mia-3ddistance-stats - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-3ddistance-stats - Valuta le statistiche sulla distanza per due immagini etichettate.

SINOSSI

mia-3ddistance-stats -i -r -o [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-3ddistance-stats Questo programma viene utilizzato per valutare la distanza tra ugualmente
aree etichettate in due immagini. Il file di output è un file CSV contenente le distanze per
ciascuna coordinata etichettata nell'immagine di prova nella forma seguente:

etichetta,n-campioni,distanza,distanza,...

Sembrerebbe un semplice programma R per ottenere alcune statistiche per etichetta da questi dati

argomenti <- comandoArgs(VERO)
data <- read.csv(args[1], header=FALSE)
for ( io in 1:dim(data)[1] ) {
riga <- dati[i,]
etichetta <- come.intero(riga[1])
end_range <- 2 + as.numeric(line[2])
s <- as.numeric(line[3:end_range])
risultato <- sprintf("%d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f0
etichetta, media(e), sqrt(var(s)), mediana(e), max(s))
gatto (risultato)
}

VERSIONI

File-IO
-i --in-labels=(input, richiesto); io
input label image Per i tipi di file supportati vedere PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-labels=(input, richiesto); io
immagine etichetta di riferimento Per i tipi di file supportati vedere PLUGINS:3dimage/io

-l --label-map=(input); corda
mappatura opzionale dei numeri di etichetta

-o --out-file=(output, richiesto); corda
nome del file di output su cui scrivere le distanze. Il file di output è un file CSV,
contenente le distanze elencate per ogni etichetta.

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

PLUGIN: immagine 3d/io

analizzare Analizza immagine 7.5

Estensioni file riconosciute: .HDR, .hdr

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno, 32 bit con segno, 32 bit con virgola mobile,
virgola mobile 64 bit

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

dicom Serie di immagini Dicom in 3D

Estensioni file riconosciute: .DCM, .dcm

Tipi di elementi supportati:
16 bit con segno, 16 bit senza segno

hdf5 I/O immagine 5D HDF3

Estensioni file riconosciute: .H5, .h5

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, flottante
punto 32 bit, virgola mobile 64 bit

inria immagine INRIA

Estensioni file riconosciute: .INR, .inr

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

mhd Immagine MetaIO 3D IO utilizzando l'implementazione VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

elegante NIFTI-1 immagine 3D IO

Estensioni file riconosciute: .NII, .nii

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, virgola mobile 32
bit, virgola mobile 64 bit

vff VFF Sun formato raster

Estensioni file riconosciute: .VFF, .vff

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno

vista vista 3D

Estensioni file riconosciute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

VTI Immagine 3D VTK-XML in entrata e in uscita (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTI, .vti

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

vk Ingresso e uscita legacy dell'immagine 3D VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

ESEMPIO

Valutare le distanze per ogni etichetta disponibile in image.v alle etichette corrispondenti in
l'immagine reference.v ans memorizza il risultato un elenco di valori separati da virgola, ad es
distanze.csv.

mia-3ddistance-stats -i image.v -r riferimento.v -o distanze.csv

AUTORE(i)

Gert Wollny

COPYRIGHT

Questo software è protetto da Copyright (c) 1999‐2015 Lipsia, Germania e Madrid, Spagna. Viene
con ASSOLUTAMENTE NESSUNA GARANZIA e puoi ridistribuirlo secondo i termini della GNU
LICENZA PUBBLICA GENERALE Versione 3 (o successiva). Per maggiori informazioni eseguire il programma con il
opzione '--copyright'.

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