Questa è l'app Linux denominata HMCan la cui ultima versione può essere scaricata come HMCan.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata HMCan con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
HMCan
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DESCRIZIONE
HMCan è uno strumento basato su Hidden Markov Model sviluppato per rilevare la modifica dell'istone nei dati ChIP-seq del cancro. Applica tre passaggi di correzione ai dati: correzione del numero di copie, correzione del bias GC e correzione del livello di rumore.
Per eseguire HMCan, è necessario il file di allineamento target ChIP-seq e il file di allineamento di controllo. Sono necessarie anche alcune configurazioni, per ulteriori informazioni si prega di controllare il file README.
Autore: Haitham Ashoor
Contatto: Istituto Valentina Boeva Curie
Haitham Ashoor King Abdullah Università della Scienza e della Tecnologia.
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/hmcan/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.