Questa è l'app Linux denominata EigenMS per l'esecuzione in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come EigenMS.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata EigenMS per l'esecuzione in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
EigenMS per funzionare in Linux online
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DESCRIZIONE
EigenMS è un metodo di normalizzazione implementato in R (e versione precedente in Matlab) disponibile come un insieme di due funzioni che dovrebbero essere utilizzate in una sequenza.Si prega di scaricare il file EigenMS.zip (ultima versione).
L'ultima versione caricata nell'ottobre 2017 ha un bugfix per la normalizzazione del singolo gruppo di trattamento.
Il ridimensionamento è stato omesso dal 2015.
EigenMS utilizza SVD per rilevare le tendenze di distorsione nei dati ed eliminarle. EigenMS elimina gli effetti da fattori noti e sconosciuti e può essere utilizzato per qualsiasi piattaforma -omic.
Abbiamo mostrato la sua utilità in LC-MS/MS e metabolomica nei seguenti due articoli:
1) PMID: 19602524. "Normalizzazione delle intensità di picco nella proteomica bottom-up basata su MS utilizzando la decomposizione a valore singolare".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformatica 2009
2) "Normalizzazione dei dati di metabolomica con EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
MATLAB, S/R
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/eigenms/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
