Questa è l'app Linux denominata COGsoft la cui ultima versione può essere scaricata come COGsoft.04.19.2012.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata COGsoft con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
COGsoft
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DESCRIZIONE
Software per la realizzazione di Cluster di Gruppi Ortologhi (con il nuovo algoritmo EdgeSearch). Ultimo riferimento: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Bioinformatics 2010.Caratteristiche
- Una descrizione dei punti di forza/debolezza dei diversi metodi: Kristensen DM, Wolf YI, Mushegian AR, Koonin EV. Metodi computazionali per l'inferenza dell'ortologia genica. Breve bioinformazione. 2011 settembre;12(5):379-91. Epub 2011 giugno 19. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- Riferimento algoritmo: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Un algoritmo a basso polinomio per assemblare cluster di gruppi ortologhi da migliori corrispondenze simmetriche intergenomiche. Bioinformatica. 2010 giugno 15;26(12):1481-7. Epub 2010 2 maggio. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- Recensione buona/approfondita di ortologhi/COG: Koonin EV. Ortologhi, paraloghi e genomica evolutiva. Annu Rev Genet. 2005;39:309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- Documento originale COG: Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. Una prospettiva genomica sulle famiglie di proteine. Scienza. 1997 ottobre 24;278(5338):631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- Banca dati COG: Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV. Il database COG: uno strumento per l'analisi su scala genomica delle funzioni e dell'evoluzione delle proteine. Acidi nucleici Res. 2000 gennaio 1;28(1):33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- Sito della pagina web del laboratorio Koonin: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- Sito FTP ufficiale: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (sebbene al momento, il readme punti solo alla pagina di sourceforge)
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.