mia-2dmyoicapgt - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-2dmyoicapgt - Esegue una registrazione di una serie di immagini 2D.

SINOSSI

mia-2dmyoicapt -i -o [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-2dmyoicapt Questo programma implementa un algoritmo di compensazione del movimento a due passaggi. prima
la registrazione lineare viene eseguita sulla base di una variazione di Gupta et~al. "Completamente automatico
registrazione e segmentazione delle sequenze di immagini RM di perfusione miocardica di primo passaggio",
Academic Radiology 17, 1375-1385 come descritto in Wollny G, Kellman P, Santos A,
Ledesma-Carbayo MJ, "Compensazione automatica del movimento della respirazione libera acquisita Miocardico
Dati di perfusione utilizzando l'analisi dei componenti indipendenti", Analisi dell'immagine medica, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004, seguito da una registrazione non lineare basata su Chao Li e
Ying Sun, "Registrazione non rigida della risonanza magnetica per perfusione miocardica utilizzando la pseudo verità fondamentale" ,
In Proc. Calcolo dell'immagine medica e intervento assistito da computer MICCAI 2009, 165-172,
2009. Si noti che per questa correzione del movimento non lineare un passaggio di registrazione lineare precedente
è solitamente richiesto. Questa versione del programma può eseguire tutte le registrazioni in parallelo.

VERSIONI

Soprannome Terra verità stima
-A --alfa=0.1
peso di penalità di quartiere spaziale peso di penalità di quartiere spaziale

-B --beta=4
penalità derivata seconda temporale pesopenalità derivata seconda temporale
peso

-T --rho-soglia=0.85
soglia di correlazione per l'analisi del quartieresoglia di correlazione per
analisi di quartiere

File-IO
-i --in-file=(input, richiesto); corda
inserire il set di dati di perfusione

-o --out-file=(output, richiesto); corda
set di dati di perfusione in uscita

-r --registrato=
Base del nome del file per le immagini registrate. Tipo di immagine e schema di numerazione
sono presi dalle immagini di input come indicato nel set di dati di input.

--save-cropped=(output); corda
salva il set ritagliato in questo file, i file di immagine utilizzeranno la radice del nome
come base del nome del file

--save-feature=(output); corda
salvare le immagini delle funzionalità di segmentazione e la matrice di miscelazione ICA iniziale

--save-refs=(output); corda
per ogni passaggio di registrazione salvare le immagini di riferimento in file con il dato
base del nome

--save-regs=(output); corda
per ogni pass di registrazione salva le immagini registrate intermedie

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

ICA
-C --componenti=0
Componenti ICA 0 = stima automatica Componenti ICA 0 = automatico
stima

--normalizzare
CI normalizzati

--non-strip
non togliere la media dalle curve di miscelazione

-s --segscale=0
segmentare e ridimensionare il riquadro di ritaglio attorno al segmento LV (0=nessuna segmentazione) e
ridimensiona la casella di ritaglio attorno al LV (0=nessuna segmentazione)

-k --salta=0
salta le immagini all'inizio della serie ad esempio perché come sono di altre
modalitàsalta le immagini all'inizio della serie, ad es
sono di altre modalità

-m --max-ica-iter=400
numero massimo di iterazioni in ICAnumero massimo di iterazioni in ICA

-E --segmethod=caratteristiche
Metodo di segmentazione
delta-picco ‐ differenza delle immagini di miglioramento del picco
Caratteristiche ‐ immagini in primo piano
caratteristica delta ‐ differenza delle immagini caratteristiche

-b --min-respiro-frequenza=-1
frequenza media minima da cui si può ritenere che una curva di miscelazione derivi da
respiro. Una frequenza respiratoria sana è di 12 al minuto. Un valore negativo
disabilita il test. Un valore 0.0 forza l'identificazione della serie come
acquisita con il respiro trattenuto iniziale. frequenza media minima che una curva di miscelazione può
devono essere considerati come derivanti dalla respirazione. Una sana frequenza respiratoria a riposo è
12 al minuto. Un valore negativo disabilita il test. Un valore 0.0 forza il
serie da identificare come acquisita con l'apnea iniziale.

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

Iscrizione
-L --linear-optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Ottimizzatore utilizzato per minimizzare la registrazione lineare Il valore della stringa
verrà utilizzato per costruire un plug-in. Per i plugin supportati vedere
PLUGIN:minimizer/singlecost

--trasformazione-lineare=affine
trasformazione lineare da utilizzare Il valore della stringa verrà utilizzato per costruire a
collegare. Per i plugin supportati vedi PLUGINS:2dimage/transform

-O --non-linear-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Ottimizzatore utilizzato per la minimizzazione nella registrazione non lineare. La stringa
value verrà utilizzato per costruire un plug-in. Per i plugin supportati vedere
PLUGIN:minimizer/singlecost

-a --start-c-rate=16
inizia il tasso di coefficinet in spine, viene diviso per --c-rate-divider con
ogni tasso di coefficinet pass.start in spine, viene diviso per
--c-rate-divider ad ogni passaggio.

--c-divisore-tasso=2
Divisore di tasso efficiente per ogni passaggio. Divisore di tasso efficiente per ogni passaggio.

-d --start-divcurl=10000
Inizia peso divcurl, viene diviso per --divcurl-divider con ogni
pass.Avvia peso divcurl, viene diviso per --divcurl-divider con ogni
passaggio.

--divcurl-divisor=2
Ridimensionamento del peso Divcurl con ogni nuovo passaggio. Ridimensionamento del peso Divcurl con ciascuno
nuovo passaggio.

-R --riferimento=-1
Riferimento globale a cui tutte le immagini devono essere allineate. Se impostato su un non negativo
valore, le immagini saranno allineate a questi riferimenti e l'output ritagliato
la data dell'immagine verrà inserita nelle immagini originali. Parti a -1 se tu
non importa. In questo caso tutte le immagini devono essere registrate in una posizione media di
il riferimento motionGlobal a cui tutte le immagini devono essere allineate. Se impostato su a
valore non negativo, le immagini saranno allineate a questi riferimenti e il
la data dell'immagine di output ritagliata verrà inserita nelle immagini originali. Lasciare
a -1 se non ti interessa. In questo caso tutte le immagini devono essere registrate su a
posizione media del movimento

-w --imagecost=immagine:peso=1,costo=ssd
costo dell'immagine, non specificare i parametri src e ref, questi verranno impostati da
il programma. Il valore della stringa verrà utilizzato per costruire un plug-in. Per
plugin supportati vedi PLUGINS:2dimage/fullcost

-l --mg-livelli=3
livelli multi-risoluzionelivelli multi-risoluzione

-p --passaggi-lineari=3
passaggi di registrazione lineare (da 0 a disabilitare) passaggi di registrazione lineare (da 0 a
disattivare)

-P --passaggi-non lineari=3
pass di registrazione non lineare (0 per disabilitare) pass di registrazione non lineare
(0 per disabilitare)

PLUGIN: 1g/splinebc

specchio Condizioni al contorno di interpolazione spline che si specchiano sul confine

(nessun parametro)

ripetere Condizioni al contorno dell'interpolazione spline che ripete il valore al confine

(nessun parametro)

zero Condizioni al contorno di interpolazione spline che assumono zero per valori esterni

(nessun parametro)

PLUGIN: 1d/splinekernel

bspline Creazione del kernel B-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [0, 5]
Grado spline.

mamme Creazione del kernel OMoms-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [3, 3]
Grado spline.

PLUGIN: 2dimage/costo

lncc correlazione incrociata normalizzata locale con supporto mascheramento., parametri supportati
siamo:

w = 5; unint in [1, 256]
metà larghezza della finestra utilizzata per valutare la croce localizzata
correlazione.

lsd Misura della distanza dei minimi quadrati

(nessun parametro)

mi Informazioni reciproche basate su parzen spline., i parametri supportati sono:

taglio = 0; fluttuare in [0, 40]
Percentuale di pixel da tagliare ad alta e bassa intensità da rimuovere
valori anomali.

bin = 64; unint in [1, 256]
Numero di contenitori dell'istogramma utilizzati per l'immagine in movimento.

mkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
Kernel spline per hinstogram parzen di immagini in movimento. Per i plug-in supportati
vedi PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; unint in [1, 256]
Numero di bin dell'istogramma utilizzati per l'immagine di riferimento.

kernel = [bspline:d=0]; fabbrica
Kernel spline per l'hinstogram parzen dell'immagine di riferimento. Per i plug-in supportati
ins vedi PLUGINS:1d/splinekernel

ncc correlazione incrociata normalizzata.

(nessun parametro)

ngf Questa funzione valuta la somiglianza dell'immagine in base al gradiente normalizzato
campi. Sono disponibili vari kernel di valutazione, i parametri supportati sono:

eval = ds; detto
sottotipo di plugin. I valori supportati sono:
sq ‐ quadrato della differenza
ds ‐ quadrato della differenza in scala
punto ‐ kernel prodotto scalare
attraversare ‐ kernel prodotto incrociato

ssd Costo immagine 2D: somma delle differenze al quadrato, i parametri supportati sono:

autotreccia = 0; fluttuare in [0, 1000]
Usa il mascheramento automatico dell'immagine in movimento prendendo solo i valori di intensità
conto che sono maggiori della soglia data.

norma = 0; bollo
Imposta se la metrica deve essere normalizzata per il numero di pixel dell'immagine.

ssd-maschera automatica
Costo dell'immagine 2D: somma delle differenze al quadrato, con mascheramento automatico basato su un dato
soglie, i parametri supportati sono:

trebbiare = 0; Doppio
Valore di soglia dell'intensità per l'immagine di riferimento.

strillare = 0; Doppio
Valore di soglia dell'intensità per l'immagine sorgente.

PLUGIN: 2dimage/costo intero

Immagine Funzione di costo di somiglianza dell'immagine generalizzata che gestisce anche la multi-risoluzione
in lavorazione. La misura di somiglianza effettiva è data come parametro extra.,
i parametri supportati sono:

costo = ssd; fabbrica
Nucleo della funzione di costo. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:2dimage/cost

mettere a punto = 0; bollo
Salva risultati intermedi per il debug.

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

etichettaimmagine
Funzione di costo di somiglianza che mappa le etichette di due immagini e gestisce l'etichetta-
preservando l'elaborazione multi-risoluzione., i parametri supportati sono:

mettere a punto = 0; intero in [0, 1]
scrivi le trasformazioni della distanza in un'immagine 3D.

etichetta max = 256; intero in [2, 32000]
numero massimo di etichette da considerare.

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

immagine mascherata
Funzione di costo di somiglianza immagine mascherata generalizzata che gestisce anche multi-
elaborazione della risoluzione. Le maschere fornite dovrebbero essere densamente riempite nelle regioni
elaborazione multi-risoluzione perché altrimenti le informazioni sulla maschera potrebbero andare perse
durante il ridimensionamento dell'immagine. La maschera di riferimento e la maschera trasformata del
immagine di studio sono combinati da binario AND. La misura di somiglianza effettiva è data
es parametro extra., i parametri supportati sono:

costo = ssd; fabbrica
Nucleo della funzione di costo. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:2dimage/maskedcost

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

maschera-rif =(ingresso, stringa)
Maschera immagine di riferimento (binaria).

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

maschera-src =(ingresso, stringa)
Maschera immagine studio (binario).

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

PLUGIN: immagine 2d/io

bmp Supporto per input/output di immagini 2D BMP

Estensioni file riconosciute: .BMP, .bmp

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit senza segno, 16 bit senza segno

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

dicom Immagine 2D io per DICOM

Estensioni file riconosciute: .DCM, .dcm

Tipi di elementi supportati:
16 bit con segno, 16 bit senza segno

EXR un plugin io 2dimage per immagini OpenEXR

Estensioni file riconosciute: .EXR, .exr

Tipi di elementi supportati:
32 bit senza segno, 32 bit in virgola mobile

jpg un plugin io 2dimage per immagini jpeg in scala di grigi

Estensioni file riconosciute: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno

png un plugin io 2dimage per immagini png

Estensioni file riconosciute: .PNG, .png

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit senza segno, 16 bit senza segno

crudo Supporto per l'output di immagini 2D RAW

Estensioni file riconosciute: .RAW, .raw

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

tif Supporto ingresso/uscita immagini TIFF 2D

Estensioni file riconosciute: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit senza segno, 16 bit senza segno, 32 bit senza segno

vista un plugin io 2dimage per le immagini di vista

Estensioni file riconosciute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

PLUGIN: 2dimage/costo mascherato

lncc correlazione incrociata normalizzata locale con supporto mascheramento., parametri supportati
siamo:

w = 5; unint in [1, 256]
metà larghezza della finestra utilizzata per valutare la croce localizzata
correlazione.

mi Informazioni reciproche basate su parzen spline con mascheramento, i parametri supportati sono:

taglio = 0; fluttuare in [0, 40]
Percentuale di pixel da tagliare ad alta e bassa intensità da rimuovere
valori anomali.

bin = 64; unint in [1, 256]
Numero di contenitori dell'istogramma utilizzati per l'immagine in movimento.

mkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
Kernel spline per hinstogram parzen di immagini in movimento. Per i plug-in supportati
vedi PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; unint in [1, 256]
Numero di bin dell'istogramma utilizzati per l'immagine di riferimento.

kernel = [bspline:d=0]; fabbrica
Kernel spline per l'hinstogram parzen dell'immagine di riferimento. Per i plug-in supportati
ins vedi PLUGINS:1d/splinekernel

ncc correlazione incrociata normalizzata con supporto di mascheramento.

(nessun parametro)

ssd Somma delle differenze al quadrato con mascheramento.

(nessun parametro)

PLUGIN: 2dimage/trasformare

raffinato Trasformazione affine (sei gradi di libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rigido Trasformazioni rigide (cioè rotazione e traslazione, tre gradi di
libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rot-centro = [[0,0]]; vettore 2df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5> corrisponde al centro del
rettangolo di appoggio.

rotazione Trasformazioni di rotazione (cioè rotazione attorno a un dato centro, un grado di
libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

rot-centro = [[0,0]]; vettore 2df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5> corrisponde al centro del
rettangolo di appoggio.

spline Trasformazione a forma libera che può essere descritta da un insieme di coefficienti B-spline
e un kernel B-spline sottostante., i parametri supportati sono:

anisorare = [[0,0]]; vettore 2df
coefficiente anisotropico in pixel, i valori non positivi saranno
sovrascritto dal valore 'tasso'..

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

Kernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel spline di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

pena = ; fabbrica
Pena di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:2dtransform/splinepenalty

tasso = 10; fluttuare in [1, inf)
coefficiente isotropo in pixel.

tradurre Solo traslazione (due gradi di libertà), i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

vf Questo plug-in implementa una trasformazione che definisce una traduzione per ciascuno
punto della griglia che definisce il dominio della trasformazione., supportato
i parametri sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

PLUGIN: 2dtrasformazione/splinepenalità

divcurl divcurl penalità sulla trasformazione, i parametri supportati sono:

arricciare = 1; fluttuare in [0, inf)
peso di penalità sul curl.

div = 1; fluttuare in [0, inf)
peso della penalità sulla divergenza.

norma = 0; bollo
Impostato a 1 se la penalità deve essere normalizzata rispetto all'immagine
dimensione.

peso = 1; fluttuare in (0, inf)
peso dell'energia della penalità.

PLUGIN: minimizzatore/costo unico

gda Discesa del gradiente con correzione automatica della dimensione del passo., i parametri supportati sono:

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Stop se il relativo cambio del criterio è inferiore..

max-passo = 2; raddoppiare (0, inf)
Dimensione massima assoluta del passo.

massimo = 200; uint in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

min-passo = 0.1; raddoppiare (0, inf)
Dimensione minima assoluta del passo.

xtola = 0.01; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se l'inf-norma della modifica applicata a x è inferiore a questo valore..

gdq Discesa del gradiente con stima del passo quadratico, i parametri supportati sono:

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Stop se il relativo cambio del criterio è inferiore..

gtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se la norma inf del gradiente è inferiore a questo valore..

massimo = 100; uint in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

scala = 2; raddoppiare (1, inf)
Ridimensionamento fisso della dimensione del passo di fallback.

passo = 0.1; raddoppiare (0, inf)
Dimensione del passo iniziale.

xtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se l'inf-norm di x-update è inferiore a questo valore..

GSL plugin di ottimizzazione basato sugli ottimizzatori multimin della GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, i parametri supportati sono:

eps = 0.01; raddoppiare (0, inf)
ottimizzatori basati su gradiente: si fermano quando |grad| < eps, simplex: fermati quando
dimensione simplex < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
numero massimo di iterazioni.

optare = gd; detto
Ottimizzatore specifico da utilizzare. I valori supportati sono:
bfg ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versione più efficiente)
cg-fr ‐ Algoritmo del gradiente coniugato di Flecher-Reeves
gd ‐ Discesa del gradiente.
simplex ‐ Algoritmo simplex di Nelder e Mead
cg-pr ‐ Algoritmo del gradiente coniugato Polak-Ribiere

passo = 0.001; raddoppiare (0, inf)
dimensione del passo iniziale.

tol = 0.1; raddoppiare (0, inf)
qualche parametro di tolleranza.

nlopt Algoritmi di minimizzazione che utilizzano la libreria NLOPT, per una descrizione del
ottimizzatori vedere 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', i parametri supportati sono:

ftola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione assoluta del valore oggettivo è inferiore
questo valore.

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione relativa del valore oggettivo è inferiore
questo valore.

superiore = inf; Doppio
Limite superiore (uguale per tutti i parametri).

locale-opz = nessuno; detto
algoritmo di minimizzazione locale che può essere richiesto per il principale
algoritmo di minimizzazione. I valori supportati sono:
gn-orig-diretto-l ‐ Rettangoli divisori (implementazione originale,
localmente di parte)
gn-diretto-l-noscal - Rettangoli divisori (non scalati, distorti localmente)
gn-isres ‐ Strategia di evoluzione del ranking stocastico migliorata
ld-tnewton ‐ Newton troncato
gn-diretto-l-rand - Rettangoli divisori (localmente distorti, randomizzati)
ln-newuoa ‐ Ottimizzazione non vincolata senza derivati ​​in modo iterativo
Approssimazione quadratica costruita
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rettangoli divisori (non in scala, localmente
parziale, randomizzato)
gn-orig-diretto ‐ Dividere i rettangoli (implementazione originale)
ld-tnewton-precond ‐ Newton troncato precondizionato
ld-tnewton-riavvio ‐ Newton troncato con ripartenza in discesa più ripida
gn-diretto ‐ Dividere i rettangoli
ln-Neldermead ‐ Algoritmo del simplesso di Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Ottimizzazione vincolata mediante approssimazione lineare
gn-crs2-lm ‐ Ricerca casuale controllata con mutazione locale
ld-var2 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 2
ld-var1 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 1
ld-mma ‐ Metodo di spostamento degli asintoti
ld-lbfgs-nocedal - Nessuno
ld-lbfgs ‐ BFGS a bassa memoria
gn-diretto-l - Rettangoli divisori (localmente distorti)
nessuna ‐ non specificare l'algoritmo
ln-bobyqa ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati
ln-sbplx ‐ Variante subplex di Nelder-Mead
ln-newuoa-vincolato ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati ​​da
Approssimazione quadratica costruita iterativamente
ln-prassi ‐ Ottimizzazione locale priva di gradienti tramite l'asse principale
metodo
gn-direct-noscal ‐ Rettangoli divisori (non in scala)
ld-tnewton-pre-riavvio ‐ Newton troncato precondizionato con
ripartenza in discesa più ripida

inferiore = -inf; Doppio
Limite inferiore (uguale per tutti i parametri).

massimo = 100; intero in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

optare = ld-lbfgs; detto
principale algoritmo di minimizzazione. I valori supportati sono:
gn-orig-diretto-l ‐ Rettangoli divisori (implementazione originale,
localmente di parte)
g-mlsl-lds ‐ Multi-Level Single-Linkage (sequenza a bassa discrepanza,
richiedono ottimizzazione e limiti locali basati sul gradiente)
gn-diretto-l-noscal - Rettangoli divisori (non scalati, distorti localmente)
gn-isres ‐ Strategia di evoluzione del ranking stocastico migliorata
ld-tnewton ‐ Newton troncato
gn-diretto-l-rand - Rettangoli divisori (localmente distorti, randomizzati)
ln-newuoa ‐ Ottimizzazione non vincolata senza derivati ​​in modo iterativo
Approssimazione quadratica costruita
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rettangoli divisori (non in scala, localmente
parziale, randomizzato)
gn-orig-diretto ‐ Dividere i rettangoli (implementazione originale)
ld-tnewton-precond ‐ Newton troncato precondizionato
ld-tnewton-riavvio ‐ Newton troncato con ripartenza in discesa più ripida
gn-diretto ‐ Dividere i rettangoli
auglag-eq ‐ Algoritmo Lagrangiano Aumentato con vincoli di uguaglianza
esclusivamente
ln-Neldermead ‐ Algoritmo del simplesso di Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Ottimizzazione vincolata mediante approssimazione lineare
gn-crs2-lm ‐ Ricerca casuale controllata con mutazione locale
ld-var2 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 2
ld-var1 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 1
ld-mma ‐ Metodo di spostamento degli asintoti
ld-lbfgs-nocedal - Nessuno
g-mlsl ‐ Collegamento singolo multilivello (richiede ottimizzazione locale e
limiti)
ld-lbfgs ‐ BFGS a bassa memoria
gn-diretto-l - Rettangoli divisori (localmente distorti)
ln-bobyqa ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati
ln-sbplx ‐ Variante subplex di Nelder-Mead
ln-newuoa-vincolato ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati ​​da
Approssimazione quadratica costruita iterativamente
auglag ‐ Algoritmo Lagrangiano Aumentato
ln-prassi ‐ Ottimizzazione locale priva di gradienti tramite l'asse principale
metodo
gn-direct-noscal ‐ Rettangoli divisori (non in scala)
ld-tnewton-pre-riavvio ‐ Newton troncato precondizionato con
ripartenza in discesa più ripida
ld-slsqp ‐ Programmazione quadratica dei minimi quadrati sequenziali

passo = 0; raddoppiare in [0, inf)
Dimensione del passo iniziale per i metodi senza gradiente.

Stop = -inf; Doppio
Criterio di arresto: il valore della funzione scende al di sotto di questo valore.

xtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione assoluta di tutti i valori x è inferiore a questo
valore.

xtolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione relativa di tutti i valori x è inferiore a questo
valore.

ESEMPIO

Registrare la serie di perfusione fornita in 'segment.set' utilizzando prima l'ICA automatica
stima per eseguire la registrazione lineare e quindi la registrazione PGT. Salta due immagini
all'inizio e altrimenti utilizzare i parametri di default. Memorizza il risultato in
'set.registrato'.

mia-2dmyoicapgt -i segmento.set -o registrato.set -k 2

AUTORE(i)

Gert Wollny

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