Questo è il comando RNAcalibrate che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
RNAcalibrate - calibra le statistiche delle ibridazioni della struttura secondaria degli RNA
SINOSSI
RNAcalibrate [-H] [-D file_frequenza] [-F da A] [-K misura di prova] [-l media, std] [-M
lunghezza_max_target] [-N lunghezza_max_query] [-u iloop_upper_limit] [- v bloop_upper_limit]
[-S] [-T file_destinazione] [-Q file_interrogazione] [bersaglio] [domanda]
DESCRIZIONE
RNAcalibrate è uno strumento per calibrare le ibridazioni a minima energia libera (mfe) eseguite
con RNAhybrid. Cerca in un database casuale che può essere fornito sulla riga di comando o
altrimenti genera sequenze casuali in base alla dimensione del campione data, alla distribuzione della lunghezza
parametri e frequenze dinucleotidiche. Alla distribuzione empirica della lunghezza
energie libere minime normalizzate, parametri di una distribuzione di valori estremi (evd) sono
montato. L'output fornisce per ogni miRNA il suo nome (o "command_line" se è stato inviato su
la riga di comando), il numero di punti dati su cui è stato eseguito l'adattamento evd, la posizione e il
parametro di scala. I parametri di posizione e scala dell'evd possono quindi essere forniti a
RNAibrido per il calcolo dei valori p mfe.
VERSIONI
-h Fornisci un breve riepilogo delle opzioni della riga di comando.
-d file_frequenza
Generare sequenze casuali in base alle frequenze dinucleotidiche fornite in
file_frequenzaVedere la directory di esempio per i file di esempio.
-f da A
Forza tutte le strutture ad avere un'elica dalla posizione da posizionare a con
rispetto alla domanda. La prima base ha la posizione 1.
-k misura di prova
Generare misura di prova sequenze casuali. Il valore predefinito è 5000.
-l media, std
Genera sequenze casuali con una distribuzione di lunghezza normale della media significare e
deviazione standard stdI valori predefiniti sono rispettivamente 500 e 300.
-m lunghezza_max_target
La lunghezza massima consentita di una sequenza di destinazione. Il valore predefinito è 2000. Questo
L'opzione ha effetto solo se un file di destinazione viene fornito con l'opzione -t (vedi sotto).
-n lunghezza_max_query
La lunghezza massima consentita di una sequenza di query. Il valore predefinito è 30. Questo
L'opzione ha effetto solo se viene fornito un file di query con l'opzione -q (vedi sotto).
-u iloop_upper_limit
Il numero massimo consentito di nucleotidi spaiati in entrambi i lati di un interno
ciclo continuo.
-v bloop_upper_limit
Il numero massimo consentito di nucleotidi spaiati in un anello di rigonfiamento.
-s Generare sequenze casuali in base alla distribuzione dinucleotidica di un dato
target (con l'opzione -t o sulla riga di comando. Se non viene specificato -t,
l'ultimo argomento (se viene fornito -q) o il penultimo argomento (se non viene fornito -q)
dato) a RNAcalibrate viene preso come target). Vedere l'opzione -t.
-t file_destinazione
Senza l'opzione -s, ciascuna delle sequenze di destinazione in file_destinazione è soggetto a
ibridazione con ciascuna delle query (che provengono entrambe dal file_interrogazione o è
l'unica query fornita sulla riga di comando; vedere -q di seguito). Le sequenze in
file_destinazione devono essere in formato FASTA, ovvero una riga che inizia con > e direttamente
seguito da un nome, quindi una o più righe successive con la sequenza stessa. Ogni
ogni singola riga della sequenza non deve contenere più di 1000 caratteri.
Con l'opzione -s, la distribuzione dei dinucleotidi di destinazione (o file di destinazione) è
contati e vengono generate sequenze casuali in base a questa distribuzione.
Se non viene specificato -t, vengono generate sequenze casuali come descritto sopra (vedere -d
opzione).
-q file_interrogazione
Vedere l'opzione -t sopra. Se non viene specificato -q, viene preso l'ultimo argomento di RNAcalibrate
come una query.
BIBLIOGRAFIA
I parametri energetici sono presi da:
Mathews DH, Sabina J, Zuker M, Turner DH. "Dipendenza dalla sequenza espansa della termodinamica
parametri migliora la previsione della struttura secondaria dell'RNA" J Mol Biol., 288 (5), pp
911-940, 1999
VERSIONE
Questa pagina man documenta la versione 2.0 di RNAcalibrate.
AUTORI
Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann.
LIMITAZIONI
I valori di energia dipendenti dal carattere sono definiti solo per [acgtuACGTU]. Tutti gli altri personaggi
portare a valori pari a zero in questi casi.
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