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TransDecoder.Predict - Online nel cloud

Esegui TransDecoder.Predict nel provider di hosting gratuito OnWorks su Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS

Questo è il comando TransDecoder.Predict che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS

PROGRAMMA:

NOME


Transdecodificatore - Previsione della proteina del trascrittoma

USO


richiesto:

-T trascrizioni.fasta

Opzioni comuni:

--retain_long_orfs conservare tutti gli ORF trovati uguali o più lunghi di questi molti nucleotidi anche se non ci sono altre prove
lo contrassegna come codifica (predefinito: 900 bp => 300aa)

--retain_pfam_hits /percorso/a/pfam_db.hmm per cercare
usando hmmscan (che dovrebbe essere accessibile tramite l'impostazione PATH)

--retain_blastp_hits

Opzioni avanzate

--treno File FASTA con ORF per addestrare Markov Mod per l'identificazione delle proteine; altrimenti
gli ORF non ridondanti più lunghi utilizzati

-T Se no --train, supera gli ORF più lunghi per addestrare il modello Markov (statistiche hexamer) (predefinito: 500)

2015-12-28 TRANSDECODER.PREDIT(1)

Usa TransDecoder.Predict online utilizzando i servizi onworks.net


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