mia-3dmotioncompica-nonrigid - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Registrazione non lineare di una serie di immagini 3D.

SINOSSI

mia-3dmotioncompica-nonrigida -i -o [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-3dmotioncompica-nonrigida Questo programma implementa una versione 3D del movimento
algoritmo di compensazione descritto in Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Compensazione automatica del movimento della respirazione libera acquisita dai dati di perfusione miocardica da
utilizzando l'analisi dei componenti indipendenti", Analisi dell'immagine medica, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004.

VERSIONI

File-IO
-i --in-file=(input, richiesto); io
inserire immagini di file numerati consecutivamente (nomeXXXX.ext) Per supportati
tipi di file vedere PLUGIN:3dimage/io

-o --out-file=(output, richiesto); io
nome dell'immagine di output (come stringa di formato C che include %04d per definire
la numerazione dei file) Per i tipi di file supportati vedere PLUGINS:3dimage/io

--save-refs=
salvare le immagini di riferimento, la stringa data viene utilizzata come base del nome del file, il
il modello numerico segue le immagini di input e il formato di output è sempre
'vista'

--save-regs=
salvare le immagini registrate intermedie, la stringa data viene utilizzata come nome del file
base, il modello numerico segue le immagini di input e il formato di output è
sempre "vista"

--save-coeff=
salva la matrice di missaggio in un file di testo

--salva-caratteristiche=
salva le immagini degli elementi come PNG

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

ICA
-C --componenti=0
Componenti ICA 0 = stima automatica Componenti ICA 0 = automatico
stima

--no-normalizzare
non normalizzare i circuiti integrati

--non-strip
non togliere la media dalle curve di miscelazione

-k --salta=0
salta le immagini all'inizio della serie ad esempio perché come sono di altre
modalitàsalta le immagini all'inizio della serie, ad es
sono di altre modalità

-m --max-ica-iter=400
numero massimo di iterazioni in ICAnumero massimo di iterazioni in ICA

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

Iscrizione
-O --ottimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Ottimizzatore utilizzato per la minimizzazione

-a --start-c-rate=32
inizia il tasso di coefficinet in spine, viene diviso per --c-rate-divider con
ogni tasso di coefficinet passstart in spine, viene diviso per --c-rate-divider
ad ogni passaggio

--c-divisore-tasso=4
divisore di tasso efficiente per ogni passaggio divisore di tasso efficiente per ogni passaggio

-d --start-divcurl=20
inizia peso divcurl, viene diviso per --divcurl-divider ad ogni passstart
peso divcurl, viene diviso per --divcurl-divider ad ogni passaggio

--divcurl-divisor=4
ridimensionamento del peso divcurl con ogni nuovo pass ridimensionamento del peso divcurl con ciascuno
nuovo passaggio

-w --imagecost=immagine:peso=1,costo=ssd,
costo dell'immagine

-l --mg-livelli=3
livelli multi-risoluzionelivelli multi-risoluzione

-P --passa=3
abbonamenti abbonamenti

PLUGIN: immagine 3d/io

analizzare Analizza immagine 7.5

Estensioni file riconosciute: .HDR, .hdr

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno, 32 bit con segno, 32 bit con virgola mobile,
virgola mobile 64 bit

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

dicom Serie di immagini Dicom in 3D

Estensioni file riconosciute: .DCM, .dcm

Tipi di elementi supportati:
16 bit con segno, 16 bit senza segno

hdf5 I/O immagine 5D HDF3

Estensioni file riconosciute: .H5, .h5

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, flottante
punto 32 bit, virgola mobile 64 bit

inria immagine INRIA

Estensioni file riconosciute: .INR, .inr

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

mhd Immagine MetaIO 3D IO utilizzando l'implementazione VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

elegante NIFTI-1 immagine 3D IO

Estensioni file riconosciute: .NII, .nii

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, virgola mobile 32
bit, virgola mobile 64 bit

vff VFF Sun formato raster

Estensioni file riconosciute: .VFF, .vff

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno

vista vista 3D

Estensioni file riconosciute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

VTI Immagine 3D VTK-XML in entrata e in uscita (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTI, .vti

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

vk Ingresso e uscita legacy dell'immagine 3D VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

ESEMPIO

Registrare la serie di perfusione fornita in immagini imagesXXXX.v utilizzando ICA di classe 4
stima. Salta due immagini all'inizio, usa al massimo 4 thread di registrazione, un nlopt
ottimizzatore basato e altrimenti utilizzare i parametri predefiniti. Memorizza il risultato in
registratoXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i immagini0000.v -o registrato%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

AUTORE(i)

Gert Wollny

COPYRIGHT

Questo software è protetto da Copyright (c) 1999‐2015 Lipsia, Germania e Madrid, Spagna. Viene
con ASSOLUTAMENTE NESSUNA GARANZIA e puoi ridistribuirlo secondo i termini della GNU
LICENZA PUBBLICA GENERALE Versione 3 (o successiva). Per maggiori informazioni eseguire il programma con il
opzione '--copyright'.

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