Questo è il comando primer3_core che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
primer3_core - Progetta primer per PCR
SINOSSI
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ file di input]
DESCRIZIONE
primer3_core seleziona i primer per le reazioni di PCR, considerando come criteri l'oligonucleotide
temperatura di fusione, dimensione, contenuto GC e possibilità di primer-dimero, dimensione del prodotto PCR,
vincoli di posizione all'interno della sequenza di origine e vari altri vincoli.
Per impostazione predefinita, primer3_core accetta input e produce output in formato Boulder-io, un pre-XML
formato di input/output basato su testo per il formato di interscambio di dati da programma a programma. Il
Il formato Boulder-io e i comandi che primer3_core comprende sono descritti nel
README file, che sui sistemi Debian può essere trovato in /usr/condividi/doc/primer3/.
VERSIONI
-formato_output
Stampa un rapporto più orientato all'utente per ogni sequenza.
- tag_rigorosi
primer3_core fa eco e ignora tutti i tag che non riconosce, a meno che il
- tag_rigorosi flag è impostato sulla riga di comando, nel qual caso primer3_core stampa an
errore nel tag di output PRIMER_ERROR e stampa informazioni aggiuntive su stdout;
questa opzione può essere utile per il debug di sistemi che incorporano primer.
Note:
Il vecchio flag -2x_compat non è più supportato.
EXIT STATUS CODICI
· 0 in funzionamento normale.
· -1 nelle seguenti condizioni: argomenti della riga di comando illegali, impossibile scaricare
stdout, impossibile aprire (per scrivere e creare) un file .for, .rev o .int (probabilmente
per un problema di protezione).
· -2 su memoria esaurita.
· -3 input vuoto.
· Errore -4 in un tag di ingresso "Globale" (messaggio in PRIMER_ERROR).
RIFERIMENTO
Si prega di citare Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 sul WWW per utenti generici e per
programmatori biologhi." In S. Krawetz e S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protocolli della serie Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, New Jersey, 2000,
pagine 365-386.
Usa primer3_core online utilizzando i servizi onworks.net
