Questo è il comando xplor2gmx che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
xplor2gmx - Converti i vincoli di distanza XPLOR in formato Gromacs
SINOSSI
xplor2gmx (residuo compensare) ingresso.pdb
DESCRIZIONE
xplor2gmx legge un file di input XPLOR con i dati di limitazione della distanza come a volte si trova in
il database pdb (http://www.pdb.org). Da questo file di input i vincoli diedri dovrebbero essere
rimosso, in modo che rimangano solo i vincoli di distanza. Lo script può gestire ambiguità
restrizioni. Converte i vincoli di distanza in formato GROMACS.
Dovrebbe essere fornito un file di restrizioni (.dat) su STDIN e un file di output appropriato (.itp) è
inviato a STDOUT.
ESEMPI
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
VERSIONI
xplor2gmx richiede due opzioni della riga di comando: primo, l'offset residuo (intero); secondo,
il nome del file .pdb. Il file pdb deve avere numeri di atomo corretti.
Usa xplor2gmx online utilizzando i servizi onworks.net