Si tratta dell'app Linux denominata ParDRe, la cui ultima versione può essere scaricata come ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata ParDRe con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
ParDRe
Ad
DESCRIZIONE
ParDRe è uno strumento parallelo per rimuovere le letture duplicate. Le letture duplicate possono essere viste come identiche.
o sequenze quasi identiche con alcune discrepanze. Questo strumento consentirà agli utenti di evitare l'analisi di letture non necessarie, riducendo i tempi delle procedure successive con il set di dati (ad esempio, assemblaggi, mappature, ecc.).
Lo strumento è implementato con MPI per sfruttare le capacità parallele del multicore
cluster. È più veloce delle controparti multithread (fine 2015) a parità di numero di core e, grazie alla tecnologia di passaggio dei messaggi, può essere eseguito su cluster.
Esiste anche una controparte MapReduce di ParDRe, chiamata MarDRe (vedere il link sopra).
AGGIORNAMENTO: Dalla versione 2.0.5 ParDRe supporta anche la rimozione dei soli duplicati ottici (lasciando quelli biologicamente interessanti) e il funzionamento con input/output compressi in formato .gz.
Pubblico
Informatica, Industria sanitaria, Scienza/Ricerca
Interfaccia utente
Console/terminale, riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/pardre/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
