Questa è l'app Linux denominata BiomeNet per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come BiomeNet.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata BiomeNet per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
BiomeNet per funzionare in Linux online
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DESCRIZIONE
La metagenomica produce un numero enorme di sequenze microbiche a cui è possibile assegnare una funzione metabolica. L'utilizzo di tali dati per dedurre la divergenza metabolica a livello di comunità è ostacolato dalla mancanza di un quadro statistico adeguato. Qui, descriviamo un nuovo modello bayesiano gerarchico, chiamato BiomeNet (inferenza bayesiana delle reti metaboliche), per dedurre la prevalenza differenziale delle reti metaboliche tra le comunità microbiche. Per inferire la struttura delle interazioni metaboliche a livello di comunità, BiomeNet applica una struttura di modellistica a membri misti alle informazioni sull'abbondanza degli enzimi. L'idea di base è che i componenti della miscela del modello (reazioni metaboliche, sottoreti e reti) sono condivisi tra tutti i gruppi (campioni di microbioma), ma le proporzioni della miscela variano da gruppo a gruppo. Attraverso questo framework, il modello può catturare strutture nidificate all'interno dei dati. BiomeNet è unico nel modellare ogni campione di metagenoma come una miscela di sistemi metabolici complessi (metabosistemi).Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
C++, S/R
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/biomenet/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.