xml2dsr - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

xml2dsr - Converti file DICOM SR e set di dati in XML

SINOSSI

xml2dsr [opzioni] xmlfile-in dsrfile-out

DESCRIZIONE

I xml2dsr utility converte il contenuto di un documento XML (Extensible Markup Language)
al formato DICOM Structured Reporting (SR) (formato file o set di dati non elaborati). Lo schema XML
dsr2xml.xsd non segue ancora alcun formato standard. in ogni caso, il xml2dsr applicazione
potrebbe essere migliorato in questo aspetto in futuro (ad es. supportando HL7/CDA - Clinical
Architettura del documento).

È possibile creare un file XML appropriato utilizzando il dsr2xml strumento (opzione +Xn consigliato a
aggiungere la dichiarazione dello spazio dei nomi XML all'elemento radice).

PARAMETRI

xmlfile-in Nome del file di input XML da convertire (stdin: "-")

dsrfile-out Nome del file di output DICOM SR

VERSIONI

generale Opzioni
-h --aiuto
stampa questo testo di aiuto ed esci

--versione
stampa le informazioni sulla versione ed esci

--argomenti
stampa gli argomenti della riga di comando espansi

-q --silenzioso
modalità silenziosa, non stampa avvisi ed errori

-v --verboso
modalità dettagliata, stampa dei dettagli di elaborazione

-d --debug
modalità di debug, stampa informazioni di debug

-ll --log-level [l]evel: costante di stringa
(fatale, errore, avviso, informazioni, debug, traccia)
usa il livello l per il logger

-lc --log-config [f]nomeile: stringa
usa il file di configurazione f per il logger

ingresso Opzioni
codifica:

+E --template-busta
l'elemento modello racchiude elementi di contenuto

lavorazione Opzioni
convalida:

+Vs --validate-schema
convalidare il documento XML rispetto a Schema
(non con --template-envelope)

# richiede che libxml sia compilato con il supporto dello schema XML

+Vn --check-spazio dei nomi
controlla lo spazio dei nomi XML nella radice del documento

identificatori univoci:

+Ug --genera-nuovi-uid
generare un nuovo UID di studio/serie/istanza SOP

-Uo --dont-overwrite-uid
non sovrascrivere gli UID esistenti (impostazione predefinita)

+Uo --overwrite-uid
sovrascrivi gli UID esistenti

produzione Opzioni
formato del file di output:

+F --scrivi-file
scrivere il formato del file (predefinito)

-F --write-set di dati
scrivi set di dati senza meta informazioni sul file

sintassi di trasferimento dell'output:

+t= --write-xfer-stesso
scrivere con lo stesso TS dell'input (predefinito)

+te --write-xfer-piccolo
scrivi con VR little endian TS esplicito

+tb --write-xfer-grande
scrivi con VR big endian TS esplicito

+ti --write-xfer-implicito
scrivere con VR implicito little endian TS

+td --write-xfer-sgonfiato
scrivere con VR little endian esplicito sgonfiato

rappresentazioni di valore post-1993:

+u --abilita-nuovo-vr
abilita il supporto per i nuovi VR (UN/UT) (predefinito)

-u --disable-nuovo-vr
disabilita il supporto per i nuovi VR, converti in OB

codifica della lunghezza del gruppo:

+g= --group-length-ricalc
ricalcolare le lunghezze del gruppo se presente (impostazione predefinita)

+g --gruppo-lunghezza-creare
scrivi sempre con elementi di lunghezza di gruppo

-g --group-length-remove
scrivi sempre senza elementi di lunghezza del gruppo

codifica della lunghezza in sequenze ed elementi:

+e --length-esplicito
scrivere con lunghezze esplicite (predefinito)

-e --lunghezza-non definita
scrivere con lunghezze indefinite

riempimento finale del set di dati (non con --write-dataset):

-p= --padding-retain
non modificare il riempimento (impostazione predefinita in caso contrario --write-dataset)

-p --imbottitura
nessun riempimento (implicito se --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: intero
allinea il file su più di f byte
e elementi su più di i byte

deflate il livello di compressione (solo con --write-xfer-deflated):

+cl --compression-level [l]evel: intero (default: 6)
0=non compresso, 1=più veloce, 9=migliore compressione

NOTE

DICOM conformità
I xml2dsr L'utility supporta le seguenti classi SOP:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Archiviazione SRS avanzata 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Memoria SRS completa 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Memoria 3DSRS completa 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammografiaCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
PettoCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiofarmacoRadiazioniDoseSRSconservazione 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
Piano di impiantoStorage dei documenti 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Tieni presente che attualmente sono supportati solo attributi obbligatori e alcuni attributi facoltativi.

Carattere Codifica
La codifica dei caratteri DICOM è determinata automaticamente dall'elemento con tag
'0008,0005' (Set di caratteri specifico) - se presente. I seguenti set di caratteri sono
attualmente supportato (richiede libxml includere iconv supporto, vedi --versione produzione):

ASCII (ISO_IR6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO latino 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO latino 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO latino 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO latino 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO latino 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cirillico "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Arabo "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Greco "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Ebraico "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Non sono supportati più set di caratteri (solo il primo valore del "Carattere specifico"
Set' viene utilizzato per la codifica dei caratteri in caso di molteplicità di valori).

Compressione
Se libxml è compilato con il supporto zlib, il file di input (xmlfile-in) può anche essere
compresso con ZIP, che di solito si traduce in file molto più piccoli. Vedi output dell'opzione
--versione per verificare se è disponibile il supporto zlib.

Limiti
Lo schema XML dsr2xml.xsd non supporta tutte le varianti del dsr2xml formato di output.
Tuttavia, il formato di output predefinito (più opzione --use-xml-spazio dei nomi) dovrebbe funzionare.

Diverse versioni di libxml sembrano avere limiti diversi per la lunghezza massima di an
Valore dell'elemento XML. Pertanto, dovrebbe essere evitato di utilizzare valori di elemento molto lunghi. UN
il limite tipico per libxml versione 2.7.3 (e successive) è 10 MB per un singolo valore di elemento.

REGISTRAZIONE

Il livello di registrazione dell'output dei vari strumenti della riga di comando e delle librerie sottostanti può
essere specificato dall'utente. Per impostazione predefinita, nello standard vengono scritti solo gli errori e gli avvisi
flusso di errore. Usando l'opzione --verboso anche messaggi informativi come i dettagli di elaborazione
sono segnalati. Opzione - debug può essere utilizzato per ottenere maggiori dettagli sull'attività interna,
ad esempio per scopi di debug. Altri livelli di registrazione possono essere selezionati utilizzando l'opzione --tronco d'albero-
livello. in --silenzioso vengono segnalati solo errori fatali. In tali eventi di errore molto gravi,
l'applicazione di solito termina. Per maggiori dettagli sui diversi livelli di registrazione,
vedere la documentazione del modulo 'oflog'.

Nel caso in cui l'output di registrazione debba essere scritto su file (facoltativamente con la rotazione del file di registro),
a syslog (Unix) o all'opzione registro eventi (Windows) --log-config può essere utilizzato. Questo
il file di configurazione consente anche di indirizzare solo determinati messaggi a un particolare output
stream e per filtrare determinati messaggi in base al modulo o all'applicazione in cui si trovano
sono generati. Un file di configurazione di esempio è fornito in /logger.cfg.

COMANDO LINE

Tutti gli strumenti della riga di comando utilizzano la seguente notazione per i parametri: parentesi quadre racchiudono
valori facoltativi (0-1), tre punti finali indicano che sono consentiti più valori
(1-n), una combinazione di entrambi significa valori da 0 a n.

Le opzioni della riga di comando si distinguono dai parametri da un segno '+' o '-' iniziale,
rispettivamente. Di solito, l'ordine e la posizione delle opzioni della riga di comando sono arbitrari (cioè
può apparire ovunque). Tuttavia, se le opzioni si escludono a vicenda, l'aspetto più a destra
viene utilizzato. Questo comportamento è conforme alle regole di valutazione standard delle comuni shell Unix.

Inoltre, è possibile specificare uno o più file di comando utilizzando un segno '@' come prefisso per
il nome del file (es @comando.txt). Tale argomento di comando è sostituito dal contenuto di
il file di testo corrispondente (più spazi bianchi sono trattati come un singolo separatore a meno che
compaiono tra due virgolette) prima di ogni ulteriore valutazione. Si prega di notare che
un file di comandi non può contenere un altro file di comandi. Questo approccio semplice ma efficace
permette di riassumere combinazioni comuni di opzioni/parametri ed evita lunghe e
righe di comando confuse (un esempio è fornito in file /dumppat.txt).

AMBIENTE

I xml2dsr l'utility tenterà di caricare i dizionari di dati DICOM specificati nel
DCMDICPATH variabile d'ambiente. Per impostazione predefinita, cioè se il DCMDICPATH variabile d'ambiente
non è impostato, il file /dicom.dic verrà caricato a meno che non venga creato il dizionario
nell'applicazione (impostazione predefinita per Windows).

Il comportamento predefinito dovrebbe essere preferito e il DCMDICPATH solo variabile d'ambiente
utilizzato quando sono richiesti dizionari di dati alternativi. Il DCMDICPATH variabile d'ambiente
ha lo stesso formato della shell Unix PERCORSO variabile in quanto i due punti (':') separa
inserimenti. Sui sistemi Windows, viene utilizzato un punto e virgola (';') come separatore. Il dizionario dei dati
il codice tenterà di caricare ogni file specificato nel DCMDICPATH variabile d'ambiente. Esso
è un errore se non è possibile caricare alcun dizionario dati.

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