Questa è l'app Linux denominata PASHA: Parallelized Short Read Assembly la cui ultima versione può essere scaricata come Pasha-1.0.10.tar.bz2. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata PASHA: Parallelized Short Read Assembly con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
PAHA: Assemblaggio di lettura breve parallelizzato
Ad
DESCRIZIONE
PASHA è un assemblatore di lettura breve parallelo per grandi genomi che utilizza i grafici di de Bruijn. Sfruttando sia le CPU multi-core a memoria condivisa che i cluster di calcolo a memoria distribuita, PASHA ha dimostrato il suo potenziale per eseguire un assemblaggio de-novo di alta qualità di grandi genomi in tempi ragionevoli con risorse di calcolo modeste. La nostra valutazione utilizzando tre piccoli set di dati paired-end reali mostra che PASHA è in grado di produrre assemblaggi migliori con copertura del genoma comparabile e tassi di assemblaggio errato rispetto a tre principali assemblatori: Velvet, ABySS e SOAPdenovo. Inoltre, PASHA raggiunge la massima velocità per tutti e tre i set di dati su una singola CPU. Per il genoma umano, PASHA raggiunge una qualità di assemblaggio competitiva con ABySS ed è in grado di completare l'assemblaggio in circa 21 ore, che è circa 2.38 volte più veloce di ABySS sulle stesse configurazioni hardware.
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/pasha/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.