Questa è l'app Linux denominata BLAST Ring Image Generator la cui ultima versione può essere scaricata come BRIG-0.95-dist.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata BLAST Ring Image Generator con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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Generatore di immagini ad anello BLAST
DESCRIZIONE
BRIG è un'applicazione multipiattaforma (Windows/Mac/Unix) in grado di visualizzare confronti circolari tra un gran numero di genomi, con particolare attenzione alla gestione dei dati di assemblaggio del genoma.Si prega di citare il documento BRIG se BRIG viene utilizzato per generare dati per le pubblicazioni: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): semplici confronti del genoma dei procarioti, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Caratteristiche
- Le immagini mostrano la somiglianza tra una sequenza di riferimento centrale e altre sequenze come anelli concentrici.
- BRIG eseguirà automaticamente tutti i confronti BLAST e l'analisi dei file tramite una semplice GUI.
- I confini contig e la copertura di lettura possono essere visualizzati per i genomi in bozza; possono essere visualizzati grafici e annotazioni personalizzate.
- Utilizzando un set di geni definito dall'utente come input, BRIG può visualizzare la presenza, l'assenza, il troncamento o la variazione di sequenza del gene in un set di genomi completi, bozze di genomi o anche dati di sequenza grezzi e non assemblati.
- BRIG accetta anche file di mappatura di lettura in formato SAM che consentono il confronto simultaneo delle regioni genomiche presenti nei dati di sequenza non assemblati di più campioni
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Java
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/brig/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
