Questo è il comando TransDecoder.Predict che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
Transdecodificatore - Previsione della proteina del trascrittoma
USO
richiesto:
-T trascrizioni.fasta
Opzioni comuni:
--retain_long_orfs conservare tutti gli ORF trovati uguali o più lunghi di questi molti nucleotidi anche se non ci sono altre prove
lo contrassegna come codifica (predefinito: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /percorso/a/pfam_db.hmm per cercare
usando hmmscan (che dovrebbe essere accessibile tramite l'impostazione PATH)
--retain_blastp_hits
Opzioni avanzate
--treno File FASTA con ORF per addestrare Markov Mod per l'identificazione delle proteine; altrimenti
gli ORF non ridondanti più lunghi utilizzati
-T Se no --train, supera gli ORF più lunghi per addestrare il modello Markov (statistiche hexamer) (predefinito: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDIT(1)
Usa TransDecoder.Predict online utilizzando i servizi onworks.net
