Questa è l'app Linux denominata MCPerm: Monte Carlo SNP permutation, la cui ultima versione può essere scaricata come MCPerm_1.1.2.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata MCPerm: permutazione SNP Monte Carlo con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
MCPerm: permutazione SNP di Monte Carlo
Ad
DESCRIZIONE
MCPerm: un metodo di permutazione Monte Carlo per la correlazione di test multipli nello studio di associazione caso-controllo
Il test di permutazione tradizionale (TradPerm) è un importante metodo di analisi non parametrica che può essere considerato il gold standard per le correzioni di test multipli negli studi di associazione caso-controllo. Tuttavia, si basa sui dati originali dei genotipi e dei fenotipi dei polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) per eseguire un gran numero di mescolamenti casuali, ed è quindi computazionalmente intensivo, soprattutto per gli studi di associazione genomica (GWAS). Per migliorare la velocità di calcolo senza modificare la dimensione del p-value del test TradPerm, abbiamo sviluppato un metodo di permutazione Monte Carlo (MCPerm) come alternativa efficiente al test TradPerm.
Metodi: MCPerm non necessita di mescolare i dati originali di genotipi e fenotipi. Utilizza il metodo Monte Carlo e una distribuzione ipergeometrica a due passaggi per generare il numero casuale di genotipi (AA, Aa e aa) nei casi e nei controlli.
Linguaggio di programmazione
B / R
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/mcperm/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
