Questa è l'app Linux denominata misc genomics tools la cui ultima versione può essere scaricata come misc_genomics_tools_v0.2.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata strumenti di genomica misc con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
vari strumenti di genomica
DESCRIZIONE
Questa è una raccolta di vari programmi sviluppati nel corso di un progetto di genomica, che coinvolge il ceppo Pseudomonas NCIMB10586
Questi includono
* identificare e correggere gli errori in una sequenza del genoma (ad es.) di pacbio utilizzando letture illumina
* Sequenza procariotica/annotazione del genoma
* Analisi RNAseq - normalizzazione e confronto di più campioni come gruppo
* Visualizzazione RNAseq
Tutti gli script vengono forniti sulla base del "migliore sforzo", tuttavia, a causa di varie modifiche al sistema, non garantisco che tutti i file siano la versione utilizzata nell'analisi.
Inoltre, tieni presente che questi sono stati sviluppati tenendo conto dell'opportunità, ovvero che il processo doveva essere eseguito nella sua forma finale una volta; è stata prestata poca attenzione all'ottimizzazione del runtime o al concatenamento di script e talvolta si accede manualmente alle risorse esterne.
Caratteristiche
- Correzione degli errori di sequenza del genoma
- Annotazione della sequenza procariotica
- Normalizzazione RNAseq di più campioni come gruppo
- Visualizzazione di serie di campioni RNAseq/corso temporale
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/misc-genomics-tools/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.
