Questa è l'app Linux denominata SOAPdenovo2 la cui ultima versione può essere scaricata come SOAPdenovo2-src-r240.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata SOAPdenovo2 con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
SOAPdenovo2
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DESCRIZIONE
Quali sono le prospettive di SOAPdenovo2:
MEGAHIT è il successore formale di SOAPdenovo2
MEGAHIT: una soluzione a nodo singolo ultraveloce per assemblaggi metagenomici grandi e complessi tramite il succinto grafico di Bruijn
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
Ultimo codice su GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo è un nuovo metodo di assemblaggio a lettura breve che può creare un assemblaggio bozza de novo per genomi di dimensioni umane. Il programma è appositamente progettato per assemblare brevi letture Illumina. Crea nuove opportunità per costruire sequenze di riferimento ed eseguire analisi accurate di genomi inesplorati in modo conveniente. SOAPdenovo2 è il successore di SOAPdenovo. Cita il documento pubblicato su GigaScience (vedi sito web sotto) se vuoi citare SOAPdenovo2.
Pubblico
Scienza/Ricerca, Sviluppatori
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++, C
Ambiente database
Archivio base
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.