Questa è l'app Linux chiamata PyPedal, la cui ultima versione può essere scaricata come PyPedal-2.0.3.zip. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app chiamata PyPedal con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
IMMAGINI
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PyPedal
DESCRIZIONE
PyPedal è un modulo Python che fornisce strumenti per la manipolazione dei pedigree, la semplice visualizzazione dei pedigree e il calcolo delle misure della diversità genetica dai pedigree.
Caratteristiche
- Lettura di file genealogici in formati definiti dall'utente
- Controllo dell'integrità del pedigree (documenti d'identità duplicati, genitori più giovani della prole, ecc.)
- Generazione di informazioni riassuntive come la frequenza di comparsa nel file genealogico
- Riordinamento e rinumerazione dei file genealogici
- Calcolo della matrice di relazione del numeratore (A) da un file genealogico utilizzando il metodo tabulare
- Calcoli di consanguineità per pedigree di grandi dimensioni
- Calcolo dei coefficienti medi totali e individuali di consanguineità e parentela
- Calcolo dei coefficienti di consanguineità parziale utilizzando un metodo tabellare iterativo (Lacy, 1996; Gulisija, 2006)
- Calcolo dei coefficienti di consanguineità ancestrale utilizzando i metodi di Ballou (1997) o Suwanlee et al. (2007)
- Calcolo delle dimensioni effettive teoriche e reali della popolazione
- Calcolo del numero effettivo del fondatore utilizzando l'algoritmo esatto di Lacy
- Calcolo del numero effettivo di fondatori utilizzando l'algoritmo approssimativo di Boichard et al.
- Calcolo del numero effettivo degli antenati utilizzando gli algoritmi di Boichard et al.
- Selezione di sotto-pedigree contenenti tutti gli antenati di un animale
- Identificazione dei parenti comuni di due animali
- Calcolo della consanguineità della prole da un accoppiamento prospettico
- Output in file di testo ASCII, comprese matrici, coefficienti di consanguineità e parentela e informazioni riassuntive
- Importazione ed esportazione di file GEDCOM 5.5
- Importazione ed esportazione di file GENES 1.20 (dBase III)
- Caricamento di pedigree da e salvataggio su database MySQL, Postgres e SQLite
- Simulazione di pedigree utilizzando un algoritmo derivato da quello in Matvec 1.1a
Pubblico
Istruzione, Scienza/Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
Python
Ambiente database
MySQL, PostgreSQL (pgsql), SQLite
Categorie
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/pypedal/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
