Questa è l'app Linux denominata CSBB-v3.0, la cui ultima versione può essere scaricata come CSBB-v3.0.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata CSBB-v3.0 con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
CSBB-v3.0
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DESCRIZIONE
CSBB è una suite bioinformatica basata su riga di comando per analizzare dati biologici acquisiti attraverso diverse modalità di esperimenti biologici. CSBB è implementato in Perl, ma sfrutta anche l'uso di R, Java, Python e Ruby in background per moduli specifici. L'obiettivo principale di CSBB è consentire agli utenti della comunità biologica e bioinformatica di trarre vantaggio dall'esecuzione di attività di analisi downstream, eliminando al contempo la necessità di scrivere codice di programmazione. CSBB è attualmente disponibile per Linux e UNIX.Attualmente CSBB offre 18 moduli focalizzati su attività analitiche come la normalizzazione dei quantili superiori, la visualizzazione interattiva e le pipeline di sequenziamento di nuova generazione. CSBB ora è anche in grado di elaborare dati pubblici. Offre agli utenti un'esperienza completa con le pipeline.
Caratteristiche
- RNA-Seq
- Chip-Seq
- ATAC-Seq
- Normalizzazione
- Espressione differenziale
- Elaborazione dati pubblici
- Condotte end-to-end
- Open Source
- Visualizzazione
- Bioinformatica
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/csbb-v3-0/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
