scrm - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

scrm - Un simulatore coalescente accurato per sequenze su scala genomica

SINOSSI

scrm nsamp nloci [-hvL] [-r rec L [-l l] [-sr b rec]... ] [-I npop s1 ... sn [M] [-eI t s1
... sn [M]]... [-M M] [-em t M]... [-m i j M] [-em t i j M]... [-mamma M11 M21 ... Mnn]
[-ema t M11 M21 ... Mnn]... [-es t i p]... [-ej t i j] ...] [-n i n] [-in t i n] ...
[-eN t i n]... [-g i a] [-per esempio t i a]... [-G t a] [-per esempio t a]... [-t theta [-oSFS] [-st b
theta]... ] [semi seme [seme2 seme3,-p cifre]

DESCRIZIONE

scrm is a coalescente simulatore da biologico sequenze. Diverso a simile programmi, esso
può approssimare il grafico di ricombinazione ancestrale con precisione arbitraria. Ciò consente
di simulare rapidamente lunghe sequenze con un collegamento genetico sostanzialmente corretto tra
siti.

VERSIONI

Ri combinazione:
-r R L Impostare il tasso di ricombinazione su R e la lunghezza del locus su L.

-sr p R
Modificare il tasso di ricombinazione R nella posizione p della sequenza.

-l l Impostare la lunghezza della finestra di approssimazione su l.

Profilo demografico struttura:
-I npop s1 ... sn [M]
Utilizzare un modello insulare con popolazioni npop,

dove da s1 a sn individui vengono campionati da ogni popolazione. Facoltativamente si supponga un
tasso di migrazione simmetrico di M.

-eI t s1 ... sn [M]
Campione s1 a sn individui dai loro

popolazioni corrispondenti al tempo t.

-M M Si supponga un tasso di migrazione simmetrico di M/(npop-1).

-em t M
Modificare il tasso di migrazione simmetrica in M/(npop-1) al tempo t.

-m i j M
Imposta il tasso di migrazione dalla popolazione j alla popolazione i su M

-em t i j M
Imposta il tasso di migrazione dalla popolazione j a

popolazione da i a M al tempo t.

-mamma M11 M21 ...
Imposta la matrice di migrazione (all'indietro).

-ema t M11 M21 ...
Cambia la matrice di migrazione al tempo t

-es t i p
Miscela di popolazione. Sostituisce una frazione di 1-p della popolazione i con individui a
dalla popolazione npop + 1 che viene ignorata in seguito (in avanti nel tempo).

-ej t i j
Evento di speciazione al tempo t. Crea la popolazione j dagli individui della popolazione i.

Profilo demografico Taglia Modifiche:
-n i n Imposta la dimensione attuale della popolazione i su n*N0.

-in t i n
Modificare la dimensione della popolazione i in n*N0 al tempo t.

-eN t n
Imposta la dimensione attuale di tutte le popolazioni su n*N0.

-g i a Imposta il tasso di crescita esponenziale della popolazione i su a.

-per esempio t i a
Cambiare il tasso di crescita esponenziale della popolazione i in a al tempo t.

-G a Imposta il tasso di crescita esponenziale di tutte le popolazioni su a.

-per esempio t a
Cambiare il tasso di crescita esponenziale di tutte le popolazioni in a al tempo t.

Sintesi Statistiche:
-t THETA
Impostare il tasso di mutazione su THETA = 4N_0u, dove u è il tasso di mutazione neutro per
luogo.

-T Stampa le genealogie locali in formato Newick.

-O Stampa le genealogie locali nel formato Oriented Forest.

-L Stampa il TMRCA e la lunghezza dell'albero locale per ogni segmento.

-oSFS Stampa lo spettro di frequenza del sito. Richiede di impostare il tasso di mutazione.

-SC [ms|rel|abs]
Scala delle posizioni della sequenza. Relativamente alla lunghezza del locus tra 0 e 1
(rel), assoluto in coppie di basi (abs) o simile a ms (ms).

Altro:
semi SEED [SEED2 SEED3]
Il seme casuale da usare. Occupa tre numeri interi.

-v, --versione
Stampa la versione di scrm.

-h, --Aiuto
Stampa questo testo.

-p cifre
Numero di cifre significative utilizzate nell'output.

Esempi

Cinque studente indipendente siti da 10 individui utilizzando Kingman's Coalescente:
scrm 10 5 -t 10

A sequenza of 10kb da 4 individui per , il esattamente ARG:
scrm 4 1 -t 10 -r 4 10000

A sequenza of 100Mb utilizzando , il SMC' approssimazione:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0

Stesso as sopra, ma con essenzialmente correggere collegamento:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000

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