Questa è l'app Linux denominata SplitMEM la cui ultima versione può essere scaricata come splitmem.1.0.tgz. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online gratuitamente questa app denominata SplitMEM con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
Dividi MEM
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DESCRIZIONE
Con l'aumento delle tecnologie di sequenziamento migliorate, la genomica si sta espandendo da un paradigma di riferimento singolo per specie a un approccio pan-genomico più completo con più individui rappresentati e analizzati insieme. Qui introduciamo un nuovo algoritmo di tempo e spazio O(n log n) chiamato splitMEM, che costruisce direttamente il grafo di de Bruijn compresso per un pan-genoma di lunghezza totale n. Per ottenere questa complessità temporale, aumentiamo l'albero dei suffissi con salti di suffisso, un nuovo costrutto che ci consente di attraversare diversi collegamenti suffissi in tempo costante e li usiamo per scomporre in modo efficiente le corrispondenze esatte massimali (MEM) durante un attraversamento dell'albero dei suffissi.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Interfaccia utente
Riga di comando
Linguaggio di programmazione
C++
Categorie
Questa è un'applicazione che può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/splitmem/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online in modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
