Questa è l'app Linux denominata KMC-KaiC la cui ultima versione può essere scaricata come KMC_KaiC_Original.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata KMC-KaiC con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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KMC-Kaic
DESCRIZIONE
Questo codice è un algoritmo Kinetic Monte Carlo (KMC) dedicato che simula un modello dell'orologio circadiano Kai post-traduzionale.
Il codice consente di simulare il sistema Kai a livello dei singoli esameri e monomeri KaiC e traccia esplicitamente il turnover di ogni nucleotide di ATP. A parte l'idrolisi dell'ATP, tutte le reazioni obbediscono a un equilibrio dettagliato.
L'applicazione del codice è descritta nel nostro articolo intitolato "A Thermodynamically consistent model of the post-translational Kai circadian clock", che è disponibile gratuitamente sulla rivista ad accesso libero PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*AGGIORNAMENTO* Abbiamo realizzato una versione completamente reversibile del nostro modello, incluse le reazioni inverse per l'idrolisi dell'ATP. Ciò rende possibile eseguire il modello all'equilibrio termodinamico. Questa versione del modello può essere scaricata sotto KMC_KaiC_Rev.zip.
Se desideri utilizzare il nostro modello per la tua ricerca, cita il nostro documento di biologia computazionale PLoS.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
