Questa è l'app Linux denominata Molecular Dynamics Studio la cui ultima versione può essere scaricata come WindowsRelease.zip. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata Molecular Dynamics Studio con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
Studio di dinamica molecolare
DESCRIZIONE
Questa è una raccolta di modifiche software create per integrare NanoEngineer-1, PACKMOL e MSI2LMP allo scopo di creare facilmente celle di dinamica molecolare. NanoEngineer-1 è un software CAD molecolare scritto da Nanorex e fornisce all'utente un modo semplice per creare molecole, mentre le modifiche del software consentono all'utente di digitare atomi utilizzando più campi di forza. PACKMOL può generare una raccolta casuale di molecole utilizzando i modelli molecolari di NanoEngineer-1 fornendo così la cellula MD iniziale. Le modifiche a PACKMOL consentono il passaggio dei dati del tipo atomo al software MSI2LMP. MSI2LMP crea un file di input LAMMPS basato su campi di forza di classe I o classe II. MSI2LMP è stato modificato per utilizzare i dati del campo di forza codificati numericamente generati da NanoEngineer-1. Il formato di file MMP è stato esteso e integrato in tutte e tre le applicazioni software.
http://www.nanoengineer-1.net
http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/
http://lammps.sandia.gov/
Caratteristiche
- Capacità CAD molecolare tramite NanoEngineer-1
- Digitare manualmente gli atomi in base al campo di forza atomistica CFF91
- Crea modelli di molecole utilizzando NanoEngineer-1
- Genera una cella MD utilizzando PACKMOL e più modelli di molecole
- Genera un file di input della geometria LAMMPS utilizzando MSI2LMP
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
OpenGL, Qt
Linguaggio di programmazione
Fortran, Python, C++, C
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/moleculardynami/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
