Questa è l'app Linux denominata lr2rmats, eseguibile online su Linux. La sua ultima versione può essere scaricata come lr2rmats-v0.1-alpha.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app chiamata lr2rmats per eseguirla gratuitamente online su Linux con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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lr2rmats per funzionare su Linux online
DESCRIZIONE
lr2rmats è una pipeline leggera basata su Snakemake, progettata per utilizzare dati RNA-seq sia di terza generazione a lettura lunga che di seconda generazione a lettura corta per generare un file di annotazione genica migliorato. Il file di annotazione appena generato può essere fornito a rMATS per l'analisi di splicing alternativo differenziale.Ulteriori informazioni sono disponibili all'indirizzo https://sourceforge.net/p/lr2rmats/wiki/Home/
Caratteristiche
- Lettura lunga
- RNA-seq
- Splicing alternativo
- Scienze biologiche del Pacifico
- Tecnologie Oxford Nanopore
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Shell Unix, Python, C
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/lr2rmats/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
