mia-3dprealign-nonrigid - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mia-3dprealign-nonrigid - Registrazione di una serie di immagini 3D.

SINOSSI

mia-3dprealign-nonrigido -i -o [opzioni]

DESCRIZIONE

mia-3dprealign-nonrigido Questo programma esegue la registrazione non rigida di una serie di immagini tramite
prima registrando un sottoinsieme già allineato delle immagini a un riferimento, e poi da
registrare le restanti immagini utilizzando riferimenti sintetici. La è una versione 3D di G.
Wollny, MJ Ledesma-Cabryo, P.Kellman e A.Santos, "Sfruttare la quasiperiodicità in
Correzione del movimento della respirazione libera, "Transazioni IEEE sull'imaging medico, 29(8), 2010.

VERSIONI

File-IO
-i --in-file=(input, richiesto); io
immagini in ingresso seguendo il modello di denominazione nameXXXX.ext Per file supportati
tipi vedi PLUGIN:3dimage/io

-o --out-file=(output, richiesto); io
base del nome file per i file registrati dato come stringa in formato C Per supportato
tipi di file vedere PLUGIN:3dimage/io

--salva-riferimenti
Salva i riferimenti sintetici ai file refXXXX.v

Presupposti & Pre-elaborazione
-k --salta=0
Salta le immagini all'inizio della serieSalta le immagini all'inizio della serie

--preskip=20
Salta le immagini all'inizio + salta la serie durante la ricerca in alto
contrats imageSalta le immagini all'inizio+salta la serie durante la ricerca
per l'immagine ad alto contrasto

--postskip=2
Salta le immagini alla fine della serie durante la ricerca di contratti alti
imageSalta le immagini alla fine della serie durante la ricerca di contratti alti
Immagine

--max-candidate=20
numero massimo di candidati per l'immagine di riferimento globalenumero massimo di
candidati per l'immagine di riferimento globale

-S --cost-series=immagine:costo=[ngf:eval=ds]
Funzione Const da utilizzare per l'analisi della funzione seriesConst da utilizzare
per l'analisi della serie Per i plugin supportati vedere
PLUGIN:3dimage/fullcost

--ref-idx=
salva il numero di indice di riferimento in questo file

-R --riferimento-globale=-1
salva il numero di indice di riferimento in questo filesalva il numero di indice di riferimento in questo
filetto

-D --max-sottoinsieme-delta=0
Delta massimo tra due elementi del sottoinsieme preallineatoDelta massimo
tra due elementi del sottoinsieme preallineato

Iscrizione
-O --ottimizer=gsl:opt=gd,step=0.01
Ottimizzatore utilizzato per la riduzione al minimo Ottimizzatore utilizzato per la riduzione al minimo Per
plugin supportati vedi PLUGINS:minimizer/singlecost

-l --mr-livelli=3
livelli multi-risoluzionelivelli multi-risoluzione

-f --transForm=spline
tipo di trasformazione tipo di trasformazione Per i plugin supportati vedere
PLUGIN: 3dimage/transform

-1 --cost-subset=immagine:costo=[ngf:eval=ds]
Funzione di costo per la registrazione durante la registrazione del sottoinsiemeFunzione di costo
per la registrazione durante la registrazione del sottoinsieme Per i plugin supportati vedere
PLUGIN:3dimage/fullcost

-2 --cost-final=immagine:cost=ssd
Funzione di costo per la registrazione durante la registrazione finaleFunzione di costo
per la registrazione durante la registrazione finale Per i plugin supportati vedere
PLUGIN:3dimage/fullcost

Aiuto & Info
-V --verbose=avvertimento
verbosità dell'output, stampa messaggi di un dato livello e priorità più alte.
Le priorità supportate a partire dal livello più basso sono:
info ‐ Messaggi di basso livello
tracciare ‐ Traccia chiamata funzione
fallire ‐ Segnalare i fallimenti dei test
identificazione dei warning ‐ Avvertenze
errore ‐ Segnala errori
mettere a punto ‐ Uscita di debug
messaggio ‐ Messaggi normali
fatale ‐ Segnala solo errori fatali

--diritto d'autore
stampa le informazioni sul copyright

-h --aiuto
stampa questo aiuto

-? --uso
stampa un breve aiuto

--versione
stampa il numero di versione ed esci

Processando
--thread=-1
Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione, questo numero dovrebbe essere inferiore
o uguale al numero di core del processore logico nella macchina. (-1:
stima automatica).Numero massimo di thread da utilizzare per l'elaborazione,Questo
il numero deve essere inferiore o uguale al numero di core del processore logico in
la macchina. (-1: stima automatica).

PLUGIN: 1d/kernel spaziale

cdiff kernel filtro differenza centrale, vengono utilizzate condizioni al contorno specchio.

(nessun parametro)

gauss kernel del filtro di Gauss spaziale, i parametri supportati sono:

w = 1; uint in [0, inf)
metà larghezza del filtro.

PLUGIN: 1g/splinebc

specchio Condizioni al contorno di interpolazione spline che si specchiano sul confine

(nessun parametro)

ripetere Condizioni al contorno dell'interpolazione spline che ripete il valore al confine

(nessun parametro)

zero Condizioni al contorno di interpolazione spline che assumono zero per valori esterni

(nessun parametro)

PLUGIN: 1d/splinekernel

bspline Creazione del kernel B-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [0, 5]
Grado spline.

mamme Creazione del kernel OMoms-spline, i parametri supportati sono:

d = 3; intero in [3, 3]
Grado spline.

PLUGIN: Immagine 3D/combinatore

abdiff Combinatore di immagini 'absdiff'

(nessun parametro)

aggiungere Combinatore di immagini "aggiungi"

(nessun parametro)

div Combinatore di immagini 'div'

(nessun parametro)

mul Combinatore di immagini 'mul'

(nessun parametro)

sotto Combinatore di immagini 'sub'

(nessun parametro)

PLUGIN: 3dimage/costo

lncc correlazione incrociata normalizzata locale con supporto mascheramento., parametri supportati
siamo:

w = 5; unint in [1, 256]
metà larghezza della finestra utilizzata per valutare la croce localizzata
correlazione.

mi Informazioni reciproche basate su parzen spline., i parametri supportati sono:

taglio = 0; fluttuare in [0, 40]
Percentuale di pixel da tagliare ad alta e bassa intensità da rimuovere
valori anomali.

bin = 64; unint in [1, 256]
Numero di contenitori dell'istogramma utilizzati per l'immagine in movimento.

mkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
Kernel spline per hinstogram parzen di immagini in movimento. Per i plug-in supportati
vedi PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; unint in [1, 256]
Numero di bin dell'istogramma utilizzati per l'immagine di riferimento.

kernel = [bspline:d=0]; fabbrica
Kernel spline per l'hinstogram parzen dell'immagine di riferimento. Per i plug-in supportati
ins vedi PLUGINS:1d/splinekernel

ncc correlazione incrociata normalizzata.

(nessun parametro)

ngf Questa funzione valuta la somiglianza dell'immagine in base al gradiente normalizzato
campi. Dati i campi gradiente normalizzati $ _S$ dell'immagine src e $ _R$ del
ref image sono implementati vari valutatori., i parametri supportati sono:

eval = ds; detto
sottotipo di plugin (sq, ds, dot, cross). I valori supportati sono:
ds ‐ quadrato della differenza in scala
punto ‐ kernel prodotto scalare
attraversare ‐ kernel prodotto incrociato

ssd Costo immagine 3D: somma delle differenze al quadrato, i parametri supportati sono:

autotreccia = 0; fluttuare in [0, 1000]
Usa il mascheramento automatico dell'immagine in movimento prendendo solo i valori di intensità
conto che sono maggiori della soglia data.

norma = 0; bollo
Imposta se la metrica deve essere normalizzata per il numero di pixel dell'immagine.

ssd-maschera automatica
Costo dell'immagine 3D: somma delle differenze al quadrato, con mascheramento automatico basato su un dato
soglie, i parametri supportati sono:

trebbiare = 0; Doppio
Valore di soglia dell'intensità per l'immagine di riferimento.

strillare = 0; Doppio
Valore di soglia dell'intensità per l'immagine sorgente.

PLUGIN: 3dimmagine/filtro

passa-banda filtro passa-banda di intensità, i parametri supportati sono:

max = 3.40282e+38; galleggiante
massimo della banda.

verbale = 0; galleggiante
minimo della banda.

binarizzare filtro binarizzazione immagine, i parametri supportati sono:

max = 3.40282e+38; galleggiante
massimo dell'intervallo accettato.

verbale = 0; galleggiante
minimo dell'intervallo accettato.

close stretta morfologica, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

combinare Combina due immagini con l'operatore combinatore dato. se 'reverse' è impostato su
false, il primo operatore è l'immagine passata attraverso la pipeline del filtro e
la seconda immagine viene caricata dal file fornito con il parametro 'image' il
momento in cui il filtro viene eseguito., i parametri supportati sono:

Immagine =(input, richiesto, stringa)
seconda immagine necessaria nel combinatore.

op =(richiesto, fabbrica)
Combinatore di immagini da applicare alle immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:3dimage/combiner

invertire = 0; bollo
invertire l'ordine in cui le immagini sono passate al combinatore.

convertire filtro di conversione del formato dei pixel dell'immagine, i parametri supportati sono:

a = 1; galleggiante
parametro di conversione lineare a.

b = 0; galleggiante
parametro di conversione lineare b.

carta geografica = optare; detto
mappatura di conversione. I valori supportati sono:
optare ‐ applicare una trasformazione lineare che mappi l'intervallo di input reale a
l'intera gamma di uscita
gamma ‐ applicare la trasformazione lineare che mappa il tipo di dati di input
range al tipo di dati di uscita range
copia ‐ copiare i dati durante la conversione
lineare ‐ applica la trasformazione lineare x -> a*x+b
optstat ‐ applicare una trasformata lineare che mappa in base alla media di input e
variazione all'intera gamma di uscita

rep = ubite; detto
tipo di pixel di uscita. I valori supportati sono:
nessuna ‐ nessun tipo di pixel definito
galleggiante ‐ virgola mobile 32 bit
sbite ‐ firmato 8 bit
lungo ‐ 64 bit senza segno
doppio ‐ virgola mobile 64 bit
San Nicola ‐ firmato 32 bit
USHORT ‐ 16 bit senza segno
corto ‐ firmato 16 bit
uint ‐ 32 bit senza segno
lungo ‐ firmato 64 bit
bit ‐ dati binari
ubite ‐ 8 bit senza segno

raccolto Ritaglia una regione di un'immagine, la regione è sempre fissata all'immagine originale
size nel senso che viene mantenuto l'intervallo dato., i parametri supportati sono:

fine = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; in streaming
fine dell'intervallo di ritaglio, massimo = (-1,-1,-1).

inizia a = [[0,0,0]]; in streaming
inizio dell'intervallo di ritaglio.

espande Filtro dilata pila di immagini 3D, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

distanza Valutare la trasformazione della distanza 3D di un'immagine. Se l'immagine è una maschera binaria,
quindi il risultato della trasformata della distanza in ogni punto corrisponde all'Euclideo
distanza dalla maschera. Se l'immagine di input è di un valore di pixel scalare, allora il
questo scalare viene interpretato come heighfield e il valore per pixel si aggiunge al
distanza.

(nessun parametro)

ridimensionare Ridimensiona l'immagine di input utilizzando una determinata dimensione del blocco per definire il ridimensionamento
fattore. Prima di ridimensionare l'immagine viene filtrata da un filtro di levigatura per
eliminare i dati ad alta frequenza ed evitare artefatti di aliasing., supportato
i parametri sono:

b = [[1,1,1]]; 3dlimiti
misura del blocco.

bx = 1; uint in [1, inf)
dimensione del blocco in direzione x.

by = 1; uint in [1, inf)
dimensione del blocco in direzione y.

bz = 1; uint in [1, inf)
dimensione del blocco in direzione z.

Kernel = gauss; corda
kernel filtro levigante da applicare, la dimensione del filtro è stimata
in base alla dimensione del blocco..

erodere Filtro per l'erosione dello stack di immagini 3D, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

gauss filtro Gauss 3D isotropico, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [0, inf)
parametro di larghezza del filtro.

gradnorma Da immagine 3D a filtro norma gradiente

(nessun parametro)

maschera di crescita Utilizzare una maschera binaria di input e un'immagine in scala di grigi di riferimento per aumentare la regione
aggiungendo i pixel vicini di un pixel già aggiunto se hanno un valore inferiore
intensità che è al di sopra della soglia data., i parametri supportati sono:

verbale = 1; galleggiante
soglia più bassa per la crescita della maschera.

ref =(input, richiesto, stringa)
immagine di riferimento per la crescita della regione della maschera.

forma = 6n; fabbrica
maschera di quartiere. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

invertire filtro invertitore di intensità

(nessun parametro)

isovoxel Questo filtro ridimensiona un'immagine per rendere isometrica la dimensione del voxel e la sua dimensione a
corrispondono al valore dato, i parametri supportati sono:

interazione = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel di interpolazione da utilizzare. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

Taglia = 1; fluttuare in (0, inf)
dimensione del voxel di destinazione isometrica.

km significa Filtro k-means immagine 3D. Nell'immagine di output il valore del pixel rappresenta il
l'appartenenza alla classe e i centri di classe sono memorizzati come attributo nell'immagine.,
i parametri supportati sono:

c = 3; intero in [2, inf)
numero di classi.

etichetta Un filtro per etichettare i componenti collegati di un'immagine binaria., supportato
i parametri sono:

n = 6n; fabbrica
maschera di quartiere. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

etichettamappa Filtro immagine per rimappare gli ID dell'etichetta. Applicabile solo alle immagini con valore intero
intensità/etichette., i parametri supportati sono:

carta geografica =(input, richiesto, stringa)
File di mappatura delle etichette.

etichettascala
Un filtro che crea solo voxel di output che sono già stati creati nell'input
Immagine. Il ridimensionamento viene eseguito utilizzando un algoritmo di voto che seleziona il target
valore dei pixel in base al numero di pixel più alto di una determinata etichetta nel
corrispondente regione di origine. Se la regione comprende due etichette con lo stesso
conteggio, vince quello con il numero più basso., i parametri supportati sono:

fuori misura =(richiesto, 3dbounds)
dimensione target data come due valori separati da virgola.

caricare Carica l'immagine di input da un file e usala per sostituire l'immagine corrente nel
pipeline., i parametri supportati sono:

filetto =(input, richiesto, stringa)
nome del file di input da caricare..

lvdownscale
Questo è un filtro di riduzione del voto di etichetta. Riduce un'immagine 3D per blocchi.
Per ogni blocco l'etichetta (diversa da zero) che appare più volte nel blocco è
emesso come pixel di output nell'immagine di destinazione. Se due etichette hanno lo stesso numero
di volte vince quello con il valore assoluto più basso., i parametri supportati sono:

b = [[1,1,1]]; 3dlimiti
blocksize per il downscaling. Ogni blocco sarà rappresentato da un pixel
nell'immagine di destinazione..

mask Maschera un'immagine, un'immagine è presa dall'elenco dei parametri e l'altra da
il normale ingresso del filtro. Entrambe le immagini devono essere delle stesse dimensioni e una deve
essere binario. Gli attributi dell'immagine che passa attraverso la pipeline del filtro sono
conservato. Il tipo di pixel di output corrisponde all'immagine di input che non lo è
binary., i parametri supportati sono:

ingresso =(input, richiesto, stringa)
secondo nome del file immagine di input.

significare Filtro medio dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
metà larghezza del filtro.

mediano filtro 3d mediano, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
parametro di larghezza del filtro.

ml Filtro immagine 3D Mean of Least Variance, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
parametro di larghezza del filtro.

msnormalizzatore
Filtro di normalizzazione media-sigma dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
metà larghezza del filtro.

aprire morfologicamente aperti, i parametri supportati sono:

accennare = nero; corda
un accenno al contenuto principale dell'immagine (nero|bianco).

forma = [sfera:r=2]; fabbrica
elemento strutturante. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/shape

riorientare Filtro di riorientamento dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

carta geografica = xyz; detto
mappatura di orientamento da applicare. I valori supportati sono:
p-zxy ‐ permuta x->y->z->x
r-x180 ‐ ruota intorno all'asse x in senso orario di 180 gradi
xyz ‐ mantenere l'orientamento
p-yzx ‐ permuta x->z->y->x
r-z180 ‐ ruotare attorno all'asse z in senso orario di 180 gradi
r-y270 ‐ ruotare intorno all'asse y in senso orario di 270 gradi
fxz ‐ capovolgi xz
f-sì ‐ capovolgi yz
r-x90 ‐ ruota intorno all'asse x in senso orario di 90 gradi
r-y90 ‐ ruotare intorno all'asse y in senso orario di 90 gradi
r-x270 ‐ ruota intorno all'asse x in senso orario di 270 gradi
r-z270 ‐ ruotare attorno all'asse z in senso orario di 270 gradi
r-z90 ‐ ruotare attorno all'asse z in senso orario di 90 gradi
f-xy ‐ capovolgere xy
r-y180 ‐ ruotare intorno all'asse y in senso orario di 180 gradi

ridimensionare Ridimensiona un'immagine. I dati originali sono centrati all'interno dell'immagine di nuova dimensione.,
i parametri supportati sono:

Taglia = [[0,0,0]]; in streaming
nuova dimensione dell'immagine una dimensione 0 indica di mantenere la dimensione per il
dimensione corrispondente..

sandp filtro 3d sale e pepe, i parametri supportati sono:

trebbiare = 100; fluttuare in [0, inf)
valore di soglia.

w = 1; intero in [1, inf)
parametro di larghezza del filtro.

scala Filtro immagine 3D che si adatta a una determinata dimensione target, i parametri supportati sono:

interazione = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel di interpolazione da utilizzare. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dlimiti
dimensione target per impostare tutti i componenti contemporaneamente (componente 0: usa l'immagine di input
dimensione).

sx = 0; uint in [0, inf)
dimensione del target in direzione x (0: usa la dimensione dell'immagine di input).

sy = 0; uint in [0, inf)
dimensione del target in direzione y (0:usa la dimensione dell'immagine di input).

sz = 0; uint in [0, inf)
dimensione del target in direzione y (0:usa la dimensione dell'immagine di input).

selezionagrande Un filtro che crea una maschera binaria che rappresenta l'intensità con la più alta
conteggio dei pixel. Il valore del pixel 0 verrà ignorato e se due intensità hanno il
stesso numero di pixel, quindi il risultato è indefinito. Il pixel di input deve avere un
tipo di pixel integrale.

(nessun parametro)

sepconv Filtro di convoluzione separato per l'intensità dell'immagine 3D, i parametri supportati sono:

kx = [gauss:w=1]; fabbrica
filtro del kernel in direzione x. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/spacialkernel

ky = [gauss:w=1]; fabbrica
filtro del kernel in direzione y. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/spacialkernel

kz = [gauss:w=1]; fabbrica
filtro del kernel in direzione z. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/spacialkernel

psl testa d'acqua seminata. L'algoritmo estrae esattamente tante regioni quante sono iniziali
le etichette sono fornite nell'immagine seme., i parametri supportati sono:

grad = 0; bollo
Interpreta l'immagine di input come gradiente. .

marchio = 0; bollo
Contrassegnare i bacini idrografici segmentati con un valore speciale in scala di grigi.

n = [sfera:r=1]; fabbrica
Quartiere per la crescita della regione della testa d'acqua. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN: 3dimage/shape

seme =(input, richiesto, stringa)
immagine di input seed contenente le etichette per le regioni iniziali.

tee Salva l'immagine di input in un file e passala anche al filtro successivo,
i parametri supportati sono:

filetto =(output, richiesto, stringa)
nome del file di output per salvare anche l'immagine..

assottigliamento Diradamento morfologico 3D, basato su: Lee e Kashyap, "Building Skeleton Models"
tramite algoritmi di assottigliamento della superficie mediale/asse 3D, modelli grafici e immagini
elaborazione, 56(6):462-478, 1994. Questa implementazione supporta solo il 26
Quartiere.

(nessun parametro)

trasformare Trasforma l'immagine di input con la trasformazione data., parametri supportati
siamo:

filetto =(input, richiesto, stringa)
Nome del file contenente la trasformazione..

confine = ; corda
sovrascrivere le condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine.

imgkernel = ; corda
sovrascrivere il kernel dell'interpolatore di immagini.

varianza Filtro varianza immagine 3D, i parametri supportati sono:

w = 1; intero in [1, inf)
metà larghezza del filtro.

ws segmentazione di base dei bacini idrografici., i parametri supportati sono:

valgrado = 0; bollo
Impostare su 1 se l'immagine di input non rappresenta un'immagine norma gradiente.

marchio = 0; bollo
Contrassegnare i bacini idrografici segmentati con un valore speciale in scala di grigi.

n = [sfera:r=1]; fabbrica
Quartiere per la crescita della regione della testa d'acqua. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN: 3dimage/shape

trebbiare = 0; fluttuare in [0, 1)
Soglia relativa della norma del gradiente. Il valore di soglia del valore effettivo è
soglia * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bacini separati da gradienti
con una norma inferiore sarà unito.

PLUGIN: 3dimage/costo intero

Immagine Funzione di costo di somiglianza dell'immagine generalizzata che gestisce anche la multi-risoluzione
in lavorazione. La misura di somiglianza effettiva è data come parametro extra.,
i parametri supportati sono:

costo = ssd; fabbrica
Nucleo della funzione di costo. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/cost

mettere a punto = 0; bollo
Salva risultati intermedi per il debug.

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

etichettaimmagine
Funzione di costo di somiglianza che mappa le etichette di due immagini e gestisce l'etichetta-
preservando l'elaborazione multi-risoluzione., i parametri supportati sono:

etichetta max = 256; intero in [2, 32000]
numero massimo di etichette da considerare.

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

immagine mascherata
Funzione di costo di somiglianza immagine mascherata generalizzata che gestisce anche multi-
elaborazione della risoluzione. Le maschere fornite dovrebbero essere densamente riempite nelle regioni
elaborazione multi-risoluzione perché altrimenti le informazioni sulla maschera potrebbero andare perse
durante il ridimensionamento dell'immagine. La maschera può essere prefiltrata - dopo la prefiltrazione
le maschere devono essere di tipo bit. La maschera di riferimento e la maschera trasformata del
immagine di studio sono combinati da binario AND. La misura di somiglianza effettiva è data
es parametro extra., i parametri supportati sono:

costo = ssd; fabbrica
Nucleo della funzione di costo. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:3dimage/maskedcost

ref =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento.

maschera-rif =(ingresso, stringa)
Maschera immagine di riferimento (binaria).

filtro-maschera-ref = ; fabbrica
Filtro per preparare l'immagine della maschera di riferimento, l'output deve essere un binario
image.. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/filter

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio.

maschera-src =(ingresso, stringa)
Maschera immagine studio (binario).

filtro-maschera-src = ; fabbrica
Filtro per preparare l'immagine della maschera di studio, l'output deve essere un binario
image.. Per i plug-in supportati vedere PLUGINS:3dimage/filter

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

taggati Valuta la misura di similarità della somma delle differenze al quadrato utilizzando tre
coppie di immagini contrassegnate. Il valore della funzione di costo viene valutato in base a tutte le immagini
coppie, ma il gradiente è composto componendo la sua componente in base al tag
direction., i parametri supportati sono:

rif =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento X-tag.

rifarsi =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento Y-tag.

rif =(ingresso, stringa)
Immagine di riferimento Z-tag.

srcx =(ingresso, stringa)
Immagine di studio X-tag.

srcy =(ingresso, stringa)
Y-tag dell'immagine di studio.

src =(ingresso, stringa)
Immagine di studio Z-tag.

peso = 1; galleggiante
peso della funzione di costo.

PLUGIN: immagine 3d/io

analizzare Analizza immagine 7.5

Estensioni file riconosciute: .HDR, .hdr

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno, 32 bit con segno, 32 bit con virgola mobile,
virgola mobile 64 bit

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

dicom Serie di immagini Dicom in 3D

Estensioni file riconosciute: .DCM, .dcm

Tipi di elementi supportati:
16 bit con segno, 16 bit senza segno

hdf5 I/O immagine 5D HDF3

Estensioni file riconosciute: .H5, .h5

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, flottante
punto 32 bit, virgola mobile 64 bit

inria immagine INRIA

Estensioni file riconosciute: .INR, .inr

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

mhd Immagine MetaIO 3D IO utilizzando l'implementazione VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

elegante NIFTI-1 immagine 3D IO

Estensioni file riconosciute: .NII, .nii

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, 32 bit senza segno, 64 bit con segno, 64 bit senza segno, virgola mobile 32
bit, virgola mobile 64 bit

vff VFF Sun formato raster

Estensioni file riconosciute: .VFF, .vff

Tipi di elementi supportati:
8 bit senza segno, 16 bit con segno

vista vista 3D

Estensioni file riconosciute: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

VTI Immagine 3D VTK-XML in entrata e in uscita (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTI, .vti

Tipi di elementi supportati:
8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno, 32 . con segno
bit, unsigned 32 bit, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64 bit

vk Ingresso e uscita legacy dell'immagine 3D VTK (sperimentale).

Estensioni file riconosciute: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipi di elementi supportati:
dati binari, 8 bit con segno, 8 bit senza segno, 16 bit con segno, 16 bit senza segno,
32 bit con segno, 32 bit senza segno, virgola mobile 32 bit, virgola mobile 64
bit

PLUGIN: 3dimage/costo mascherato

lncc correlazione incrociata normalizzata locale con supporto mascheramento., parametri supportati
siamo:

w = 5; unint in [1, 256]
metà larghezza della finestra utilizzata per valutare la croce localizzata
correlazione.

mi Informazioni reciproche basate su parzen spline con mascheramento, i parametri supportati sono:

taglio = 0; fluttuare in [0, 40]
Percentuale di pixel da tagliare ad alta e bassa intensità da rimuovere
valori anomali.

bin = 64; unint in [1, 256]
Numero di contenitori dell'istogramma utilizzati per l'immagine in movimento.

mkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
Kernel spline per hinstogram parzen di immagini in movimento. Per i plug-in supportati
vedi PLUGIN:1d/splinekernel

rbin = 64; unint in [1, 256]
Numero di bin dell'istogramma utilizzati per l'immagine di riferimento.

kernel = [bspline:d=0]; fabbrica
Kernel spline per l'hinstogram parzen dell'immagine di riferimento. Per i plug-in supportati
ins vedi PLUGINS:1d/splinekernel

ncc correlazione incrociata normalizzata con supporto di mascheramento.

(nessun parametro)

ssd Somma delle differenze al quadrato con mascheramento.

(nessun parametro)

PLUGIN: 3dimmagine/forma

18n Creatore di forme 18D di quartiere 3n

(nessun parametro)

26n Creatore di forme 26D di quartiere 3n

(nessun parametro)

6n Creatore di forme 6D di quartiere 3n

(nessun parametro)

sfera Intorno di forma sferica chiusa che include i pixel all'interno di un dato raggio
r., i parametri supportati sono:

r = 2; fluttuare in (0, inf)
raggio della sfera.

PLUGIN: 3dimage/trasformare

raffinato Trasformazione affine (12 gradi di libertà), i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

asserot Trasformazione di rotazione ristretta (1 gradi di libertà). La trasformazione è
limitato alla rotazione attorno all'asse dato intorno alla rotazione data
center, i parametri supportati sono:

asse =(richiesto, vettore 3df)
asse di rotazione.

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

origine =(richiesto, vettore 3df)
centro della trasformazione.

raffinato Trasformazione affine ristretta (3 gradi di libertà). La trasformazione è
limitato alla rotazione attorno all'asse dato e al taglio lungo i due assi
perpendicolare a quello indicato, i parametri supportati sono:

asse =(richiesto, vettore 3df)
asse di rotazione.

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

origine =(richiesto, vettore 3df)
centro della trasformazione.

rigido Trasformazione rigida, cioè rotazione e traslazione (sei gradi di libertà).,
i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

origine = [[0,0,0]]; vettore 3df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5,0.5> corrisponde al centro di
il volume.

rotazione Trasformazione di rotazione (tre gradi di libertà)., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

origine = [[0,0,0]]; vettore 3df
Centro di rotazione relativo, cioè <0.5,0.5,0.5> corrisponde al centro di
il volume.

piegarsi Trasformazione ristretta (4 gradi di libertà). La trasformazione è
limitato alla rotazione attorno all'asse x e y e una flessione lungo l'x
asse, indipendente in ogni direzione, con la flessione crescente con il
distanza al quadrato dall'asse di rotazione., i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

norot = 0; bollo
Non ottimizzare la rotazione.

origine =(richiesto, vettore 3df)
centro della trasformazione.

spline Trasformazione a forma libera che può essere descritta da un insieme di coefficienti B-spline
e un kernel B-spline sottostante., i parametri supportati sono:

anisorare = [[0,0,0]]; vettore 3df
coefficiente anisotropico in pixel, i valori non positivi saranno
sovrascritto dal valore 'tasso'..

mettere a punto = 0; bollo
abilitare l'output di debug aggiuntivo.

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

Kernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel spline di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

pena = ; fabbrica
termine di energia di pena di trasformazione. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:3dtransform/splinepenalty

tasso = 10; fluttuare in [1, inf)
coefficiente isotropo in pixel.

tradurre Traduzione (tre gradi di libertà), i parametri supportati sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

vf Questo plug-in implementa una trasformazione che definisce una traduzione per ciascuno
punto della griglia che definisce il dominio della trasformazione., supportato
i parametri sono:

confine = specchio; fabbrica
condizioni al contorno dell'interpolazione dell'immagine. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabbrica
kernel dell'interpolatore di immagini. Per i plug-in supportati vedere
PLUGIN:1d/splinekernel

PLUGIN: 3dtrasformare/io

bbs IO serializzato binario (non portatile) di trasformazioni 3D

Estensioni di file riconosciute: .bbs

pool di dati IO virtuale da e verso il pool di dati interno

Estensioni di file riconosciute: .@

vista Archiviazione Vista di trasformazioni 3D

Estensioni file riconosciute: .v, .v3dt

xml IO serializzato XML di trasformazioni 3D

Estensioni file riconosciute: .x3dt

PLUGIN: 3dtrasformazione/splinepenalità

divcurl divcurl penalità sulla trasformazione, i parametri supportati sono:

arricciare = 1; fluttuare in [0, inf)
peso di penalità sul curl.

div = 1; fluttuare in [0, inf)
peso della penalità sulla divergenza.

norma = 0; bollo
Impostato a 1 se la penalità deve essere normalizzata rispetto all'immagine
dimensione.

peso = 1; fluttuare in (0, inf)
peso dell'energia della penalità.

PLUGIN: minimizzatore/costo unico

gda Discesa del gradiente con correzione automatica della dimensione del passo., i parametri supportati sono:

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Stop se il relativo cambio del criterio è inferiore..

max-passo = 2; raddoppiare (0, inf)
Dimensione massima assoluta del passo.

massimo = 200; uint in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

min-passo = 0.1; raddoppiare (0, inf)
Dimensione minima assoluta del passo.

xtola = 0.01; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se l'inf-norma della modifica applicata a x è inferiore a questo valore..

gdq Discesa del gradiente con stima del passo quadratico, i parametri supportati sono:

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Stop se il relativo cambio del criterio è inferiore..

gtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se la norma inf del gradiente è inferiore a questo valore..

massimo = 100; uint in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

scala = 2; raddoppiare (1, inf)
Ridimensionamento fisso della dimensione del passo di fallback.

passo = 0.1; raddoppiare (0, inf)
Dimensione del passo iniziale.

xtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Interrompi se l'inf-norm di x-update è inferiore a questo valore..

GSL plugin di ottimizzazione basato sugli ottimizzatori multimin della GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, i parametri supportati sono:

eps = 0.01; raddoppiare (0, inf)
ottimizzatori basati su gradiente: si fermano quando |grad| < eps, simplex: fermati quando
dimensione simplex < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
numero massimo di iterazioni.

optare = gd; detto
Ottimizzatore specifico da utilizzare. I valori supportati sono:
bfg ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versione più efficiente)
cg-fr ‐ Algoritmo del gradiente coniugato di Flecher-Reeves
gd ‐ Discesa del gradiente.
simplex ‐ Algoritmo simplex di Nelder e Mead
cg-pr ‐ Algoritmo del gradiente coniugato Polak-Ribiere

passo = 0.001; raddoppiare (0, inf)
dimensione del passo iniziale.

tol = 0.1; raddoppiare (0, inf)
qualche parametro di tolleranza.

nlopt Algoritmi di minimizzazione che utilizzano la libreria NLOPT, per una descrizione del
ottimizzatori vedere 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', i parametri supportati sono:

ftola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione assoluta del valore oggettivo è inferiore
questo valore.

ftolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione relativa del valore oggettivo è inferiore
questo valore.

superiore = inf; Doppio
Limite superiore (uguale per tutti i parametri).

locale-opz = nessuno; detto
algoritmo di minimizzazione locale che può essere richiesto per il principale
algoritmo di minimizzazione. I valori supportati sono:
gn-orig-diretto-l ‐ Rettangoli divisori (implementazione originale,
localmente di parte)
gn-diretto-l-noscal - Rettangoli divisori (non scalati, distorti localmente)
gn-isres ‐ Strategia di evoluzione del ranking stocastico migliorata
ld-tnewton ‐ Newton troncato
gn-diretto-l-rand - Rettangoli divisori (localmente distorti, randomizzati)
ln-newuoa ‐ Ottimizzazione non vincolata senza derivati ​​in modo iterativo
Approssimazione quadratica costruita
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rettangoli divisori (non in scala, localmente
parziale, randomizzato)
gn-orig-diretto ‐ Dividere i rettangoli (implementazione originale)
ld-tnewton-precond ‐ Newton troncato precondizionato
ld-tnewton-riavvio ‐ Newton troncato con ripartenza in discesa più ripida
gn-diretto ‐ Dividere i rettangoli
ln-Neldermead ‐ Algoritmo del simplesso di Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Ottimizzazione vincolata mediante approssimazione lineare
gn-crs2-lm ‐ Ricerca casuale controllata con mutazione locale
ld-var2 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 2
ld-var1 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 1
ld-mma ‐ Metodo di spostamento degli asintoti
ld-lbfgs-nocedal - Nessuno
ld-lbfgs ‐ BFGS a bassa memoria
gn-diretto-l - Rettangoli divisori (localmente distorti)
nessuna ‐ non specificare l'algoritmo
ln-bobyqa ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati
ln-sbplx ‐ Variante subplex di Nelder-Mead
ln-newuoa-vincolato ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati ​​da
Approssimazione quadratica costruita iterativamente
ln-prassi ‐ Ottimizzazione locale priva di gradienti tramite l'asse principale
metodo
gn-direct-noscal ‐ Rettangoli divisori (non in scala)
ld-tnewton-pre-riavvio ‐ Newton troncato precondizionato con
ripartenza in discesa più ripida

inferiore = -inf; Doppio
Limite inferiore (uguale per tutti i parametri).

massimo = 100; intero in [1, inf)
Criterio di arresto: il numero massimo di iterazioni.

optare = ld-lbfgs; detto
principale algoritmo di minimizzazione. I valori supportati sono:
gn-orig-diretto-l ‐ Rettangoli divisori (implementazione originale,
localmente di parte)
g-mlsl-lds ‐ Multi-Level Single-Linkage (sequenza a bassa discrepanza,
richiedono ottimizzazione e limiti locali basati sul gradiente)
gn-diretto-l-noscal - Rettangoli divisori (non scalati, distorti localmente)
gn-isres ‐ Strategia di evoluzione del ranking stocastico migliorata
ld-tnewton ‐ Newton troncato
gn-diretto-l-rand - Rettangoli divisori (localmente distorti, randomizzati)
ln-newuoa ‐ Ottimizzazione non vincolata senza derivati ​​in modo iterativo
Approssimazione quadratica costruita
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rettangoli divisori (non in scala, localmente
parziale, randomizzato)
gn-orig-diretto ‐ Dividere i rettangoli (implementazione originale)
ld-tnewton-precond ‐ Newton troncato precondizionato
ld-tnewton-riavvio ‐ Newton troncato con ripartenza in discesa più ripida
gn-diretto ‐ Dividere i rettangoli
auglag-eq ‐ Algoritmo Lagrangiano Aumentato con vincoli di uguaglianza
esclusivamente
ln-Neldermead ‐ Algoritmo del simplesso di Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Ottimizzazione vincolata mediante approssimazione lineare
gn-crs2-lm ‐ Ricerca casuale controllata con mutazione locale
ld-var2 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 2
ld-var1 ‐ Variabile a memoria limitata spostata, rango 1
ld-mma ‐ Metodo di spostamento degli asintoti
ld-lbfgs-nocedal - Nessuno
g-mlsl ‐ Collegamento singolo multilivello (richiede ottimizzazione locale e
limiti)
ld-lbfgs ‐ BFGS a bassa memoria
gn-diretto-l - Rettangoli divisori (localmente distorti)
ln-bobyqa ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati
ln-sbplx ‐ Variante subplex di Nelder-Mead
ln-newuoa-vincolato ‐ Ottimizzazione vincolata senza derivati ​​da
Approssimazione quadratica costruita iterativamente
auglag ‐ Algoritmo Lagrangiano Aumentato
ln-prassi ‐ Ottimizzazione locale priva di gradienti tramite l'asse principale
metodo
gn-direct-noscal ‐ Rettangoli divisori (non in scala)
ld-tnewton-pre-riavvio ‐ Newton troncato precondizionato con
ripartenza in discesa più ripida
ld-slsqp ‐ Programmazione quadratica dei minimi quadrati sequenziali

passo = 0; raddoppiare in [0, inf)
Dimensione del passo iniziale per i metodi senza gradiente.

Stop = -inf; Doppio
Criterio di arresto: il valore della funzione scende al di sotto di questo valore.

xtola = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione assoluta di tutti i valori x è inferiore a questo
valore.

xtolr = 0; raddoppiare in [0, inf)
Criterio di arresto: la variazione relativa di tutti i valori x è inferiore a questo
valore.

ESEMPIO

Registra la serie di immagini data da images imageXXXX.v ottimizzando una spline basata
trasformazione con un coefficiente di 16 pixel, saltando due immagini all'inizio
e utilizzando campi gradiente normalizzati come misura del costo iniziale e SSD come misura finale.
Penalizzare la trasformazione utilizzando divcurl con un peso di 2.0. Come ottimizzatore e nlopt
viene utilizzato il metodo di Newton basato.

mia-3dprealign-nonrigid mia-3dprealign-nonrigid -i imageXXXX.v -o registrato -t vista -k
2-F spline:velocità=16,penalità=[divcurl:peso=2] -1 immagine:costo=[ngf:eval=ds] -2
image:cost=ssd -O nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

AUTORE(i)

Gert Wollny

COPYRIGHT

Questo software è protetto da Copyright (c) 1999‐2015 Lipsia, Germania e Madrid, Spagna. Viene
con ASSOLUTAMENTE NESSUNA GARANZIA e puoi ridistribuirlo secondo i termini della GNU
LICENZA PUBBLICA GENERALE Versione 3 (o successiva). Per maggiori informazioni eseguire il programma con il
opzione '--copyright'.

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