Questa è l'app Linux denominata PF_HP da eseguire in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come einleitung.txt. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata PF_HP per eseguirla gratuitamente in Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
Ad
PF_HP per l'esecuzione in Linux online
DESCRIZIONE
Anche nel modello HP bidimensionale semplificato (idrofobo/polare) la previsione del ripiegamento delle proteine è NP completa. Implementiamo un algoritmo di forza bruta con esecuzione seriale e parallela per risolvere brevi input di sequenze HP (0-1 bitstring).Selbst im vereinfachten zweidimensionalen HP-Modell (hydrophob/polar) ist die Proteinfaltung beits NP-vollständig. Hier implementieren wir einen brute-force Algorithmus zur Lösung kurzer Eingabesequenzen (0-1-Bitstrings) für die Proteinfaltung.
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Crediti
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Principal Investigator
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Gerrit Leder: progettazione e test di algoritmi di ripiegamento delle proteine e implementazione iniziale in Eiffel.
Consulente Eiffel
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Finnian Reilly: Ottimizzazione del codice Eiffel e adattamento dell'elaborazione parallela.
www.hex11software.com
finnian a eiffel hyphen loop punto com
Caratteristiche
- calcolo parallelo con flag della riga di comando -pf2_mt
- i valori predefiniti a 4 thread possono essere personalizzati con switch -threads ...
- stringa di bit 0-1 personalizzata con flag della riga di comando -sequence ...
- algoritmo seriale con flag della riga di comando -pf2
- Da fare: Bugfix pf3 e pf3_mt, implementazione con direzioni S, R e L
- Da fare: rendere lib EL void-safe
- Da fare: unit test su CLI e IDE
Pubblico
Industria sanitaria, Scienza/Ricerca, Istruzione
Interfaccia utente
Console/Terminale
Linguaggio di programmazione
Eiffel
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/pfhp/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
