Questa è l'app Linux denominata miRDP2 la cui ultima versione può essere scaricata come test_data.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata miRDP2 con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
miRDP2
Ad
DESCRIZIONE
miRDeep-P2 (miRDP2) è sviluppato per analizzare in modo accurato e veloce il trascrittoma di microRNA (miRNA) nelle piante. È adottato da miRDeep-P (miRDP) con nuove strategie e algoritmo revisionato. Abbiamo testato miRDP2 per analizzare i trascrittomi di miRNA in piante con dimensioni del genoma gradualmente aumentate come Arabidopsis, riso, pomodoro, mais e grano. Rispetto a miRDeep-P e molti altri strumenti di calcolo, miRDP2 ha elaborato i dati NGS con una velocità superiore. Incorporando i criteri di annotazione dei miRNA delle piante appena aggiornati, anche l'accuratezza di miRDP2 è notevolmente migliorata. I nostri risultati dimostrano che miRDP2 è uno strumento veloce e accurato per analizzare il trascrittoma di miRNA nelle piante.
Riferimento: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Caratteristiche
- piccolo RNA
- microRNA (miRNA)
- Sequenziamento di nuova generazione (NGS)
- Perl
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Ambiente database
PerlDBI/DBD
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.