mincresample - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mincresample - ricampiona un file minc lungo nuove dimensioni spaziali

SINOSSI

campione minimo [ ]

DESCRIZIONE

Mincrecampione ricampionerà un file minc lungo nuove dimensioni spaziali con nuovi voxel
posizioni. Ogni volume nel file di input (dato dalle dimensioni spaziali xspace, yspace
e zspace) viene ricampionato in base alle opzioni della riga di comando. Le dimensioni non spaziali sono
conservati nel loro ordine originale, ma le dimensioni spaziali possono essere riordinate per dare
immagini trasversali, sagittali o coronali. I nuovi valori di voxel sono calcolati utilizzando tri-
interpolazione lineare, tricubica o del vicino più prossimo.

WORLD COORDINATE

Le coordinate mondiali si riferiscono a coordinate millimetriche relative a qualche origine fisica
(o lo scanner o qualche struttura anatomica). Le coordinate voxel sono semplicemente le
indici nel volume dell'immagine di un dato voxel. Per specificare appropriato
opzioni di ricampionamento, è necessario capire come funzionano le conversioni di coordinate MINC.

Ogni dimensione di un volume di immagine MINC è specificata per nome - le dimensioni spaziali sono
xspace, yspace e zspace. La convenzione è che le coordinate xspace positive partono da
lato sinistro del paziente al lato destro, le coordinate yspace positive vanno dalla parte posteriore del paziente
alle coordinate zspace anteriori e positive vanno dall'inferiore al superiore. Per ciascuno di
queste dimensioni spaziali, la conversione delle coordinate mondiali è specificata da una coppia di
attributi: passo e inizio. La coordinata mondiale xspace, ad esempio, viene calcolata utilizzando x
= v*step + start, dove x è la coordinata mondiale x e v è il conteggio dei voxel (a partire da
zero). Quindi la grandezza dell'attributo step specifica la distanza tra voxel e
il segno dell'attributo passo specifica l'orientamento dell'asse.

C'è un'ulteriore svolta: i file MINC possono avere assi non ortogonali con il
quote non perfettamente allineate con l'asse indicato. Può esserci una direzione_coseno
attributo che fornisce il vero orientamento dell'asse. Ad esempio, normalmente xspace
la dimensione dovrebbe allinearsi con l'asse x del mondo, ad es. direzione coseno = (1,0,0); tuttavia,
è possibile avere una direzione coseno di (0.9, 0.43589, 0).

Questi attributi (step, start e direction_cosines) forniscono una conversione da voxel
coordinate alle coordinate mondiali. Combinato con un numero di elementi o campioni lungo un
asse, forniscono una descrizione completa di dove dovrebbe essere il campionamento in uscita.
Tuttavia, quando ricampioniamo i dati, siamo spesso interessati a un cambiamento del mondo
coordinate: dal sistema di coordinate di uno scanner MRI al sistema di coordinate di uno scanner PET,
ad esempio, o da un volume nel suo spazio di acquisizione a coordinate in uno standard
spazio. Questo cambio di coordinate mondiali può essere specificato mediante l'uso di a
file di trasformazione (.xfm). Quindi, in generale, il ricampionamento coinvolge tre
trasformazioni: dalle coordinate voxel del file di input alle sue coordinate mondiali
(specificato dal file di input), dalle coordinate del mondo di input al mondo di output
coordinate (specificate dal file di trasformazione) e dal mondo del file di output
coordinate alle sue coordinate voxel (specificate dalle opzioni della riga di comando).

In generale, i coseni di direzione sono usati raramente - il riorientamento dell'asse è specificato da a
cambiamento delle coordinate del mondo (il file di trasformazione). Inoltre, le posizioni di ricampionamento
(output world to voxel conversion) sono spesso specificati in relazione a un file modello (es.
ricampionare questo file in modo che assomigli a quel file). Sebbene ci siano molte opzioni per a
specifica completa della trasformazione, di solito non è necessario specificare di più
di alcuni di loro.

VERSIONI

Nota che le opzioni possono essere specificate in forma abbreviata (purché siano uniche) e
può essere dato ovunque sulla riga di comando.

Generale Opzioni

-2 Crea file di output in formato MINC 2.0.

-picchiatore
Sovrascrivi un file esistente.

-noclobber
Non sovrascrivere un file esistente (impostazione predefinita).

-verboso
Stampa le informazioni sullo stato di avanzamento per ogni sezione calcolata (impostazione predefinita).

-silenzioso Non stampare le informazioni sullo stato di avanzamento.

Ricampionamento specificazione

Opzioni che forniscono il campionamento in uscita (tutte le seguenti tranne -trasformazione) siamo
analizzati nell'ordine in cui appaiono sulla riga di comando. Quindi un comando con -Like
file.mnc -znelementi 34 -zpasso 2 darà un campionamento come quello nel file in file.mnc ma
con 34 campioni a 2 mm lungo il zspazio asse. Il campionamento predefinito è preso da
file di input, trasformato in base a qualsiasi trasformazione.

-trasformazione file.xfm
Specifica un file che fornisce la trasformazione delle coordinate globali (l'impostazione predefinitaèl'identità
trasformazione).

-trasformazione_invertita
Invertire la trasformazione prima di utilizzarla.

-noinvert_transformation
Non invertire la trasformazione (impostazione predefinita).

-tfm_input_campionamento
Trasforma il campionamento in ingresso (usando la trasformazione specificata da -trasformazione)
insieme ai dati e utilizzarlo come campionamento predefinito (impostazione predefinita).

-usa_campionamento_input
Usa il campionamento in ingresso come campionamento predefinito, così com'è, senza trasformazione, anche
anche se i dati vengono trasformati (vecchio comportamento).

-Like file.mnc
Specificare un file modello che dia il mondo di output alla trasformazione e al numero di voxel
di elementi (cioè trasforma questo file in modo che assomigli a quello).

-campionamento_standard
Impostare il campionamento su valori standard (inizio = 0, passo = 1, direzione del coseno punto
lungo assi appropriati).

-tipospazio stringa
Imposta il nome dello spazio di output (di solito nativo____ or talairach_).

-talairach
Imposta il nome dello spazio di output su talirach_.

-UNITA stringa
Imposta le unità dello spazio di output.

-origine ox oy oz
Specificare la coordinata del primo voxel. Questo non è lo stesso del valore iniziale
se i coseni di direzione non sono standard. Inoltre, l'inizio non è solo un
proiezione perpendicolare dell'origine sull'asse, è una proiezione parallela
(come in una proiezione a parallelogramma multidimensionale). La conversione è gestita
correttamente con questa opzione.

-nelementi nx ny nz
Numero di elementi lungo ciascuna delle dimensioni del mondo.

-xnelementi nx
Numero di elementi lungo la dimensione xspace.

-yn elementi ny
Numero di elementi lungo la dimensione yspace.

-znelementi nz
Numero di elementi lungo la dimensione zspace.

-passo xstep sì, passo zstep
Passa tra i voxel lungo ciascuna delle dimensioni del mondo.

-xpasso xstep
Passa tra i voxel lungo la dimensione xspace.

-ystep sì, passo
Passa tra i voxel lungo la dimensione yspace.

-zpasso zstep
Passa tra i voxel lungo la dimensione zspace.

-Inizio xstart inizio zstart
Posizione del centro del primo voxel lungo ciascuna delle dimensioni del mondo.

-xinizio xstart
Posizione del centro del primo voxel lungo la dimensione xspace.

-ystart inizio
Posizione del centro del primo voxel lungo la dimensione yspace.

-zstart zstart
Posizione del centro del primo voxel lungo la dimensione zspace.

-dirchi x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
coseni di direzione per ciascuno degli assi globali.

-xdircos x1 x2 x3
Coseni di direzione per la dimensione xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Coseni di direzione per la dimensione yspace.

-zdircos z1 z2 z3
Coseni di direzione per la dimensione zspace.

Dimensioni ordinazione

L'impostazione predefinita è mantenere l'ordine delle dimensioni originale.

-trasversale
Scrivi le sezioni trasversali.

-sagittale
Scrivi le fette sagittali.

-coronale
Scrivi le fette coronali.

Uscita dati Digitare ed gamma

L'impostazione predefinita per tipo, segno e intervallo valido prevede l'utilizzo di quelli del file di input. Se il tipo è
specificato, quindi sia il segno che l'intervallo valido vengono impostati sul valore predefinito per quel tipo. Se il segno è
specificato, l'intervallo valido viene impostato sul valore predefinito per il tipo e il segno.

-byte Memorizza i voxel di output in formato intero a 8 bit.

-corto Memorizza i voxel di output in formato intero a 16 bit.

-int Memorizza i voxel di output in formato intero a 32 bit.

-lungo Sostituito da -int.

-galleggiante Memorizza i voxel di output in formato a virgola mobile a 32 bit.

-raddoppiare
Memorizza i voxel di output in formato a virgola mobile a 64 bit.

-firmato
Scrivi i valori come interi con segno (impostazione predefinita per short e long). Ignorato per
tipi in virgola mobile.

-non firmato
Scrivi i valori come interi senza segno (impostazione predefinita per byte). Ignorato per fluttuare
tipi di punti

-gamma verbale max
specifica l'intervallo valido di valori voxel di output. L'impostazione predefinita è l'intervallo completo per il
tipo e segno. Questa opzione viene ignorata per i valori in virgola mobile.

-mantieni intervallo_reale
Conserva il minimo e il massimo reali dal volume di ingresso, in modo che i valori siano
ridimensionato allo stesso modo in uscita. Ciò è particolarmente utile per il ricampionamento dell'etichetta
volumi in cui l'interpolazione dei valori di intensità non ha senso.

-nokeep_real_range
Ricalcolare il minimo e il massimo reali per ogni fetta di output. Questa è l'impostazione predefinita.

Manovrabilità of indefinito (non valido) voxel valori

-riempire I voxel di output che non rientrano nel volume di input hanno valori indefiniti. Quando il
-riempire viene utilizzata l'opzione, a questi voxel viene assegnato un valore che è al di fuori del valido
intervallo (inferiore al minimo valido, se il tipo, il segno e l'intervallo valido lo consentono) così
che possono essere rilevati da altri software. I valori di questi voxel non lo sono
Incluso nella immagine-max ed immagine-min variabili.

-nessun riempimento
Utilizzare un valore reale/fisico (non valore voxel) pari a zero per i punti al di fuori dell'input
volume. Questi punti sono inclusi nel calcolo del immagine-max ed immagine-min
variabili. Questa è l'impostazione predefinita.

-valore di riempimento valore di riempimento
Specifica un valore reale/fisico (non un valore voxel) per i punti al di fuori dell'input
volume. I punti non sono inclusi nel calcolo del immagine-max ed Immagine-
verbale variabili.

Interpolazione Opzioni

-trilineare
Eseguire un'interpolazione trilineare tra i voxel. I bordi del volume sono al
centro del primo e dell'ultimo voxel di una dimensione. Questa è l'impostazione predefinita.

-tricubica
Eseguire un'interpolazione tricubica tra i voxel. I bordi del volume sono al
centro del primo e dell'ultimo voxel di una dimensione.

-vicino_più vicino
Esegui l'interpolazione del vicino più vicino tra i voxel (es. trova il voxel più vicino a
il punto e utilizzare il suo valore). I bordi del volume sono al bordo del primo
e ultimi voxel di una dimensione (separazione centro +/- mezzo voxel).

-sic Eseguire l'interpolazione di sincronismo finestra rinormalizzata tra i voxel, come descritto da Thacker
et al. JMRI 10:582-588 (1999).

-larghezza n
Specifica la metà larghezza del kernel di interpolazione sinc, nell'intervallo da 1 a
10. La larghezza completa del kernel sinc è n * 2 + 1, e quindi varia da 3 a 21.
Il valore predefinito è 5 che fornisce una larghezza completa di 11.

-Hanning
Utilizzare una finestra di Hanning con l'interpolatore sinc. Questa è l'impostazione predefinita.

-martellante
Utilizzare una finestra di Hamming con l'interpolatore sinc.

Generico Opzioni

-Aiuto Stampa il riepilogo delle opzioni della riga di comando ed esci.

-versione
Stampa il numero di versione del programma ed esci.

ESEMPI

Ricampionare il cervello di un individuo in uno spazio standardizzato su una griglia di campionamento standard:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform trasforma_in_standard_space.xfm \
-come standard_sampling.mnc

Ricampiona un volume MRI da abbinare a un volume PET, ma con una risoluzione più fine:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transform mri_to_pet.xfm -come pet.mnc \
-passo 1 1 2 -xinizio -0.5 -yinizio -0.5 \
-nelementi 256 256 64

Trasforma un volume trasverso in un volume sagittale:

mincresample trasversale.mnc sagittal.mnc \
-sagittale -più vicino

Trasforma un volume trasversale 256x256x64 (1x1x2mm) in un volume sagittale 256x128x256 (1x1x1mm):

mincresample trasversale.mnc sagittale.mnc -sagittale \
-zpasso 1 -znelem 128

Ottieni un campionamento assiale più fine su un volume PET:

campione minimo pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zpasso 2 -znelementi 46

Usa mincresample online utilizzando i servizi onworks.net