulla composizione come in NAR 29:2994-3005, 2001
2 Regolazione del punteggio basata sulla composizione come in Bioinformatica 21:902-911, 2005,
condizionato dalle proprietà di sequenza
3 Regolazione del punteggio basata sulla composizione come in Bioinformatica 21:902-911, 2005,
incondizionatamente
Quando si abilitano le statistiche in blastall, blastall_old o blastcl3 (vale a dire, non esplosivo2),
aggiungendo u (senza distinzione tra maiuscole e minuscole) alla modalità consente l'uso di valori p unificati
combinando allineamento e p-value compositivi solo nel round 1.

-C Nome del file (esplosionepgp)
File di output per il checkpoint PSI-BLAST

-C N (cima di semi)
Solo punteggio o meno (predefinito = 1)

-D N (bl2seq)
Formato di output:
0 tradizionale (predefinito)
1 tabella

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Tradurre le sequenze nel database secondo il codice genetico N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (il valore predefinito è 1; si applica solo a tblast*)

-D N (megablasto)
Tipo di uscita:
0 punti finali di allineamento e punteggio
1 endpoint di tutti i segmenti ungapped
2 uscite BLAST tradizionali (default)
3 formato di una riga delimitato da tabulazioni
4 testo incrementale ASN.1
5 binari incrementali ASN.1

-D N (cima di semi)
Riduzione dei costi per l'allineamento (predefinito = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Estendere un divario costi N (-1 richiama il comportamento predefinito)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Estendere un divario costi N (-1 richiama il comportamento predefinito: non affine se avido, 2
altrimenti)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Estendere un divario costi N (l'impostazione predefinita è 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Opzioni di filtro per DUST o SEG; il valore predefinito è
T per bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 e megablast, e per F per
blastpgp, impala e rpsblast.

-F (cima di semi)
Sequenza filtro con SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Aprire un gap costi N (-1 richiama il comportamento predefinito)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Aprire un gap costi N (-1 richiama il comportamento predefinito: non affine se avido, 5 se
utilizzando la programmazione dinamica)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Aprire un gap costi N (l'impostazione predefinita è 11)

-H (esplosione2)
Produci output HTML

-H N (esplosionepgp)
Fine della regione richiesta nella query (-1 indica la fine della query)

-H (impala)
Guida alla stampa (diverso dal messaggio di utilizzo)

-H N (megablasto)
Numero massimo di HSP da salvare per sequenza di database (il valore predefinito è 0, illimitato)

-I "inizia a Stop" (bl2seq, blast2)
Posizione sulla prima sequenza (query) (si applica solo se il file è specificato con -i contiene
una singola sequenza)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Mostra GI in deflines

-J "inizia a Stop" (bl2seq, blast2)
Posizione sulla seconda sequenza (oggetto) (si applica solo se il file è specificato con -j
contiene una singola sequenza)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Credi nella definizione della query

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Numero di migliori successi di una regione da mantenere. Disattivato per impostazione predefinita. Se usato un valore di 100
è raccomandato. Valori molto alti di -v or -b sono anche suggeriti.

-K N (cima di semi)
Moltiplicatore della dimensione del buffer di hit interno (lunghezza della query rispetto a; valore predefinito = 2)

-L (esplosione2)
Utilizzare (classica Mega BLAST) tabella di ricerca con larghezza 12

-L inizia, fermati (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Posizione sulla sequenza di query (per rpsblast, valido solo in modalità blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Usa matrix str (predefinito = BLOSUM62)

-M N (megablasto)
Lunghezza totale massima delle query per una singola ricerca (predefinito = 5000000)

-N (esplosione2)
Mostra solo le accessioni per gli ID di sequenza nell'output tabulare

-N X (blastpgp, rpsblast)
Numero di bit per attivare il gap (predefinito = 22.0)

-N N (megablasto)
Tipo di un modello di parole non contiguo:
0 codifica (predefinito)
1 ottimale
2 due simultanei

-O Nome del file (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Scrivi (ASN.1) allineamenti di sequenze
a Nome del file; valido solo per blastpgp, impala, rpsblast e seedtop con -Je
valido solo per megablast con D2.

-P X (esplosione2)
Cut-off della percentuale di identità

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Impostare su 1 per la modalità a colpo singolo o 0 per la modalità a colpo multiplo (impostazione predefinita). Non si applica
esplodere.

-P Nome del file (impala)
Leggi i profili di matrice dal database Nome del file

-P N (megablasto)
Numero massimo di posizioni per un valore hash (impostato su 0 [predefinito] per ignorare)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traduci query in base al codice genetico N in /usr/share/ncbi/data/gc.prt (predefinito
è 1)

-Q Nome del file (esplosionepgp)
File di output per la matrice PSI-BLAST in ASCII

-Q Nome del file (megablasto)
Output query mascherato; richiede -D 2

-R (esplosione2)
Calcolare gli allineamenti Smith-Waterman localmente ottimali. (Questa opzione è disponibile solo
per gapped tblastn.)

-R Nome del file (blastall, blastall_old)
Leggi il file del punto di controllo PSI-TBLASTN Nome del file

-R (blastcl3)
RPS Ricerca esplosiva

-R Nome del file (esplosionepgp)
File di input per il riavvio di PSI-BLAST

-R (megablasto)
Riporta le informazioni di registro alla fine dell'output

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Query strands da cercare nel database per blastn, blastx, tblastx:
1 top
2 in basso
3 entrambi (predefinito)

-S N (esplosionepgp)
Inizio della regione richiesta nella query (predefinito = 1)

-S N (cima di semi)
Costo limite (predefinito = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Produce output HTML

-T N (esplosione2)
Tipo di un modello di parole non contiguo:
0 codifica (predefinito)
1 ottimale
2 due simultanei

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Usa il filtro minuscolo per la sequenza di query

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Forza l'uso del motore legacy

-V (esplosione2)
Utilizzare l'approccio a dimensione di parola variabile per la scansione del database

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Usa parole di dimensioni N (lunghezza della migliore corrispondenza perfetta;
zero richiama il comportamento predefinito, eccetto con megablast, che per impostazione predefinita è 28, e
blastpgp, il cui valore predefinito è 3. I valori predefiniti per gli altri comandi variano con
"programma": 11 per blastn, 28 per megablast e 3 per tutto il resto.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Valore di calo di X per l'allineamento con gap (in
bit) (zero richiama il comportamento predefinito, eccetto con megablast, che per impostazione predefinita è 20,
e rpsblast e seedtop, il cui valore predefinito è 15. I valori predefiniti per l'altro
i comandi variano con "programma": 30 per blastn, 20 per megablast, 0 per tblastx e
15 per tutto il resto.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Lunghezza effettiva dello spazio di ricerca (usa zero per
la dimensione reale)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Valore di abbandono di X per [programmazione dinamica?] finale con gap
allineamento in bit (il valore predefinito è 100 per blastn e megablast, 0 per tblastx, 25 per
altri)

-a Nome del file (bl2seq)
Scrivi l'uscita ASN.1 del testo su Nome del file

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Numero di thread da utilizzare (il valore predefinito è uno)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Numero di sequenze del database per cui mostrare gli allineamenti
(B) (il valore predefinito è 250)

-c (esplosione2)
Maschera minuscola

-c N (impala)
Costante in pseudoconteggi per versione multipass; 0 (predefinito) utilizza il metodo dell'entropia;
altrimenti si consiglia un valore vicino a 30

-c N (impala)
Costante in pseudoconteggi per la versione multipass (il valore predefinito è 10)

-d N (bl2seq)
Usa dimensione DB teorica di N (zero sta per la dimensione reale)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Database da utilizzare (l'impostazione predefinita è nr per tutti gli eseguibili
tranne blast2, che richiede una seconda sequenza FASTA se non è impostata)

-d Nome del file (esplosione di rps)
Database RPS BLAST

-e X Valore di aspettativa (E) (predefinito = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Soglia per l'estensione dei colpi, predefinita se zero: 0 per blastn e megablast, 11 per
blastp, 12 per blastx e 13 per tblasn e tblastx.

-f N (esplosionepgp)
Soglia per l'estensione dei colpi (predefinito 11)

-f (megablasto)
Mostra gli ID completi nell'output (impostazione predefinita: solo GI o accessioni)

-f (cima di semi)
Forza la ricerca di modelli anche se sono troppo probabili

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Non eseguire l'allineamento con gap (N/A per tblastx)

-g (esplosione2)
Usa l'algoritmo greedy per le estensioni con gap

-g F (megablasto)
Fai in modo che megablast non contiguo generi parole per ogni base del database
(obbligatorio con l'attuale motore BLAST)

-h N (esplosione2)
Penalità di spostamento del fotogramma per gapping fuori dal fotogramma (solo blastx, tblastn; l'impostazione predefinita è
zero)

-h X (blastpgp, impala)
soglia e-value per l'inclusione nel modello multipass (default = 0.002 per blastpgp,
0.005 per impala)

-i Nome del file
Leggi (prima, interroga) la sequenza o imposta da Nome del file (il valore predefinito è stdin; non necessario per
blastpgp se si riavvia da scoremat)

-j Nome del file (bl2seq, esplosione2)
Leggi la seconda sequenza (oggetto) o imposta da Nome del file

-j N (esplosionepgp)
Numero massimo di pass da utilizzare nella versione multipass (default = 1)

-k str (esplosione2)
Modello per PHI-BLAST

-k Nome del file (blastpgp, seedtop)
File hit di input per PHI-BLAST (predefinito = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Limita la ricerca del database all'elenco dei GI [Stringa]

-l Nome del file (esplosione di rps)
Registra i messaggi in Nome del file piuttosto che l'errore standard.

-m (bl2seq)
Usa Mega Blast per la ricerca

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) opzioni di visualizzazione dell'allineamento:
0 a coppie (predefinito)
1 identità che mostra ancorata alla query
2 ancorato alla query, nessuna identità
3 flat query-ancorate, mostra identità
4 flat query-ancorate, nessuna identità
5 ancorati alla query, senza identità e con estremità smussate
6 flat query-ancorate, senza identità e estremità smussate
7 Output XML Blast (non disponibile per impala)
8 tabulare (non disponibile per impala)
9 tabulari con righe di commento (non disponibile per impala)
10 ASN.1 testo (non disponibile per impala o rpsblast)
11 binario ASN.1 (non disponibile per impala o rpsblast)

-n (esplosione2)
Mostra GI in sequenza ID

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Ricerca MegaBlast

-n (megablasto)
Utilizzare l'estensione non greedy (programmazione dinamica) per i punteggi di gap affini

-o Nome del file
Scrivi il rapporto di allineamento finale su Nome del file piuttosto che stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Usa il "programma" (tipo di confronto) str. DESCRIZIONE la sezione copre questo
opzione in modo più dettagliato.

-p str (esplosionepgp)
opzione di programma per PHI-BLAST (default = blastpgp)

-p X (megablasto)
Cut-off percentuale identità (predefinito = 0)

-p F (esplosione di rps)
La sequenza di query è un nucleotide, non una proteina

-p str (cima di semi)
nome del programma:
patmatchp indica quali pattern si verificano in una sequenza
patternp indica quali sequenze contengono un pattern

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Penalità per mancata corrispondenza nucleotidica (solo blastn) (predefinito = -10
per seedtop, -3 per tutto il resto)

-q N (esplosionepgp)
ASN.1 Inserimento dello scoremat dei dati del punto di controllo:
0 nessun input per il punteggio (predefinito)
1 riavvio dal file di checkpoint ASCII scoremat
2 riavvio dal file di checkpoint del punteggio binario

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Ricompensa per una corrispondenza nucleotidica (solo blastn) (predefinito = 10 per
seedtop, -10 per tutto il resto)

-s (esplosione2)
No-op (parole di generazione precedentemente richieste per ogni base del database)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Calcolare gli allineamenti Smith-Waterman localmente ottimali. Per blastall, blastall_old e
blastcl3, questo è disponibile solo in modalità gapped tblastn.

-s N (megablasto)
Punteggio minimo da segnalare (0 per comportamento predefinito)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Lunghezza di un modello di parola non contiguo (il più grande introne consentito in un tradotto
sequenza nucleotidica quando si collegano più assegnazioni distinte; predefinito = 0;
i valori negativi disabilitano il collegamento per blastall, blastall_old e blastcl3.)

-t N[u] (esplosionepgp)
Regolazione del punteggio basata sulla composizione. Il primo carattere è interpretato come segue:
0, F o f
nessuna statistica basata sulla composizione
1 statistica basata sulla composizione come in NAR 29:2994-3005, 2001
2, T o t
aggiustamento del punteggio basato sulla composizione come in Bioinformatica 21:902-911, 2005,
condizionato dalle proprietà della sequenza nel round 1 (predefinito)
3 aggiustamento del punteggio basato sulla composizione come in Bioinformatica 21:902-911, 2005,
incondizionatamente al round 1

Quando sono in uso le statistiche basate sulla composizione, aggiungendo u (senza distinzione tra maiuscole e minuscole) al
l'argomento richiede un p-value unificato che combina l'allineamento p-value e composizionale p-
valore solo nel round 1.

-t N (megablasto)
Lunghezza di un modello di parole non contigue (parola contigua se 0 [predefinito])

-u (esplosione2)
Esegui solo l'allineamento ungapped (sempre TRUE per tblastx)

-u str (blastcl3)
Limita la ricerca del database ai risultati della ricerca Entrez2

-u N (esplosionepgp)
ASN.1 Output Scoremat dei dati del punto di controllo:
0 nessun output scoremat (predefinito)
1 file di checkpoint ASCII scoremat di output (richiede -J)
2 file di checkpoint scoremat binario di output (richiede -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Numero di descrizioni di una riga da mostrare (V) (predefinito =
500)

-w N (esplosione2)
Dimensione della finestra (distanza massima consentita tra una coppia di riscontri iniziali; 0 invoca
comportamento predefinito, -1 disattiva più hit)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Penalità di frame shift (algoritmo OOF per blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff per estensioni ungapped in bit (0.0 invoca default
comportamento: 20 per blastn, 10 per megablast e 7 per tutti gli altri.)

-y N (megablasto)
Valore di abbandono X per l'estensione ungapped (il valore predefinito è 10)

-z N (esplosione2)
Lunghezza massima dell'introne per il collegamento HSP con gap irregolare (solo tblastn; il valore predefinito è 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Lunghezza effettiva del database (usa zero per la dimensione reale)

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