Questa è l'app Linux denominata clusterProfiler, la cui ultima versione può essere scaricata come clusterProfilersourcecode.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata clusterProfiler con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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ClusterProfiler
DESCRIZIONE
clusterProfiler è un pacchetto R/Bioconductor che fornisce un flusso di lavoro unificato per l'analisi di arricchimento funzionale, al fine di interpretare i risultati omici ad alto rendimento. Supporta sia l'analisi di sovrarappresentazione che l'analisi di arricchimento di set di geni, consentendo di lavorare con elenchi di geni non classificati o statistiche classificate da pipeline differenziali. Il pacchetto si collega a diverse basi di conoscenza, come Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH e altre, tramite un'interfaccia coerente, consentendo di interrogare diverse lenti biologiche senza dover riscrivere il codice. È progettato per essere ampio, coprendo funzionalità codificanti e non codificanti e migliaia di organismi sfruttando annotazioni costantemente aggiornate. I risultati vengono restituiti in strutture ordinate e facili da manipolare e si abbinano naturalmente a funzioni di visualizzazione avanzate (tramite strumenti complementari) per riassumere percorsi, termini e relazioni tra set di geni.
Caratteristiche
- Flussi di lavoro ORA e GSEA unificati su più fonti di annotazione
- Ampio supporto alle specie mediante annotazioni genetiche aggiornate
- Output ordinati che si integrano in modo pulito con le pipeline di dati R a valle
- Visualizzazione integrata dei risultati dell'arricchimento tramite strumenti di tracciamento grafici complementari
- Utilità di confronto multigruppo (ad esempio, compareCluster) per l'analisi delle condizioni incrociate
- Vignette e manuali dettagliati per studi di arricchimento riproducibili e completi
Linguaggio di programmazione
R
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
