Questa è l'app Linux denominata ParDRe la cui ultima versione può essere scaricata come ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata ParDRe con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
ParDRe
Ad
DESCRIZIONE
ParDRe è uno strumento parallelo per rimuovere le letture duplicate. Le letture duplicate possono essere viste come identiche
o sequenze quasi identiche con alcune discrepanze. Questo strumento consentirà agli utenti di evitare l'analisi di letture non necessarie, riducendo i tempi delle successive procedure con il dataset (es. assembly, mapping, ecc.).
Lo strumento è implementato con MPI per sfruttare le capacità parallele del multicore
cluster. È più veloce delle controparti multithread (fine 2015) a parità di core e, grazie alla tecnologia message-passing, può essere eseguito su cluster.
Esiste anche una controparte MapReduce di ParDRe, chiamata MarDRe (vedi il link sopra).
AGGIORNAMENTO: Dalla versione 2.0.5 ParDRe fornisce anche il supporto per rimuovere solo i duplicati ottici (e lasciare duplicati biologicamente interessanti) e per lavorare con input/output compressi con formato .gz.
Pubblico
Informatica, Industria sanitaria, Scienza/Ricerca
Interfaccia utente
Console/terminale, riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/pardre/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
