Questa è l'app Linux denominata codonPhyML la cui ultima versione può essere scaricata come codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata codonPhyML con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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codonePhyML
DESCRIZIONE
codonPhyML utilizza modelli di evoluzione del codone markoviano nella ricostruzione della filogenesi. Dato un insieme di specie caratterizzate dalle loro sequenze di DNA come input, codonPhyML restituirà l'albero filogenetico che meglio descrive la loro relazione evolutiva. Il nostro articolo che descrive codonPhyML è stato pubblicato sulla rivista "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Per maggiori dettagli, segui il link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML è sulla copertina di MBE! Dai un'occhiata a questo (agosto 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Per la versione multimodello di CodonPhyML, utilizzare il tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Caratteristiche
- Modelli di evoluzione del codone markoviano: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Euristica di ricerca della topologia ad albero NNI e SPR
- parametri del tasso di sostituzione stimati con la massima verosimiglianza
- supporto multicore tramite OpenMP
- verosimiglianza comparabile tra diversi modelli (es. AA, NT e CODON)
Pubblico
Scienza/Ricerca, Istruzione
Interfaccia utente
Console/terminale, riga di comando
Linguaggio di programmazione
C
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
